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Análise algébrica de problemas de rearranjo em genomas: algoritimos e complexidade.

Processo: 03/00731-3
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Vigência (Início): 01 de abril de 2003
Vigência (Término): 30 de abril de 2007
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Teoria da Computação
Pesquisador responsável:João Meidanis
Beneficiário:Cleber Valgas Gomes Mira
Instituição-sede: Instituto de Computação (IC). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Assunto(s):Biologia computacional   Grupos de permutação   Rearranjo gênico

Resumo

O objetivo desse projeto de Doutorado é utilizar a nova abordagem de Grupo de Permutações na modelagem de genomas para analisar seus benefícios no estudo de problemas de Rearranjo em Genomas. As principais metas para alcançar esse objetivo são: 1- Demonstrar que há algoritmo polinomial para o problema de calcular a distância de reversão entre dois genomas com sinal. Existe uma prova desse resultado que utiliza argumentos gráficos e de propriedades de cadeias o que a toma bastante complicada. Acreditamos que uma abordagem algébrica poderia simplificá-la. 2- Estudar, possivelmente com idéias extraídas do objetivo anterior, o problema de calcular a distância de transposição entre dois genomas; bem como o problema de transposição de prefixo. Ambos os problemas de distância de transposição e o de transposição com prefixo ainda não possuem uma classificação de usa complexidade computacional. 3- Formalizar argumentos que envolvem a inserção ou remoção de blocos de genes. (AU)

Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
MIRA, Cleber Valgas Gomes. Analise algebrica de problemas de rearranjo em genomas : algoritmos e complexidade. 2007. Tese de Doutorado - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Computação.

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