Redes regulatórias da cana-de-açúcar

• Processo: 09/09116-6
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Vigência (Início): 01 de outubro de 2009
• Vigência (Término): 30 de setembro de 2011
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Convênio/Acordo: FAPEMIG
• Pesquisador responsável: Glaucia Mendes Souza
• Beneficiário: Roberta Alvares Campos
• Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 08/52146-0 - Sugarcane signaling and regulatory networks, AP.BIOEN.TEM
• Assunto(s): Melhoramento genético Transcriptoma

Resumo

REDES REGULATÓRIAS DA CANA-DE-AÇÚCAREste projeto foca estudos de regulação gênica e visa a geração deferramentas que permitam abordagens da Biologia Sistêmica em cana-de-açúcare a identificação de redes regulatórias. Como ponto de partida escolhemoscaracterizar dois tratos agronômicos de interesse desta cultura: o teor desacarose e a resposta à seca. Pretendemos estudar categorias gênicas comconhecido papel regulatório (Fatores de Transcrição, Proteínas Quinases eFosfatases), aprofundar estudos do Transcriptoma, produzir plantastransgênicas para genes de interesse e desenvolver ferramentas debioinformática e bancos de dados integrando os vários níveis de informação.Identificaremos os alvos de TFs utilizando a técnica de ChIP-HTS e clonandopromotores. Os resultados terão consequëncias diretas múltiplas nosprogramas de melhoramento que frequentemente selecionam mudanças nos CREs eTFs na busca de genótipos mais adaptados ao ambiente e com maior performanceagronômica. As Proteínas Quinases atuam em cascatas de sinalização derespostas a estímulos ambientais e nossos dados apontam para um papelpredominante das PKs na regulação do teor de sacarose e resposta à seca.Para identificar novos genes associados a brix e seca caracterizaremos otranscriptoma de genótipos e cultivares contrastantes para estes tratosutilizando chips de oligonucleotídeos. Genes de interesse serão entãoavaliados quanto à sua função pela geração e análise de plantastransgênicas. Para integrar o grande conjunto de dados públicos e geradospelo projeto uma infra-estrutura computacional robusta será desenvolvida. Obanco de dados SUCEST-FUN integrará dados do SUCEST, promotores, CREs, dadosde expressão e a caracterização agronômica, fisiológica e bioquímica decultivares da cana. Em paralelo também desenvolveremos o banco de dadoGRASSIUS para o estabelecimento das redes regulatórias de cana, arroz, milhoe sorgo. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DE SETTA, NATHALIA; MONTEIRO-VITORELLO, CLAUDIA BARROS; METCALFE, CUSHLA JANE; QUEIROGA CRUZ, GUILHERME MARCELO; DEL BEM, LUIZ EDUARDO; VICENTINI, RENATO; SILVEIRA NOGUEIRA, FABIO TEBALDI; CAMPOS, ROBERTA ALVARES; NUNES, SIDENY LIMA; GASPERAZZO TURRINI, PAULA CRISTINA; VIEIRA, ANDREIA PRATA; OCHOA CRUZ, EDGAR ANDRES; SILVEIRA CORREA, TATIANA CAROLINE; HOTTA, CARLOS TAKESHI; VARANI, ALESSANDRO DE MELLO; VAUTRIN, SONIA; DA TRINDADE, ADILSON SILVA; VILELA, MARIANE DE MENDONCA; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI; SATO, PALOMA MIEKO; DE ANDRADE, RODRIGO FANDINO; NISHIYAMA, JR., MILTON YUTAKA; CARDOSO-SILVA, CLAUDIO BENICIO; SCORTECCI, KATIA CASTANHO; FRANCO GARCIA, ANTONIO AUGUSTO; CARNEIRO, MONALISA SAMPAIO; KIM, CHANGSOO; PATERSON, ANDREW H.; BERGES, HELENE; D'HONT, ANGELIQUE; DE SOUZA, ANETE PEREIRA; SOUZA, GLAUCIA MENDES; VINCENTZ, MICHEL; KITAJIMA, JOAO PAULO; VAN SLUYS, MARIE-ANNE. Building the sugarcane genome for biotechnology and identifying evolutionary trends. BMC Genomics, v. 15, JUN 30 2014. Citações Web of Science: 54.