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Geração de etiquetas de sequências expressas dirigidas para porções codificadoras dos genes (Orestes): identificação de novos genes humanos expressos em câncer de mama

Autor(es):
Correa, Ricardo Garcia
Número total de Autores: 1
Tipo de documento: Tese de Doutorado
Imprenta: São Paulo. 2001. 142 f.
Instituição: Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Química
Data de defesa:
Membros da banca:
Brentani, Ricardo Renzo; Martins, Elizabeth Angélica; Soares Neto, Luis Eduardo; Sogayar, Mari Cleide; Almeida, Sérgio Verjovski de
Orientador: Brentani, Ricardo Renzo
Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica
Indexada em: Banco de Dados Bibliográficos da USP-DEDALUS; Biblioteca Digital de Teses e Dissertações - USP
Localização: Universidade de São Paulo. Biblioteca do Conjunto das Químicas; T 574.88; C824g
Resumo

A sequência completa do genoma humano deverá estar disponível em questão de um ano. Neste contexto, "etiquetas de sequências expressas" (ESTs) serão fundamentais para a identificação de genes humanos e análise de expressão gênica. Neste trabalho, descrevemos uma nova abordagem para a geração de bibliotecas de cDNA, utilizando iniciadores arbitrários para a produção, por PCR, de mini-bibliotecas a partir de mRNA derivado de câncer de mama. Clones destas bibliotecas foram sequenciadas para gerar 6029 ESTs. Utilizando esta abordagem, foi possível observar uma significante normalização das diferentes sub-populações de mRNA e amplificação preferencial de porções centrais dos genes. Análise bioinformática destas sequências mostra que 3.350 ESTs (56%) tem similaridade significante a sequências de DNA e/ou cDNA já conhecidas (sequências anotadas) descritas em diferentes organismos, e 1509 ESTs (25%) não possuem qualquer similaridade a diferentes bancos de dados. Dentre as sequências anotadas, identificamos algumas sequências com alta similaridade a genes conhecidos em diferentes organismos, indicando a descoberta de alguns genes homólogos possivelmente envolvidos com processos carcinogênicos. Como exemplo, isolamos e caracterizamos parcialmente (i) uma nova isoforma do gene NABC1 (novel amplified sequence in breast carcinoma 1), o qual é pouco expresso em tumores coloretais e (ii) um novo gene da família de semaforinas (moléculas de motilidade axonal) que apresenta uma baixa expressão em linhagens celulares de glioblastoma tratadas com ácido retinóico, um agente anti-tumoral. (AU)

Processo FAPESP: 97/04213-4 - Geração de etiquetas de sequências expressas por RAP-PCR: identificação de novos genes humanos no modelo de câncer de mama
Beneficiário:Ricardo Garcia Corrêa
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado