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Aplicação clínica da sistemática molecular de Candida spp. na perspectiva da genômica comparativa por genealogias em rede e análise bayesiana

Processo: 09/01230-4
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de maio de 2009
Vigência (Término): 30 de novembro de 2012
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
Pesquisador responsável:Arnaldo Lopes Colombo
Beneficiário:Renata Carmona e Ferreira
Instituição-sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:07/08575-1 - Candidíase hematogênica: uma abordagem multidisciplinar para o aprimoramento de ferramentas diagnósticas e caracterização de biomarcadores relacionados ao seu prognóstico, AP.TEM
Assunto(s):Micologia   Candida

Resumo

Infecções hematogênicas por Candida spp. têm grande impacto na saúde pública, devido à alta incidência em pacientes hospitalizados e pela alta letalidade (50%). Neste projeto propomos responder três perguntas científicas: (i) qual o impacto na identificação e tipagem de Candida spp. ao se comparar métodos de análise em rede com árvores dicotômicas bayesianas? (ii) qual a vantagem, em termos quantitativos, da utilização de métodos baseados em sequências sobre comparação de padrões? e (iii) qual é o tempo mínimo de divergência que pode ser detectado pela comparação do DNA mitocondrial? Portanto, os objetivos deste projeto são: (1) aprimorar o diagnóstico de candidíase hematogênica através da análise em larga escala de seqüências IGS e ITS do rDNA para identificação de espécies emergentes de Candida spp., (2) desenvolver método de tipagem molecular utilizando regiões hipervariáveis do DNA mitocondrial para identificação de surtos e investigação da história natural de infecções por patógenos emergentes e (3) criação de um banco de dados das sequências. Em (1) iremos seqüenciar os espaçadores intergênicos (IGS) e internos transcritos (ITS) dos genes ribossômicos e comparar com seqüências em bancos de dados genômicos para identificação correta e precoce de isolados com identificação problemática por métodos fenotípicos. Em (2), propomos um estudo de genômica comparativa do DNA mitocondrial de "espécies-problema" para tipagem. Em (3) implementaremos um banco de dados com as sequências obtidas, bem como os dados do perfil epidemiológico dos pacientes, em página na internet para acesso por profissionais de saúde aos dados gerados neste projeto. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
FRANCO, JAQUES; FERREIRA, RENATA C.; IENNE, SUSAN; ZINGALES, BIANCA. ABCG-like transporter of Trypanosoma cruzi involved in benznidazole resistance: Gene polymorphisms disclose inter-strain intragenic recombination in hybrid isolates. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 31, p. 198-208, APR 2015. Citações Web of Science: 11.
NUNES, JORGE MENESES; BIZERRA, FERNANDO CESAR; CARMONA E FERREIRA, RENATA; COLOMBO, ARNALDO LOPES. Molecular Identification, Antifungal Susceptibility Profile, and Biofilm Formation of Clinical and Environmental Rhodotorula Species Isolates. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, v. 57, n. 1, p. 382-389, JAN 2013. Citações Web of Science: 35.
SOUZA, ANA CAROLINA R.; FERREIRA, RENATA C.; GONCALVES, SARAH S.; QUINDOS, GUILLERMO; ERASO, ELENA; BIZERRA, FERNANDO C.; BRIONES, MARCELO R. S.; COLOMBO, ARNALDO L. Accurate Identification of Candida parapsilosis (Sensu Lato) by Use of Mitochondrial DNA and Real-Time PCR. Journal of Clinical Microbiology, v. 50, n. 7, p. 2310-2314, JUL 2012. Citações Web of Science: 19.

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