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Efeito da utilização de diferentes critérios de controle de qualidade dos genótipos em estudos de associação e seleção genômica ampla

Texto completo
Autor(es):
Tiago Bresolin
Número total de Autores: 1
Tipo de documento: Dissertação de Mestrado
Instituição: Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Data de defesa:
Membros da banca:
Fernando Sebastián Baldy Rey; Rusbel Raul Aspilcueta Borquis
Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque; Roberto Carvalheiro
Resumo

Na seleção genômica os estudos se concentram em estimar a habilidade ou acurácia de predição genômica. A acurácia de predição pode ser afetada por muitos fatores como a herdabilidade da característica, o tamanho efetivo da população, a densidade dos marcadores, o tamanho do genoma, o número de loci afetando a característica e distribuição dos seus efeitos, o desequilíbrio de ligação e o tipo e número de informações fenotípicas usadas nas análises estatísticas. Contudo, muitos desses fatores podem ser direta ou indiretamente afetados pela edição do conjunto de marcadores, podendo influenciar a acurácia de predição genômica. Para os estudos de associação genômica ampla a falta de qualidade dos dados genômicos pode levar a resultados falso-negativos ou positivos na fase de descoberta das regiões associadas a características de importância econômica. Além disso, o controle de qualidade pode levar a perdas de marcadores que capturam uma proporção significativa da variância genética. Sendo assim, este estudo teve como objetivos avaliar o efeito do controle de qualidade, da densidade e da frequência alélica dos marcadores sobre a seleção genômica e o efeito do controle de qualidade dos marcadores nos estudos de associação genômica ampla, em bovinos da raça Nelore. Para isso foram utilizadas informações fenotípicas, genotípicas e de pedigree provenientes de fazendas que integram os programas de melhoramento genético da DeltaGen e CRV Paint. Foram utilizadas as características idade ao primeiro parto, peso à desmama e peso ao sobreano. Os animais foram genotipados com o painel Illumina Bovine HD, que contém, aproximadamente, 777.000 SNPs. Os fenótipos foram pré-corrigidos para os efeitos fixos, utilizando um modelo animal uni-característica. Para a seleção genômica foram criados 1) três cenários com diferentes limiares de exclusão dos SNPs de acordo com os critérios de controle... (AU)

Processo FAPESP: 13/26264-4 - Efeito da utilização de diferentes critérios de controle de qualidade dos genótipos em estudos de associação e seleção genômica ampla
Beneficiário:Tiago Bresolin
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Mestrado