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Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME) (Instituição-sede da última proposta de pesquisa) País de origem: Brasil
possui graduação em Ciência da Computação (2003), doutorado em Bioinformática (2007) e livre-docência (2016), todos pela Universidade de São Paulo. Realizou pós-doutorado no Instituto de Ciências Médicas da Universidade de Tóquio (2007-2009) e no Computational Science Research Program do RIKEN (2009-2011) (Japão). Foi Pesquisador Visitante no Cancer Research Institute da Kanazawa University (Japão), no Dept. de Ciência da Computação da Leipzig University (Alemanha), e no Institute of Psychiatry, Psychology & Neuroscience do King's College London (Reino Unido). Recebeu prêmios de melhor tese em ciência da computação pela Sociedade Brasileira de Computação (SBC), Menção Honrosa no prêmio CAPES de teses na área de Ciências Biológicas I, Jovem Pesquisador Destaque pela Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C), Alexander von Humboldt Fellowship (Alemanha), Newton Advanced Fellowship (Academy of Medical Sciences - Newton Fund - the Royal Society, Reino Unido), Special Postdoctoral Researcher Fellowship (RIKEN, Japão). Trabalha com temas relacionados à conectividade e métodos estatísticos em grafos, ambos com aplicações na análise de dados biológicos em larga escala ("omics", EEG, fMRI). Atualmente é Professor Associado do Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo (USP) e coordenador do programa de pós-graduação interunidades em bioinformática. A página pessoal encontra-se em: http://www.ime.usp.br/~fujita (Fonte: Currículo Lattes)
| Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o(a) pesquisador(a) |
| Pesquisadores desvendam como a infecção por zika na gestação pode afetar o cérebro do bebê |
| Pós-doutorado em estatística computacional na USP |
| Método identifica regiões cerebrais relacionadas com o déficit de atenção |
| Matéria(s) publicada(s) em Outras Mídias (2 total): |
| UOL: Você fala a língua da programação (16/Dez/2019) |
| Agrosoft: Pós-doutorado em estatística computacional na USP (27/Jan/2020) |
O projeto CAPOEIRA abrangerá temas de ciência da computação teórica (essencialmente teoria dos grafos), matemática (combinatória, estatística e probabilidade) e de desenvolvimento de algoritmos para abordar várias questões biológicas, em particular, as interações intra e interespécies, que têm implicações em todos os aspectos das ciências da vida, incluindo saúde, ecologia e meio ambie...
A importância da Estatística nas ciências naturais é inquestionável. A Estatística é essencial para analisar dados de forma apropriada e também obter conclusões confiáveis. No entanto, pouco se é conhecido sobre métodos estatísticos formais em grafos e suas propriedades teóricas mesmo com o aumento no número de artigos relacionados com redes do mundo real (por ex., redes funcionais de ...
O subtipo de cancer de mama triplo negativo é atualmente o único subtipo de cancer de mama sem um alvo terapêutico, e consequentemente, apresenta um pior prognóstico. Devido a este fenótipo mais agressivo, há uma urgente necessidade de identificar novos biomarcadores que discriminem indivíduos com prognóstico ruim. Nossa hipótese é de que miRNAs podem ser usados para este fim, pois est...
O córtex cerebral e o cerebelo estão em áreas espacialmente remotas e conectadas por circuitos complexos que ligam áreas primárias e associativas. Estudos anteriores revelam anormalidades no transtorno do espectro autista (TEA). No entanto, ainda não é claro se a conectividade córtico-cerebelar é diferente no transtorno. Para explorar esta questão, nós investigamos as diferenças intrín...
Recentemente tem sido demonstrado que as estruturas da rede funcional do cérebro e das redes regulatórias de genes são mais adequadas para caracterizar os estados do organismo biológico do que a análise individual de suas partes. Além disso, é sabido que tais redes não são exatamente iguais mesmo entre indivíduos do mesmo grupo devido a variabilidade intrínseca. Assim, métodos tradicio...
Ao longo dos últimos anos muitos dados do mundo real tem sido modelados usando grafos. Consequentemente, tanto o número de grafos quanto o seu tamanho aumentaram. Atualmente é possível encontrar grafos muito grandes (milhões de vértices). Neste contexto, o desenvolvimento de métodos computacionais eficientes para analisar grandes grafos e o treinamento de pessoas capacitadas para usar ...
O alto número de mortes decorrentes de câncer de mama evidencia a importância dos estudos realizados na área. Dentre os subtipos moleculares de câncer de mama, o triplo-negativo está associado à forma mais agressiva e, por não ter tratamentos específicos, apresenta os piores prognósticos. Dada a importância dos estudos em câncer, bancos de dados multi-ômicas disponibilizam uma grade qu...
