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Genômica comparativa do DNA mitocondrial de Candida albicans

Processo: 07/00953-7
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de maio de 2007
Vigência (Término): 30 de novembro de 2007
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia
Pesquisador responsável:Marcelo Ribeiro da Silva Briones
Beneficiário:Bruno Giordano Neto
Instituição-sede: Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia. Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Candida albicans   DNA mitocondrial   Impressões digitais de DNA   Análise de sequência de DNA   Infecção hospitalar

Resumo

A Candida albicans é um fungo comensal humano que causa infecção oportunista, candidíase, em indivíduos imunocomprometidos em consequência de AIDS, imunossupressão pós-transplante e quimioterapia. Um dos problemas centrais na epidemiologia da candidíase é determinar quais os limites do poder discriminatório dos métodos moleculares de tipagem para diferenciar os subtipos de C. albicans encontrados nos pacientes, daqueles subtipos isolados dos hospitais onde tais pacientes estejam internados. Embora a maioria das candidíases pareça ser de origem do próprio paciente, ou seja, endógena, há evidência de infecção hospitalar por transmissão de profissionais de saúde para pacientes. No entanto, os dados quantitativos atuais sobre a proporção da origem endógena versus exógena na infecção hospitalar por C. albicans podem ser subestimativas devido à baixa resolução dos marcadores moleculares empregados. Para este tipo de estudo a ferramenta de tipagem deve ser baseada nas sequências genômicas com as mais elevadas taxas de evolução, permitindo assim a observação de polimorfismo em organismos muito próximos. Neste projeto, planejamos caracterizar as regiões hipervariáveis do genoma mitocondrial (mtDNA) destes organismos para identificar regiões com potencial de utilização em tipagem molecular. Os métodos atuais, tais como o “multi locus sequencing” (MLST), incluem sequências do DNA mitocondrial mas se baseiam apenas em regiões codificadoras, que apresentam menos variabilidade do que regiões não-codificadoras. Por esta razão, para identificar as regiões de maior variabilidade, com foco sobretudo nas regiões não-codificadoras, pretendemos sequenciar os genomas mitocondriais completos de uma linhagem padrão ATCC e outra linhagem proveniente de isolado clínico e compará-las ao mtDNA já sequenciado da linhagem SC5314, utilizada no projeto genoma de C. albicans. Se obtivermos sucesso, tais sequências hipervariáveis poderão se constituir em ferramenta essencial para o estudo quantitativo da infecção hospitalar por C. albicans. (AU)

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