Avaliação de quatro métodos de extração de DNA bovino e bacteriano para quantificação por PCR em tempo real

• Processo: 10/10584-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Vigência (Início): 01 de setembro de 2010
• Vigência (Término): 31 de janeiro de 2011
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Produção Animal
• Pesquisador responsável: Marcos Veiga dos Santos
• Beneficiário: Aline Gerato Dibbern
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia (FMVZ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Staphylococcus aureus Extração DNA Leite Microbiologia
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Dna | Extração | Leite | Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real (qPCR) | Staphylococcus aureus | Microbiologia

Resumo

O objetivo deste estudo é o de comparar os resultados de repetibilidade e rendimento de quatro metodologias para extração de DNA bacteriano de S. aureus presente em amostras de leite de vacas com mastite subclínica, com vistas à amplificação pela reação da polimerase em cadeia em tempo real. Serão utilizadas dez amostras compostas de leite para a espécie de S. aureus para utilização nas quatro metodologias: A) Protocolo descrito por Cremonesi et al. (2006); B) Protocolo de extração comercial de DNA (1); C) Protocolo de extração comercial de DNA (2); D) Fervura em água estéril descrita por Barea et al. (2004). Após o processamento das amostras de leite pelas 4 metodologias sob teste, em quadruplicata, os materiais extraídos serão submetidos à determinação de pureza (Relação A260/A280) e concentração (¼g/¼L) por espectrofotometria, e à quantificação dos genomas-alvo (S. aureus e bovino) pela reação de PCR em tempo real (Ct). Em seguida, os resultados obtidos de cada um dos tratamentos, para cada uma das variáveis avaliadas, serão submetidos à análise estatística descritiva para a determinação da média, desvio padrão e coeficiente de variação entre as quadruplicatas, e as médias de cada tratamento serão submetidas à análise de variância para testar a hipótese de igualdade entre as metodologias de extração para as variáveis em estudo. Com a realização deste estudo, espera-se determinar a metodologia de extração de ácidos nucleicos mais indicada para a amplificação de DNA genômico por PCR em tempo real, com repetibilidade adequada para utilização na rotina diagnóstica de mastite subclínica com a quantificação do patógeno e da célula somática bovina presentes na amostra de leite.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DIBBERN, A. G.; BOTARO, B. G.; VIZIACK, M. P.; SILVA, L. F. P.; SANTOS, M. V.. Evaluation of methods of DNA extraction from Staphylococcus aureus in milk for use in real-time PCR. Genetics and Molecular Research, v. 14, n. 1, p. 227-233, 2015. (10/10584-1)