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Projeto Genoma - sequenciamento de genomas associados a agricultura. análise de regiões de profagos nos diferentes genomas

Processo: 00/10004-3
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de dezembro de 2000
Vigência (Término): 31 de maio de 2002
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Luis Eduardo Aranha Camargo
Beneficiário:Claudia Barros Monteiro Vitorello
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Assunto(s):Bacteriófagos   Genomas   Leifsonia xyli   Virulência   Xylella fastidiosa

Resumo

Este projeto é uma continuação ao trabalho iniciado durante o Seqüenciamento do Genoma da Xylella fastidiosa, com relação à participação no seqüenciamento e anotação de genomas de organismos importantes para a agricultura, mais especificamente: Xanthomonas axonopodis pv. citri, Xylella fastidiosa (isolado de videira) e Leifsonia xyli, subsp. xyli. As atividades envolverão desde a produção das bibliotecas, preparação dos moldes de DNA e seqüenciamento até a análise das seqüências, montagem dos contigs, fechamento de gaps e anotação do genoma com ênfase na comparação destes genomas com o de Xylella fastidiosa (citrus). Neste sentido vale ressaltar que Xylella e Xanthomonas citri apresentam o mesmo hospedeiro e Xylella e Leifsonia habitam o xilema de diferentes plantas hospedeiras. Objetiva-se analisar regiões da genoma que incluam ORFs que possam estar envolvidas na adesão desta bactéria ao xilema, como por exemplo adesinas e hemaglutininas. A anotação comparativa entre os genomas também terá como foco central a presença de profagos. (AU)