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Obtenção e caracterização de sequências genômicas correspondentes a transposons Mutator de cana-de-açúcar

Processo: 06/53763-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de setembro de 2006
Vigência (Término): 30 de junho de 2008
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Maria Magdalena Rossi
Beneficiário:Vivian Altebarmakian
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:04/02851-9 - Elementos de transposição e seu impacto no genoma de bactérias e plantas, AP.TEM
Assunto(s):Cana-de-açúcar   Sequenciamento   Clonagem

Resumo

Os elementos transponíveis são fragmentos de DNA que possuem a capacidade de mobilizar-se no genoma, eles são divididos em transposons e retrotransposons, O transposon Mutator é o mais ativo e mutagênico descoberto em plantas. O transposon Mu codifica para duas proteínas: a MURA, produto do gene mudrA e a MURB, A cana-de-açúcar é uma importante cultura tropical para obtenção de açúcar e álcool, embora ela seja uma cultura economicamente importante, há poucas informações sobre o seu genoma. Uma análise do banco de dados do SUCEST-FAPESP identificou um total de 148 seqüências que apresentaram similaridade com transposons, principalmente com Mu. Um estudo filogenético, revelou a presença de quatro classes de seqüências mudrA em cana. Com o intuito de clonar e caracterizar as seqüências genômicas correspondentes aos clones de cDNA homólogos a mudrA de cana, foi realizado uma busca em uma biblioteca de BACs. Em uma análise de "fingerprinting", onde foram comparados os padrões de "Southern blot" de cada clone com o padrão dos genomas parentais, foi possível identificar pelo menos um clone de cada parental para cada classe. Com isso, foram selecionados dois clones de BAC por Classe, para o seqüenciamento completo, anotação e caracterização dos elementos Mu neles contidos. Os objetivos deste projeto são, a construção e seqüenciamento de bibliotecas de "shotgun" para os dois clones de BAC pertencentes à Classe IV, e posterior análise da qualidade, montagem e participação na anotação e caracterização das seqüências obtidas. (AU)