Busca avançada
Ano de início
Entree

Análise genômica macro comparativa entre Leifsonia xyli subs. cynodontis e Leifsonia xyli subsp. xyli

Processo: 04/15129-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Vigência (Início): 01 de abril de 2005
Vigência (Término): 31 de março de 2008
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Marie-Anne van Sluys
Beneficiário:Marcelo Marques Zerillo
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:04/02851-9 - Elementos de transposição e seu impacto no genoma de bactérias e plantas, AP.TEM
Assunto(s):Leifsonia xyli   Elementos de DNA transponíveis   Genomas

Resumo

Leifsonia xyli compreende duas subespécies de bactérias: Leifsonia xyli subsp. cynodontis (Lxc) e Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx), mas somente a última causa doença em cana-de-açúcar, o raquitismo da soqueira (RSD). O genoma completo da Lxx (CTCB07), seqüenciado pelo grupo AEG/ONSA/FAPESP foi recentemente publicado. O seqüenciamento de insertos grandes de Lxc e o mapeamento sobre o genoma de Lxx revelou que aparentemente há grandes rearranjos entre as bactérias, muitas vezes associados a presença de transposons do tipo IS e/ou fagos. Considerando-se que ambas as bactérias foram isoladas somente de ambientes restritos, ou seja, o xilema de suas hospedeiras, esta aparente grande reorganização cromossômica entre elas é considerada paradoxal, quando avaliadas outras bactérias de nicho restrito que também foram comparadas com bactérias de linhagem próxima. ISs, fagos e ilhas genômicas também são distintos para cada uma das bactérias. Portanto, diante desta conjuntura, propõe-se aqui uma nova análise do genoma de Lxc, através da construção e seqüenciamento de insertos pequenos (2-4 kb) e grandes de Lxc (> 80 kb). Desta vez, clones contendo seqüências exclusivas de Lxc serão sub-clonados e seqüenciados. A análise do genoma será não só comparativa ao genoma de Lxx, mas levará em consideração a estrutura do próprio genoma de Lxc. Novos ISs de Lxc serão caracterizados e terão os transcritos avaliados. (AU)