Expressão e localização sub-celular de RNAs intrônicos não-codificantes através de hibridização fluorescente in situ (RNA-FISH)

• Processo: 08/03665-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Novas Fronteiras
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2008
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2009
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Eduardo Moraes Rego Reis
• Beneficiário: Eduardo Moraes Rego Reis
• Pesquisador Anfitrião: David L. Spector
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL), Estados Unidos
• Assunto(s): RNAs não codificadores Expressão gênica Hibridização in situ Eucariotos Genomas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Expressao Genica | Hibridizacao In Situ | Nucleo | Rna Fish | Rnas Nao Codificadores | Expressão gênica

Resumo

Estudos recentes têm demonstrado que a maior parte do genoma de eucariotos é transcrito na forma de RNAs não-codificadores (ncRNAs). Embora seja evidente que diferentes classes de ncRNAs desempenham papéis fundamentais no contrôle da expressão gênica, apenas uma pequena fração da porção não-codificadora do transcriptoma tem sua função conhecida. Esta proposta de trabalho pretende utilizar abordagens de biologia molecular e celular para identificar novos RNAs não-codificadores envolvidos na regulação da expressão gênica, a partir da observação de transcritos com padrão de expressão restrito ao núcleo da célula, localizados em foci nucleares que interajam com estruturas sub-nucleares participantes no processamento de RNA e/ou remodelagem da cromatina. Em especial, pretende-se estudar uma classe de ncRNAs longos, sem splicing, expressso em regiões intrôncas do genoma humano, identificada recentemente em nosso grupo [Reis et al., 2004; Nakaya et al., 2007]. Serão utilizados experimentos de fracionamento celular e hibridização com oligoarrays customizados de alta-densidade para a seleção de ncRNAs intrônicos enriquecidos no núcleo. O rastreamento de ncRNAs intrônicos nucleares localizados em foci discretos será feito utilizando RNA-FISH. A co-localização de ncRNAs nucleares com sub-estruturas nucleares envolvidas no processamento de RNA será feita combinando experimentos de RNA-FISH e imunofluorescência. O conjunto de experimentos propostos permitirá avançar o conhecimento acerca dos mecanismos de biogênese e processamento dos ncRNAs intrônicos, assim como em relação ao seus possíveis papéis na modulação da expressão gênica em tecidos humanos em situações normais e patológicas. (AU)