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Análise de genes de Reparo de DNA em sequências de genoma humano e de Xanthomonas citri

Processo: 00/01615-9
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de abril de 2000
Vigência (Término): 31 de março de 2001
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Carlos Frederico Martins Menck
Beneficiário:Valeria Rodrigues de Oliveira
Instituição-sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:98/11119-7 - Reparo de DNA lesado e conseqüências biológicas, AP.TEM
Assunto(s):Xanthomonas citri   Análise de sequência de DNA   Neoplasias   Cancro (doença de planta)   Mineração de dados

Resumo

O Projeto Genoma-Fapesp, desenvolvido através da rede ONSA ("Organization for Nucleotide Sequencing Analysis") compreende, dentre outros, o programa de Genoma de Câncer Humano e o projeto de Xanthomonas citri. Apesar da diversidade genética promovida pelas mutações, algumas formas de câncer hereditário têm sido associados a deficiências em sistemas de reparo. A observação de um alto grau de conservação dos genes de reparo em espécies pouco correlacionadas filogeneticamente, associados a existência de vários genes humanos e de leveduras bem caracterizados, torna viável um projeto de "DATA MINING" de câncer. A bactéria Xanthomonas citri causa cancro em citrus, afetando seriamente a citricultura paulista. A análise filogenética de proteínas de reparo de DNA, por exemplo, pode revelar detalhes sobre as proteínas e processos de reparo nesta bactéria em relação ao já conhecido para outras bactérias cujo genoma foi completamente seqüenciado. As informações obtidas através de análise filogenética podem ajudar no entendimento da evolução das vias de reparo de DNA, bem como para predizer fenótipos de espécies baseado em sua seqüência genômica. Dentro do projeto de X. citri, serei responsável pela anotação e "finishing" dos cosmídeos; análise de genes de reparo e agente organizador deste projeto de seqüenciamento. (AU)