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Integração para dados e aplicações em Biologia Molecular Computacional

Texto completo
Autor(es):
Márcio Katsumi Oikawa
Número total de Autores: 1
Tipo de documento: Dissertação de Mestrado
Imprenta: São Paulo.
Instituição: Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI)
Data de defesa:
Orientador: João Eduardo Ferreira
Área do conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação
Indexada em: Banco de Dados Bibliográficos da USP-DEDALUS
Localização: Universidade de São Paulo. Instituto de Matemática e Estatística. Biblioteca Carlos Benjamin de Lyra; IME-T QA772.T; O39i
Resumo

Um dos grandes desafios atuais na área de Biologia Molecular Computacional é a manipulação de estruturas heterogêneas. Basicamente, podemos dividir este ambiente heterogêneo em dois conjuntos semanticamente distintos: dados e aplicações. A heterogeneidade de dados é representada pela variação estrutural das fontes de dados que armazenam informações biológicas. O crescente volume de dados, sem padronização, tem dificultado cada vez mais a elaboração de estudos conclusivos. A heterogeneidade de aplicações trata as diferenças semânticas e estruturais de um conjunto de implementações algorítimicas (aplicações) utilizadas nas análises dos dados. Nossa pesquisa apresenta uma alternativa para integração de dados e aplicações que usa um ambiente para controle automatizado de um fluxo de execução. Tal controle otimiza o processo computacional de descoberta de conhecimento. Definimos nesse trabalho um metadados para a integração e gerenciamento de dados heterogêneos. Para controlar a heterogeneidade das aplicações definimos um conjunto de operadores para criar um fluxo consecutivo mencionado neste trabalho de gen-pipe (AU)

Processo FAPESP: 00/10062-3 - Ambiente de integração analítico envolvendo processos e bases de dados heterogêneos de genoma
Beneficiário:Marcio Katsumi Oikawa
Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado