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Simulações de dinâmica molecular dos receptores do hormônio tireoideano

Processo: 06/06831-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de abril de 2007
Vigência (Término): 30 de junho de 2010
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Química
Pesquisador responsável:Munir Salomao Skaf
Beneficiário:Leandro Martinez
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Assunto(s):Simulação de dinâmica molecular   Química teórica

Resumo

Os receptores nucleares são uma importante família de proteínasresponsável pelo controle da transcrição de vários genes. São proteínasque se ligam ao DNA, e a associação de hormônios (Estrógeno, HormônioTireoideano, Vitamina A, entre outros) define se um determinado genedeve ser transcrito. Em 1995 as primeiras estruturas dos domínios destasproteínas responsáveis pela ligação dos hormônios foram obtidas. Istopermitiu um grande salto na compreensão da biologia molecular doreconhecimento hormonal. No entanto, apesar de que novas estruturasforam obtidas para diferentes receptores, o papel da dinâmica dosreceptores em sua atividade permaneceu fundamentalmente desconhecido.Durante minha pós-graduação, estudei várias aspectos relacionados àdinâmica dos receptores nucleares e seu papel na função biológica destasproteínas. Obtivemos resultados que associam a dinâmica dos receptoresà sua função para vários problemas diferentes, como a associação e adissociação dos ligantes, as razões da seletividade destes ligantes e osmecanismos de desnaturação dos receptores, por exemplo.A complementação de alguns destes trabalhos usando novas técnicas quedesenvolvemos deve complementar os estudos realizados durante minha tesede doutorado. A realização destes trabalhos nestas novas frentes develevar à consolidação do conjunto de estudos realizados durante meudoutorado como um estudo bastante abrangente sobre a dinâmica de receptoresnucleares.As três principais propostas de pesquisa que pretendemos realizar são:1. Estudar o mecanismo de entrada dos ligantes nos receptores.2. Identificar os estados de transição do processo dedesenovelamento dos receptores.3. Obter caminhos ótimos de dissociação.

Publicações científicas (4)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
LIBERATO, MARCELO VIZONA; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; AYERS, STEVEN D.; LIN, JEAN Z.; CVORO, ALEKSANDRA; SILVEIRA, RODRIGO L.; MARTINEZ, LEANDRO; SOUZA, PAULO C. T.; SAIDEMBERG, DANIEL; DENG, TUO; AMATO, ANGELA ANGELICA; TOGASHI, MARIE; HSUEH, WILLA A.; PHILLIPS, KEVIN; PALMA, MARIO SERGIO; NEVES, FRANCISCO A. R.; SKAF, MUNIR S.; WEBB, PAUL; POLIKARPOV, IGOR. Medium Chain Fatty Acids Are Selective Peroxisome Proliferator Activated Receptor (PPAR) gamma Activators and Pan-PPAR Partial Agonists. PLoS One, v. 7, n. 5 MAY 23 2012. Citações Web of Science: 70.
DE ARAUJO, ALEXANDRE SUMAN; MARTINEZ, LEANDRO; NICOLUCI, RICARDO DE PAULA; SKAF, MUNIR S.; POLIKARPOV, IGOR. Structural modeling of high-affinity thyroid receptor-ligand complexes. EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS, v. 39, n. 11, p. 1523-1536, OCT 2010. Citações Web of Science: 12.
MARTINEZ, LEANDRO; SOUZA, PAULO C. T.; GARCIA, WANIUS; BATISTA, FERNANDA A. H.; PORTUGAL, RODRIGO V.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; NAKAHIRA, MARCEL; LIMA, LUIS M. T. R.; POLIKARPOV, IGOR; SKAF, MUNIR S. On the Denaturation Mechanisms of the Ligand Binding Domain of Thyroid Hormone Receptors. Journal of Physical Chemistry B, v. 114, n. 3, p. 1529-1540, JAN 28 2010. Citações Web of Science: 5.
MARTINEZ, LEANDRO; POLIKARPOV, IGOR; SKAF, MUNIR S. Only subtle protein conformational adaptations are required for ligand binding to thyroid hormone receptors: Simulations using a novel multipoint steered molecular dynamics approach. Journal of Physical Chemistry B, v. 112, n. 34, p. 10741-10751, AUG 28 2008. Citações Web of Science: 49.

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