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Determinacao da estrutura 3d da proteina hsp65 e do seu rna mensageiro usando analise in silico

Processo: 07/00234-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de julho de 2007
Vigência (Término): 30 de junho de 2008
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica
Pesquisador responsável:Arlete Aparecida Martins Coelho-Castelo
Beneficiário:Renata Ariza Marques Rossetti
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Assunto(s):Biologia computacional   Proteínas   DNA complementar   Gene hsp65

Resumo

Um dos alvos a ser estudado e esclarecido é o mecanismo da vacina de DNAhsp65 de Mycobacterium leprae (hsp65), que estão sendo desenvolvidos pelo Centro de Pesquisa em Tuberculose da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto-USP (CPT-FMRP) e Instituto do Milênio REDE-TB. O Interesse nesse estudo decorre de publicações anteriores onde foi mostrado que essa vacina é capaz de gerar, uma atividade profilática e terapêutica contra a infecção por M. tuberculosis, (LOWRIE et al., 1999). Uma das características importantes do antígeno hsp65 é ser uma chaperona, o que pode implicar seu papel em mecanismos celulares, contribuindo, assim, para a eficácia da vacina. Na forma de um antígeno a induzir uma resposta imune, após a tradução do gene, a proteína hsp65 deverá ser degradada, em geral, pelo proteassoma, gerando peptídeos que irão se associar ao MHC de classe I e ativar Células TC8 específicas, enquanto mecanismos de cross-priming podem ativar células CD4 também hsp65 específica, justificando a ação da vacina. Ultimamente, durante o processo de degradação antigênica, o papel de endopeptidases agindo pré proteassoma degradação têm chamado atenção pelo seu modo de ação. A EC24. 16 degrada determinados antígenos de modo diferente ao complexo de proteassoma, essa degradação gera peptídeos fosforilados que parecem interferir com diferentes processos intracelulares. Uma possibilidade, ainda não demonstrada, seria a ação do papel desses peptídeos na ativação/desativação da resposta imune. Análises in silico em bancos de dados demonstram que a hsp65 apresenta quatro sítios possíveis de fosforilação o que pode gerar peptídeos contendo esses resíduos in vivo. A importância de se obter um cristal da molécula torna-se, então, imprescindível, no entanto, a bioinformática dispõe de várias ferramentas que facilitam o designer de moléculas in silico, a partir de seqüências de nucleotídeos e/ou proteínas. Assim, o objetivo desse projeto é determinar, através de programas apropriados, a estrutura tridimensional da hsp65 baseada na seqüência de nucleotídeos da mesma, e posteriormente a de RNA. Esses dados nos permitirão, numa primeira fase, determinar putativos sítios ativos enzimáticos, e de chaperonina. Posteriormente tais dados serão de extrema utilidade na determinação das seqüências mais imonogênicas tanto da proteína como do RNA. Os resultados obtidos poderão favorecer o desenvolvimento de novas formas vacinais, e até mesmo os uso de peptídeos ou RNAs para o controle da resposta imune. Somado a isso, esse estudo nos dará uma visão global da molécula com a qual trabalhamos, facilitando o entendimento de suas funções biológicas.

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