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Projeto Genoma-FAPESP: Xylella Fastidiosa

Processo: 98/14455-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de abril de 1999
Vigência (Término): 31 de agosto de 2000
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Ronaldo Bento Quaggio
Beneficiário:Cássia Docena
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Xylella fastidiosa   Genomas   Análise de sequência de DNA

Resumo

Agente da clorose variegada dos citros (CVC) ou amarelinho, Xylella fastidiosa, uma bactéria gram-negativa, tem grande importância na economia agrícola do Estado de São Paulo com grande parte da agricultura centrada na produção de sucos e derivados cítricos. Com o objetivo de treinar laboratórios do Estado de São Paulo em técnicas modernas de biologia molecular e biotecnologia, o projeto genoma criado pela FAPESP habilitou estes laboratórios a seqüenciar o genoma completo da bactéria Xylella fastidiosa em larga escala, contribuindo internacionalmente para a elucidação de sua completa informação genética. A estratégia para o seqüenciamento do genoma da bactéria foi definida pela FAPESP através de um Comitê Coordenador de DNA, responsável pela distribuição aos laboratórios do material a ser seqüenciado. Trinta e cinco laboratórios, na capital e interior do estado, foram escolhidos para o desenvolvimento do projeto, sendo dois desses laboratórios considerados centrais e coordenadores do seqüenciamento. Dentre estes laboratórios, situa-se o Laboratório Central QR ao qual refere-se este relatório. O período de seqüenciamento descrito é referente aos meses de abril de 1998 a janeiro de 2000. Neste período participamos na elaboração de uma série de métodos para a otimização do seqüenciamento de DNA em larga escala. Estes métodos incluíram a preparação de amostras de DNAs para seqüenciamento automático, preparação de bibliotecas a partir decosmídeos e uma série de pequenas otimizações de procedimentos já estabelecidos. O objetivo seguinte a esta etapa, o qual é propósito do projeto de dissertação de mestrado, foi à realização da anotação de genes das seqüências de alguns cosmídeos comparando-os às de outros organismos e classificando-os em categorias de acordo com sua estrutura e função biológica, utilizando como ferramenta, bancos de dados disponíveis na Interne. Este relatório descreve as metodologias empregadas pelo Laboratório Central QR (coordenado pelo Prof. Dr. Fernando de Castro Reinach, Prof. Dr. Ronaldo Bento Quaggio e Profa. Dra. Ana Cláudia Rasera da Silva), os resultados obtidos e as técnicas de avaliação destes resultados de acordo com as normas estabelecidas pelo Comitê Coordenador de DNA e pelo Centro de Computação da Unicamp. (AU)

Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
DOCENA, Cássia. Sequenciamento e anotação de parte do genoma de Xylella fastidiosa e análise das vias de biossíntese de pequenas moléculas e cofatores. 2000. 90 f. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Química São Paulo.

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