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Mecanismo de "folding" de macromoleculas: estudo sobre o papel das especificidades topologicas e quimicas das interacoes intramoleculares em cadeias polimericas lineares.

Processo: 00/12107-4
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de junho de 2001
Vigência (Término): 31 de maio de 2005
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
Pesquisador responsável:Antonio Caliri
Beneficiário:Luiz Faustino de Oliveira Rocha
Instituição-sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
Assunto(s):Proteínas

Resumo

Neste projeto propomos estudar o processo de folding de proteínas através da simulação Monte Cario envolvendo múltiplas escalas espaciais/temporais. Serão consideradas cadeias peptídicas pequenas, tanto por sua crescente importância atual quanto por conveniência computacional. Os principais ingredientes considerados no processo são classificados em dois grupos principais: (i)- força entrópica (efeito hidrofóbico) e especificidades estéricas (complementaridade dos resíduos) e (ii)- especificidades químicas (pontes de hidrogênio, pontes salinas e links covalentes). Um programa computacional original deverá ser planejado e codificado para este propósito. Concomitantemente serão desenvolvidos algoritmos computacionais, envolvendo desde o conjunto de movimentos básicos (moves set) em diferentes escalas: monômeros (da estrutura primária) e grupamentos de monômeros (motifes: a-hélices, b - strands, turns, etc.). Este procedimento exigirá o envolvimento de diferentes escalas temporais e espaciais ao longo da simulação que deverão levar em conta o fato de as estruturas secundárias se formarem numa escala de tempo muito menor (10-6 segundos) do que as estruturas terciárias (10?2 - 10?3 segundos). (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
ROCHA, L. F. O.; SILVA, I. R.; CALIRI, A. Distinct conformational properties determined by implicit and explicit representation of protein-solvent interactions. An analytical and computer simulation study. PHYSICA A-STATISTICAL MECHANICS AND ITS APPLICATIONS, v. 388, n. 19, p. 4097-4104, OCT 1 2009. Citações Web of Science: 4.
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
ROCHA, Luiz Faustino de Oliveira. Mecanismo de folding de macromoléculas : estudo sobre o papel das especificidades topológicas e químicas das interações intramoleculares em cadeias poliméricas lineares. 118 f. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas. São José do Rio Preto.

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