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Validação e anotação de locos ssrs-ests no genoma do camarão marinho Litopenaeus vannamei (Crustacea, Decapoda, Penaeidae)

Processo: 06/07214-2
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de abril de 2007
Vigência (Término): 31 de julho de 2008
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
Pesquisador responsável:Patrícia Domingues de Freitas
Beneficiário:Bruno César Rossini
Instituição-sede: Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). São Carlos , SP, Brasil
Assunto(s):Litopenaeus vannamei   Repetições de microssatélites   Camarão   Marcador molecular

Resumo

O cultivo de camarões é um importante setor da aqüicultura brasileira. A espécie de maior importância econômica atualmente é a Litopenaeus vannamei, correspondendo a quase 100% do total de camarões cultivados no país. O uso de marcadores moleculares é uma importante ferramenta para estudos genéticos em espécies economicamente viáveis. Dentre estes, os microssatélites vêm sendo especialmente utilizados em estudos de diversidade genética, relações de parentesco entre famílias, mapeamento gênico e identificação de locos relacionados a caracteres economicamente importantes. Recentemente, a conclusão do Projeto Genoma do camarão marinho L. vannamei (ShEST), com núcleo na Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR), caracterizou centenas de Seqüências Simples Repetidas em Seqüências Expressas Marcadas (SSRs-ESTs). A validação e anotação destes locos será extremamente importante para caracterizar marcas moleculares potencialmente úteis para estudos genéticos nesta importante espécie de camarão marinho cultivada no país. Dentro deste contexto, o presente projeto tem como objetivo validar e anotar locos SSRs-ESTs previamente caracterizados no genoma de L. vannamei através de mineração no banco de dados no Projeto ShEST. Para validação dos locos serão utilizados pares de primers obtidos do banco de SSRs do Projeto ShEST, testando-se diferentes reações de PCR em 30 exemplares de L. vannamei. Os locos que produzirem padrão de amplificação satisfatório serão genotipados em MegaBACE 1000 DNA e posteriormente analisados pelo software Genetic Profiler. O processo de anotação destes locos se dará através de acesso ao portal de anotação (www.lge.ibi.unicamp.br/camarao) disponível na homepage do Projeto ShEST.