A esquizofrenia é um transtorno psiquiátrico cuja evolução geralmente leva o portador a uma extensa deterioração das capacidades cognitivas e sociais. Muitos passam a ser dependentes do apoio familiar, além de necessitarem de constantes internações em clínicas psiquiátricas e hospitais. Apesar da baixa prevalência na população, em torno de 0,4 por cento, os custos econômicos são altos,...
O corpo caloso é a maior estrutura de matéria branca do cérebro humano. Uma das suas funções é facilitar a interação entre os hemisférios esquerdo e direito. Anormalidades na morfologia do corpo caloso já foram reportadas em diversos transtornos neuropsiquiátricos, como esquizofrenia, transtorno do espectro autista, transtorno de déficit de atenção e hiperatividade, síndrome da mão al...
Os avanços tecnológicos e da pesquisa em áreas como genômica, transcriptômica e proteômica têm produzido massas enormes de dados que, na maioria das vezes, só podem ser analisados utilizando técnicas estatísticas, matemáticas e computacionais. Essas análises têm como principal objetivo, gerar conhecimentos que possam auxiliar no desenvolvimento de métodos para diagnóstico, prognóstico ...
Existem pelo menos três razões principais para a dificuldade em reduzir o número de pessoas que abusam de álcool, ou sofrem de depressão ou transtorno de déficit de atenção e hiperatividade (TDAH). São elas (i) o diagnóstico tardio num momento quando a psicopatologia já está bastante avançada, (ii) uma classificação baseada em critérios subjetivos, i.e., baseada na observação do compor...
A teoria dos grafos é utlizada em muitas áreas do conhecimento. Por exemplo, em biologia molecular grafos podem representar redes de interação proteína-proteína ou redes de regulação genética; e em neurociência eles são utilizados para estudar redes funcionais do cérebro. Como redes do mundo real usualmente apresentam flutuações intrínsecas (por exemplo, redes funcionais do cérebro pod...
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
| Publicações | 28 |
| Citações | 118 |
| Cit./Artigo | 4,2 |
| Dados do Web of Science | |
TAKAHASHI, DANIEL YASUMASA; SATO, JOAO RICARDO; FERREIRA, CARLOS EDUARDO; FUJITA, ANDRE. Discriminating Different Classes of Biological Networks by Analyzing the Graphs Spectra Distribution. PLoS One, v. 7, n. 12, DEC 19 2012. Citações Web of Science: 16. (11/07762-8, 10/01394-4)
GUZMAN, GROVER E. C.; SATO, JOAO R.; VIDAL, MACIEL C.; FUJITA, ANDRE. Identification of alterations associated with age in the clustering structure of functional bra in networks. PLoS One, v. 13, n. 5, MAY 24 2018. Citações Web of Science: 1. (16/13422-9, 15/01587-0)
VATTIMO, EDOARDO F. Q.; BARROS, VIVIAN B.; REQUENA, GUARACI; SATO, JOAO R.; FATORI, DANIEL; MIGUEL, EURIPEDES C.; SHAVITT, ROSELI G.; HOEXTER, MARCELO Q.; BATISTUZZO, MARCELO C.. Caudate volume differences among treatment responders, non-responders and controls in children with obsessive-compulsive disorder. EUROPEAN CHILD & ADOLESCENT PSYCHIATRY, v. 28, n. 12, p. 1607-1617, DEC 2019. Citações Web of Science: 1. (13/08531-5, 18/21934-5, 14/50917-0, 09/09949-8, 18/04654-9)
REBELLO, KEILA; MOURA, LUCIANA M.; XAVIER, GABRIELA; SPINDOLA, LETICIA M.; CARVALHO, CAROLINA MUNIZ; HOEXTER, MARCELO QUEIROZ; GADELHA, ARY; PICON, FELIPE; PAN, PEDRO MARIO; ZUGMAN, ANDRE; et al. Association between spontaneous activity of the default mode network hubs and leukocyte telomere length in late childhood and early adolescence. JOURNAL OF PSYCHOSOMATIC RESEARCH, v. 127, DEC 2019. Citações Web of Science: 0. (13/08531-5, 18/21934-5, 14/50917-0, 14/07280-1, 18/04654-9)
