Identificação de locos de suscetibilidade a fissuras de lábio e palato não-sindrômicas pela análise e eQTL (expression Quantitative Trait Loci) em culturas de células-tronco mesenquimais

• Processo: 09/54841-0
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Vigência (Início): 01 de abril de 2010
• Vigência (Término): 31 de março de 2012
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Maria Rita dos Santos e Passos Bueno
• Beneficiário: Cibele Masotti
• Instituição-sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 98/14254-2 - Centro de Estudos do Genoma Humano, AP.CEPID
• Assunto(s): Desenvolvimento craniofacial Locos de características quantitativas

Resumo

As fissuras orofaciais são os defeitos congênitos da face mais comumente observados em humanos. Apesar de mais de 400 síndromes genéticas apresentarem fissuras de lábio com ou sem fissura de palato (FL/P) como parte do fenótipo, 70% dos casos ocorre isoladamente (não-sindrômicas; FL/P NS). O modelo de herança das FL/P NS é multifatorial, e diversos genes/alelos candidatos para doença já foram identificados; entretanto, a maioria parece ter apenas um efeito modesto ou inconsistente sobre o fenótipo. Muitas variantes identificadas em estudos de associação recentes estão em regiões não-codificantes, possivelmente regulatórias, sugerindo que variações nos níveis de expressão de genes importantes para o desenvolvimento craniofacial podem estar associadas à doença. Considerando que os níveis de transcritos são caracteres quantitativos e altamente herdáveis, novos locos associados à regulação da transcrição têm sido identificados com estratégias de mapeamento de QTLs (quantitative trait loci), sendo esses locos cunhados como eQTLs (expression QTL). Utilizando o perfil global de expressão e genotipagem em larga escala com microarrays, é possível combinar o mapeamento de eQTLs com os resultados de estudos de associação, o que permite atribuir funções regulatórias aos sítios polimórficos das regiões genômicas com forte associação. Neste projeto propomos a identificação de novos genes de suscetibilidade para FL/P NS por meio da caracterização de eQTLs em linhagens de células-tronco mesenquimais adultas de controles e de pacientes com FL/P NS. Parte da análise do perfil de expressão dessas células já foi iniciada em nosso laboratório, tendo sido identificados genes diferencialmente expressos no grupo de pacientes. Identificando os eQTLs específicos dos genes diferencialmente expressos entre os grupos, testaremos a freqüência dessas variantes numa amostra maior de pacientes, de modo a confirmar associação com a doença. Para tanto, utilizaremos a estratégia de mapeamento por miscigenação. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

MASOTTI, C.; BRITO, L. A.; NICA, A. C.; LUDWIG, K. U.; NUNES, K.; SAVASTANO, C. P.; MALCHER, C.; FERREIRA, S. G.; KOBAYASHI, G. S.; BUENO, D. F.; ALONSO, N.; FRANCO, D.; ROJAS-MARTINEZ, A.; DOS SANTOS, S. E.; GALANTE, P. A.; MEYER, D.; HUENEMEIER, T.; MANGOLD, E.; DERMITZAKIS, E. T.; PASSOS-BUENO, M. R. MRPL53, a New Candidate Gene for Orofacial Clefting, Identified Using an eQTL Approach. JOURNAL OF DENTAL RESEARCH, v. 97, n. 1, p. 33-40, JAN 2018. Citações Web of Science: 0.