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Análise de expressão gênica transcricional com enfoque em regiões cis-regulatórias de genes modulados em linhagens de glioblastoma iiradiadas ou tratadas com a cisplatina

Processo: 07/01119-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de julho de 2007
Vigência (Término): 31 de dezembro de 2007
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Mutagênese
Pesquisador responsável:Elza Tiemi Sakamoto Hojo
Beneficiário:Flávia Sacilotto Donaires Ramos
Instituição-sede: Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Assunto(s):Biologia computacional   Análise de sequência com séries de oligonucleotídeos   Glioblastoma   Expressão gênica

Resumo

A tecnologia de microarranjos de DNA (DNA microarrays) tem sido amplamente aplicada a uma variedade de situações experimentais em escala genômica, nas quais se pretende estudar os níveis de expressão de centenas ou milhares de genes simultaneamente. Uma vez que esse método é capaz de gerar uma enorme quantidade de dados, a análise dos resultados é fundamentalmente dependente das ferramentas de bioinformática. Um método muito utilizado se caracteriza pelo uso de algoritmos de agrupamento (clustering) dos dados gerados, sendo que nestes, os genes agregados em um mesmo agrupamento podem apresentarfunções em comum, podendo também estar sob o controle dos mesmos fatores de transcrição (Eisen et al.,1998). A identificação de genes regulados pelos mesmos fatores de transcrição é muito promissora no estudo de doenças relacionadas ao ciclo celular, como o câncer, pois capacita a abertura de novas possibilidades para a proposição de estratégias mais eficazes para o tratamento do câncer, pela utilização desses fatores de transcrição como alvo de drogas.O objetivo do presente projeto é aplicar métodos de bioinformática para a análise de dados de expressão gênica gerados nos experimentos de microarranjos de cDNA, realizados pelo presente grupo de pesquisa, visando o estudo de regiões cis-regulatórias e a identificação dos principais fatores de transcrição relacionados aos tumores do tipo glioblastoma, em resposta ao tratamento com agentes antitumorais. Após a série seqüencial de análises (quantificação das imagens, filtragem, normalização dos dados e aplicação de testes estatísticos) será realizado o agrupamento hierárquico. Serão escolhidos os agrupamentos mais relevantes e a identidade dos genes presentes em cada grupo (cluster), bem como o estudo das funções biológicas, com base na literatura. Assim, serão definidos os processos biológicos associados a cada grupo de genes. Finalmente, as regiões cis-regulatórias possivelmente presentes nesses agrupamentos serão identificadas e estudadas para a determinação dos fatores de transcrição que possivelmente estão implicados nas respostas observadas. Essa etapa será realizada através da utilização dos programas TOUCAN e FatiGo-plus. Os resultados da análise proposta poderão fornecer informações úteis para a compreensão dos mecanismos moleculares envolvidos nas respostas das células aos agentes anticâncer, visando em última instância, uma contribuição dirigida à reformulação de novas estratégias terapêuticas mais eficazes.