Análise genômica macro comparativa entre Leifsonia xyli subs. cynodontis e Leifsonia xyli subsp. xyli

• Processo: 04/15129-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Vigência (Início): 01 de abril de 2005
• Vigência (Término): 31 de março de 2008
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Marie-Anne van Sluys
• Beneficiário: Marcelo Marques Zerillo
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 04/02851-9 - Elementos de transposição e seu impacto no genoma de bactérias e plantas, AP.TEM
• Assunto(s): Leifsonia xyli Elementos de DNA transponíveis Genomas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Biblioteca Bac | Elementos Transponiveis | Genoma | Leifsonia Xyli Subsp. Xyli | Rearranjo

Resumo

Leifsonia xyli compreende duas subespécies de bactérias: Leifsonia xyli subsp. cynodontis (Lxc) e Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx), mas somente a última causa doença em cana-de-açúcar, o raquitismo da soqueira (RSD). O genoma completo da Lxx (CTCB07), seqüenciado pelo grupo AEG/ONSA/FAPESP foi recentemente publicado. O seqüenciamento de insertos grandes de Lxc e o mapeamento sobre o genoma de Lxx revelou que aparentemente há grandes rearranjos entre as bactérias, muitas vezes associados a presença de transposons do tipo IS e/ou fagos. Considerando-se que ambas as bactérias foram isoladas somente de ambientes restritos, ou seja, o xilema de suas hospedeiras, esta aparente grande reorganização cromossômica entre elas é considerada paradoxal, quando avaliadas outras bactérias de nicho restrito que também foram comparadas com bactérias de linhagem próxima. ISs, fagos e ilhas genômicas também são distintos para cada uma das bactérias. Portanto, diante desta conjuntura, propõe-se aqui uma nova análise do genoma de Lxc, através da construção e seqüenciamento de insertos pequenos (2-4 kb) e grandes de Lxc (> 80 kb). Desta vez, clones contendo seqüências exclusivas de Lxc serão sub-clonados e seqüenciados. A análise do genoma será não só comparativa ao genoma de Lxx, mas levará em consideração a estrutura do próprio genoma de Lxc. Novos ISs de Lxc serão caracterizados e terão os transcritos avaliados. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

MONTEIRO-VITORELLO, CLAUDIA BARROS; ZERILLO, MARCELO MARQUES; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; ARANHA CAMARGO, LUIS EDUARDO; KITAJIMA, JOAO PAULO. Complete Genome Sequence of Leifsonia xyli subsp. cynodontis Strain DSM46306, a Gram-Positive Bacterial Pathogen of Grasses. GENOME ANNOUNCEMENTS, v. 1, n. 6, p. 2-pg., 2013-11-01. (04/15129-0, 04/02851-9, 01/12613-0)