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Estudo de proteínas de rápido enovelamento com modelos baseado em estrutura

Processo: 08/11211-4
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de março de 2009
Vigência (Término): 31 de dezembro de 2009
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
Pesquisador responsável:Vitor Barbanti Pereira Leite
Beneficiário:Débora Tavares de Lima
Instituição-sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
Assunto(s):Simulação de dinâmica molecular   Dobramento de proteína

Resumo

O enovelamento de proteína é um problema de grande relevância em física biológica. Modelos teórico computacionais que tratam do enovelamento têm um importante papel neste estudo. Por meio de simulações computacionais, é possível acompanhar cada detalhe do processo de enovelamento de proteínas. Neste estudo utilizaremos a abordagem conhecida como teoria de Superfície de Energia (Energy Landscape) que trata o enovelamento por uma descrição estatística. O processo de enovelamento, geralmente é mapeado através de uma equação de difusão aplicada ao longo da coordenada de reação Q, que descreve o grau de similaridade de uma determinada configuração com o estado nativo da proteína. Por meio do modelo baseado em estrutura nativa (modelo C±), estudaremos pequenas proteínas tais como WW domain, Peripheral subunit binding (PSB) e »-repressor. Os tempos de enovelamento, potenciais efetivos e coeficientes de difusão D(Q) deverão ser calculados e comparados com os resultados experimentais e teóricos publicados recentemente.