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Uma abordagem computacional para a identificação de alvos terapêuticos com base nos dados de transcriptomas e proteomas de tecidos tumorais

Processo: 05/51467-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de outubro de 2005
Vigência (Término): 31 de julho de 2006
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Eloiza Helena Tajara da Silva
Beneficiário:Nelson José Freitas da Silveira
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (FAMERP). Secretaria de Desenvolvimento Econômico (São Paulo - Estado). São José do Rio Preto , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:04/12054-9 - Busca de marcadores de agressividade em tumores de cabeça e pescoço, AP.TEM
Assunto(s):Biologia computacional   Proteômica   Desenho de drogas   Expressão gênica   Marcador molecular

Resumo

O presente projeto tem como objetivo criar um banco de dados local com resultados de SAGE, microarranjos e proteômica e desenvolver algoritmos para busca de diferenças de expressão comuns a esses três sistemas em tumores de cabeça e pescoço, gástricos e de sistema nervoso. Os resultados, a serem apresentados em uma página web, permitirão a seleção, pelo usuário, de genes com expressão baixa ou elevada nesses tumores e revelar padrões metabólicos e de sinalização importantes para o desenho de alvos terapêuticos. Além disso, será criada uma base de dados de ligantes para análises, por screening virtual, de interações de proteínas de interesse com ligantes. Os resultados permitirão a investigação de drogas para os marcadores selecionados no presente projeto e para outras proteínas, como PNP e CDKs humanas, utilizando simulações de docking. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SEVERINO, PATRICIA; BRUGGEMANN, HOLGER; ANDREGHETTO, FLAVIA MAZIERO; CAMPS, CARME; GARRIDO KLINGBEIL, MARIA DE FATIMA; DE PEREIRA, WELBERT OLIVEIRA; SOARES, RENATA MACHADO; MOYSES, RAQUEL; WUENSCH-FILHO, VICTOR; MATHOR, MONICA BEATRIZ; NUNES, FABIO DAUMAS; RAGOUSSIS, JIANNIS; TAJARA, ELOIZA HELENA. MicroRNA expression profile in head and neck cancer: HOX-cluster embedded microRNA-196a and microRNA-10b dysregulation implicated in cell proliferation. BMC CANCER, v. 13, NOV 9 2013. Citações Web of Science: 37.
SILVEIRA, NELSON J. F.; VARUZZA, LEONARDO; MACHADO-LIMA, ARIANE; LAURETTO, MARCELO S.; PINHEIRO, DANIEL G.; RODRIGUES, RODRIGO V.; SEVERINO, PATRICIA; NOBREGA, FRANCISCO G.; SILVA, JR., WILSON A.; PEREIRA, CARLOS A. DE B.; TAJARA, ELOIZA H.; GENCAPO, HEAD NECK GENOME PROJECT. Searching for molecular markers in head and neck squamous cell carcinomas (HNSCC) by statistical and bioinformatic analysis of larynx-derived SAGE libraries. BMC MEDICAL GENOMICS, v. 1, NOV 11 2008. Citações Web of Science: 22.
JOSE FREITAS DA SILVEIRA‚ N.; EDUARDO BONALUMI‚ C.; ANDRADE ARCURI‚ H.; FILGUEIRA DE AZEVEDO JUNIOR‚ W. Molecular Modeling Databases: A New Way in the Search of Protein Targets for Drug Development. Current Bioinformatics, v. 2, n. 1, p. 1-10, 2007.

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