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Desenvolvimento de uma interface gráfica em Java para visualização e análise de dados gerados por eventos de splicing alternativo no transcriptoma humano

Processo: 02/14124-9
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de março de 2003
Vigência (Término): 30 de novembro de 2003
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Paulo Sergio Lopes de Oliveira
Beneficiário:Jeryes Farah
Instituição-sede: Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da USP (HCFMUSP). Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Transcriptoma   Biologia computacional   Java   Processamento alternativo   Interface gráfica

Resumo

A pós-genômica surgiu como um próspero campo para que as milhares de seqüências provenientes dos projetos genoma tenham o seu significado biológico elucidado. Neste contexto, o entendimento da diversidade dos transcriptomas originados a partir dos genomas desvendados mostra um potencial extremamente animador. Um dos mecanismos descritos na literatura como capaz de gerar surpreendente diversidade protéica é o splicing alternativo. Diferentes maneiras são encontradas nos organismos para que uma isoforma seja constituída: exons podem ser retirados, introns podem ser mantidos e sítios crípticos doadores e aceitadores de splicing podem ser usados na concepção do transcrito. A quantidade de dados atual torna a análise manual destes eventos cada vez mais inviável, surgindo a necessidade do desenvolvimento de ferramentas para visualização gráfica para ajudar no processo de análise dos resultados obtidos dos processos de mineração de dados. Esse projeto visa a criação de uma base de dados local para o armazenamento de RN As transcritos (RNAs mensageiros completos e ESTs - Expressed Sequenced Tags), gerados pelo processo de splicing alternativo e a construção de uma interface gráfica para a visualização dos resultados, baseada em tecnologias amplamente utilizadas na Internet, como JAVA, HTML (Hypertext Markup Language), JavaScript e CGI (Common Gateway Interface). (AU)