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Estudos por simulações Monte Carlo e de dinâmica molecular da influência da hidratação e da hidrofobicidade dos aminoácidos nos processos de formação das estruturas secundária e terciária de proteínas

Processo: 01/13970-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de setembro de 2002
Vigência (Término): 31 de julho de 2005
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Química - Físico-química
Pesquisador responsável:Leo Degreve
Beneficiário:Roosevelt Alves da Silva
Instituição-sede: Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Auxílio(s) vinculado(s):03/11394-8 - Estudos por simulações Monte Carlo e de dinâmica molecular da influência da hidratação e da hidrofobicidade dos aminoácidos nos processos de formação das estruturas secundária e terciária de proteínas, AP.PRIM
Assunto(s):Proteínas

Resumo

Este projeto de estudo é destinado a aprofundar a compreensão dos principais ingredientes responsáveis pelo enovelamento de proteínas que são os efeitos hidrofóbicos e hidrofílicos. Será proposto um modelo para a energia de solvatação a fim de incorporar, efetivamente, as principais alterações ocorridas no solvente na presença de um soluto protéico. Diversos parâmetros de solvatação de grupos atômicos serão considerados como variáveis. Em função de contatos diferentes entre elementos de cadeia, os valores dos parâmetros poderão ser redefinidos ao longo dos processos de enovelamento que serão por meio de simulações de Monte Cario e de dinâmica molecular. Assim, por meio das simulações de dinâmica molecular, possíveis dependências dos parâmetros de solvatação poderão ser investigadas. Nos estudos a serem abordados pelo método Monte Carlo, o solvente será ser tratado adequadamente mediante as informações providas da dinâmica molecular. O papel do solvente no direcionamento da macromolécula de conformação inicial para a nativa será o principal foco de interesse neste trabalho. Interações intra-moleculares, envolvendo grupos polares, não polares e ligações covalentes, serão convenientemente tratadas nas simulações de Monte Carlo a fim de satisfazer o conjunto de especificidades necessárias para a determinação inequívoca da conformação nativa de proteínas específicas. (AU)

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
ALVES DA SILVA‚ R.; DEGRÈVE‚ L.; CALIRI‚ A. LMProt: an efficient algorithm for Monte Carlo sampling of protein conformational space. BIOPHYSICAL JOURNAL, v. 87, n. 3, p. 1567-1577, 2004.

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