Busca de sítios de ligação de microRNAs diferencialmente expressos em câncer de cabeça e pescoço em regiões promotoras de genes humanos

• Processo: 10/01880-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2010
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2011
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Ariane Machado Lima
• Beneficiário: Marcelo Augusto Bezerra Paparelli
• Instituição Sede: Escola de Artes, Ciências e Humanidades (EACH). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Controle da expressão gênica Neoplasias de cabeça e pescoço
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | câncer de cabeça e pescoço | Controle de expressão gênica | Pipeline | sítios de microRNA | Bioinformática

Resumo

Os microRNAs (miRNAs) são moléculas de RNA, formadas por aproximadamente 22 nucleotídeos, que exercem um papel de regulação da expressão gênica. Desta forma, o aumento ou a diminuição da expressão dessas moléculas alteram a expressão de outros genes que podem exercer um papel importante no desenvolvimento de doenças como o câncer. Descobrir quais são esses genes alvos pode permitir conhecer mais sobre as bases moleculares dessas doenças e auxiliar no desenvolvimento de novas abordagens terapêuticas e métodos diagnósticos. O mecanismo de atuação mais conhecido dos miRNAs em animais é a repressão da tradução quando ligado à região 3' UTR (região não traduzida) de um RNA mensageiro (mRNA). No entanto, outras formas de atuação foram sugeridas nos últimos anos. Uma delas é a ativação da expressão de um gene quando um miRNA se liga à sua região promotora. Tal mecanismo foi denominado RNAa (RNA activation). Trata-se de um mecanismo recém relatado e poucos trabalhos explorando esse fato foram encontrados. Este projeto de pesquisa tem como objetivo desenvolver um pipeline computacional para identificar sítios de ligação de miRNAs em regiões promotoras de genes alvos e usá-lo para investigar esse mecanismo de regulação em câncer. Mais especificamente, serão buscados, computacionalmente, sítios de ligação de miRNAs nas regiões promotoras de genes humanos. Será também investigada a associação entre a presença e localização de tais sítios e inícios alternativos de transcrição nos genes alvo. Para esse estudo selecionaremos miRNAs diferencialmente expressos entre amostras de carcinoma epidermóide de cabeça e pescoço e amostras de tecido epitelial livre de tumor atualmente estudados no contexto de um projeto financiado pela FAPESP.