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Redução de dimensionalidade para identificação de arquitetura de redes de regulação gênica e projeto de operadores

Processo: 04/03967-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de dezembro de 2004
Vigência (Término): 30 de setembro de 2008
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Metodologia e Técnicas da Computação
Pesquisador responsável:Roberto Marcondes Cesar Junior
Beneficiário:David Corrêa Martins Junior
Instituição-sede: Instituto de Matemática e Estatística (IME). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Análise de sequência com séries de oligonucleotídeos   Análise serial da expressão gênica (SAGE)

Resumo

Redução de dimensionalidade é um problema muito importante da área de reconhecimento de padrões com aplicação em diversos campos do conhecimento. Este documento tem como finalidade apresentar uma proposta de projeto de doutorado que servirá como uma continuação do projeto de mestrado do aluno. Um dos principais resultados de seu mestrado (bolsisfa FAPESP proc. 02/04611-0) foi a elaboração de uma função critério baseada em entropia condicional para seleção de características. Esse método tem se mostrado bastante adequado para identificar genes que separam dois ou mais estados biológicos distintos e para verificação de dependência de um gene com relação aos demais no contexto de bioinformática. Também no contexto de processamento de imagens, esse método mostrou-se viável para construção de W-operadores. Agora, com base nos avanços obtidos da pesquisa de mestrado, pretende-se estender a aplicação desse método para identificação de arquiteturas de redes de regulação gênica em bioinformática, e para construção de filtros W-operadores no contexto de análise multiresolução em processamento de imagens. A aplicação em bioinformática desse doutorado se insere como parte dos esforços do Núcleo de Bioinformática da USP em colaboração com o Ludwig Institute for Cancer Research (pesquisadora Helena Brentani) e o Instituto de Ciências Biomédicas (ICB-USP) (Projeto Malária FAPESP - proc. 2001/09401-0 com o professor Hernando Del Portillo). (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre a bolsa:
Genes escolhidos 

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
RIS‚ M.; BARRERA‚ J.; MARTINS JR‚ D.C. U-curve: A branch-and-bound optimization algorithm for U-shaped cost functions on Boolean lattices applied to the feature selection problem. PATTERN RECOGNITION, v. 43, n. 3, p. 557-568, 2010.
BARRERA‚ J.; CESAR‚ R.M.; HUMES‚ C.; MARTINS‚ D.C.; PATRÃO‚ D.F.C.; SILVA‚ P.J.S.; BRENTANI‚ H. A feature selection approach for identification of signature genes from SAGE data. BMC Bioinformatics, v. 8, n. 1, p. 169, 2007.
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
JUNIOR, David Corrêa Martins. Seleção de características e predição intrinsecamente multivariada em identificação de redes de regulação gênica. 2008. 144 f. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística São Paulo.

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