HEINZE, RAFAEL ALVES; VANZELLA, PATRICIA; ZIMEO MORAIS, GUILHERME AUGUSTO; SATO, JOAO RICARDO. Hand motor learning in a musical context and prefrontal cortex hemodynamic response: a functional near-infrared spectroscopy (fNIRS) study. COGNITIVE PROCESSING, v. 20, n. 4, p. 507-513, NOV 2019. Citações Web of Science: 0. (18/21934-5, 18/04654-9)
JARDIM, VINICIUS CARVALHO; SANTOS, SUZANA DE SIQUEIRA; FUJITA, ANDRE; BUCKERIDGE, MARCOS SILVEIRA. BioNetStat: A Tool for Biological Networks Differential Analysis. FRONTIERS IN GENETICS, v. 10, JUN 21 2019. Citações Web of Science: 0. (14/50884-5, 18/21934-5, 16/13422-9, 15/21162-4, 08/57908-6)
SATO, JOAO RICARDO; BIAZOLI JR, CLAUDINEI EDUARDO; MOURA, LUCIANA MONTEIRO; CROSSLEY, NICOLAS; ZUGMAN, ANDRE; PICON, FELIPE ALMEIDA; HOEXTER, MARCELO QUEIROZ; AMARO JR, EDSON; MIGUEL, EURIPEDES CONSTANTINO; ROHDE, LUIS AUGUSTO; et al. Association Between Fractional Amplitude of Low-Frequency Spontaneous Fluctuation and Degree Centrality in Children and Adolescents. BRAIN CONNECTIVITY, v. 9, n. 5, p. 379-387, JUN 1 2019. Citações Web of Science: 0. (16/04983-7, 13/08531-5, 18/21934-5, 14/50917-0, 18/04654-9)
KINKER, GABRIELA SARTI; THOMAS, ANDREW MALTEZ; CARVALHO, VINICIUS JARDIM; LIMA, FELIPE PRATA; FUJITA, ANDRE. Deletion and low expression of NFKBIA are associated with poor prognosis in lower-grade glioma patients. SCIENTIFIC REPORTS, v. 6, APR 7 2016. Citações Web of Science: 4. (15/01507-7, 14/27287-0, 13/03447-6, 15/01587-0, 14/09576-5)
SANTOS, SUZANA DE SIQUEIRA; DE ALMEIDA GALATRO, THAIS FERNANDA; WATANABE, RODRIGO AKIRA; OBA-SHINJO, SUELI MIEKO; NAGAHASHI MARIE, SUELY KAZUE; FUJITA, ANDRE. CoGA: An R Package to Identify Differentially Co-Expressed Gene Sets by Analyzing the Graph Spectra. PLoS One, v. 10, n. 8, AUG 27 2015. Citações Web of Science: 7. (13/03447-6, 12/25417-9, 11/50761-2, 14/09576-5)
VIDAL, MACIEL C.; SATO, JOAO R.; BALARDIN, JOANA B.; TAKAHASHI, DANIEL Y.; FUJITA, ANDRE. ANOCVA in R: A Software to Compare Clusters between Groups and Its Application to the Study of Autism Spectrum Disorder. FRONTIERS IN NEUROSCIENCE, v. 11, JAN 24 2017. Citações Web of Science: 1. (15/01587-0, 13/03447-6, 13/10498-6, 14/09576-5, 16/13422-9)
BRANDAO, W. N.; DE OLIVEIRA, M. G.; ANDREONI, R. T.; NAKAYA, H.; FARIAS, A. S.; PERON, J. P. S.. Neuroinflammation at single cell level: What is new?. Journal of Leukocyte Biology, AUG 2020. Citações Web of Science: 0. (13/08216-2, 18/21934-5, 17/50137-3, 17/26170-0, 12/19278-6, 17/22504-1, 17/21363-5, 18/14933-2, 19/06372-3)
DA SILVA FERREIRA BARRETO, CANDIDA; ZIMEO MORAIS, GUILHERME AUGUSTO; VANZELLA, PATRICIA; SATO, JOAO RICARDO. Combining the intersubject correlation analysis and the multivariate distance matrix regression to evaluate associations between fNIRS signals and behavioral data from ecological experiments. Experimental Brain Research, v. 238, n. 10, AUG 2020. Citações Web of Science: 0. (18/21934-5, 18/04654-9)
GONZALEZ-DIAS, PATRICIA; LEE, EVA K.; SORGI, SARA; DE LIMA, DIOGENES S.; URBANSKI, ALYSSON H.; SILVEIRA, EDUARDO LV; NAKAYA, HELDER I.. Methods for predicting vaccine immunogenicity and reactogenicity. HUMAN VACCINES & IMMUNOTHERAPEUTICS, v. 16, n. 2, DEC 2019. Citações Web of Science: 1. (13/08216-2, 18/21934-5, 18/14933-2)
SATO, JOAO RICARDO; VIDAL, MACIEL CALEBE; SANTOS, SUZANA DE SIQUEIRA; MASSIRER, KATLIN BRAUER; FUJITA, ANDRE. Complex Network Measures in Autism Spectrum Disorders. IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, v. 15, n. 2, p. 581-587, MAR-APR 2018. Citações Web of Science: 3. (13/03447-6, 13/10498-6, 14/09576-5, 13/00506-1, 12/00195-3)
FUJITA, ANDRE; LIRA, EDUARDO SILVA; SANTOS, SUZANA DE SIQUEIRA; BANDO, SILVIA YUMI; SOARES, GABRIELA ELEUTERIO; TAKAHASHI, DANIEL YASUMASA. A semi-parametric statistical test to compare complex networks. JOURNAL OF COMPLEX NETWORKS, v. 8, n. 2, APR 2020. Citações Web of Science: 0. (18/17996-5, 18/21934-5, 15/21162-4, 15/01587-0)
AMBRIOLA OKU, AMANDA YUMI; ZIMEO MORAIS, GUILHERME AUGUSTO; ARANTES BUENO, ANA PAULA; FUJITA, ANDRE; SATO, JOAO RICARDO. Potential Confounders in the Analysis of Brazilian Adolescent's Health: A Combination of Machine Learning and Graph Theory. INTERNATIONAL JOURNAL OF ENVIRONMENTAL RESEARCH AND PUBLIC HEALTH, v. 17, n. 1, JAN 2020. Citações Web of Science: 0. (19/17907-5, 18/21934-5, 16/19376-9, 18/04654-9)
AGUIAR, RENATO S.; POHL, FABIO; MORAIS, GUILHERME L.; NOGUEIRA, FABIO C. S.; DE CARVALHO, JOSEANE B.; GUIDA, LETICIA; ARGE, LUIS W. P.; MELO, ADRIANA; MOREIRA, MARIA E. L.; CUNHA, DANIELA P.; et al. Molecular alterations in the extracellular matrix in the brains of newborns with congenital Zika syndrome. Science Signaling, v. 13, n. 635, JUN 9 2020. Citações Web of Science: 0. (13/08216-2, 12/19278-6, 18/21934-5, 17/50137-3, 18/14933-2)
RODRIGUES, JULIA DE SOUZA; RIBEIRO, FERNANDA LENITA; SATO, JOAO RICARDO; MESQUITA, RICKSON COELHO; BIAZOLI JUNIOR, CLAUDINEI EDUARDO. Identifying individuals using fNIRS-based cortical connectomes. BIOMEDICAL OPTICS EXPRESS, v. 10, n. 6, p. 2889-2897, JUN 1 2019. Citações Web of Science: 0. (18/21934-5)
FUJITA, ANDRE; TAKAHASHI, DANIEL YASUMASA; BALARDIN, JOANA BISOL; VIDAL, MACIEL CALEBE; SATO, JOAO RICARDO. Correlation between graphs with an application to brain network analysis. COMPUTATIONAL STATISTICS & DATA ANALYSIS, v. 109, p. 76-92, MAY 2017. Citações Web of Science: 0. (13/10498-6, 16/13422-9, 13/00506-1, 15/01587-0)
SATO, JOAO RICARDO; BALARDIN, JOANA; VIDAL, MACIEL CALEBE; FUJITA, ANDRE. Identification of segregated regions in the functional brain connectome of autistic patients by a combination of fuzzy spectral clustering and entropy analysis. JOURNAL OF PSYCHIATRY & NEUROSCIENCE, v. 41, n. 2, p. 124-132, MAR 2016. Citações Web of Science: 4. (11/50761-2, 14/09576-5)
BRANDAO, W. N.; DE OLIVEIRA, M. G.; ANDREONI, R. T.; NAKAYA, H.; FARIAS, A. S.; PERON, J. P. S.. Neuroinflammation at single cell level: What is new?. Journal of Leukocyte Biology, AUG 2020. Citações Web of Science: 0. (13/08216-2, 18/21934-5, 17/50137-3, 17/26170-0, 12/19278-6, 17/22504-1, 17/21363-5, 18/14933-2, 19/06372-3)
DA SILVA FERREIRA BARRETO, CANDIDA; ZIMEO MORAIS, GUILHERME AUGUSTO; VANZELLA, PATRICIA; SATO, JOAO RICARDO. Combining the intersubject correlation analysis and the multivariate distance matrix regression to evaluate associations between fNIRS signals and behavioral data from ecological experiments. Experimental Brain Research, v. 238, n. 10, AUG 2020. Citações Web of Science: 0. (18/21934-5, 18/04654-9)
TAKAHASHI, DANIEL YASUMASA; SATO, JOAO RICARDO; FERREIRA, CARLOS EDUARDO; FUJITA, ANDRE. Discriminating Different Classes of Biological Networks by Analyzing the Graphs Spectra Distribution. PLoS One, v. 7, n. 12, DEC 19 2012. Citações Web of Science: 16. (11/07762-8, 10/01394-4)
VIDAL, MACIEL C.; SATO, JOAO R.; BALARDIN, JOANA B.; TAKAHASHI, DANIEL Y.; FUJITA, ANDRE. ANOCVA in R: A Software to Compare Clusters between Groups and Its Application to the Study of Autism Spectrum Disorder. FRONTIERS IN NEUROSCIENCE, v. 11, JAN 24 2017. Citações Web of Science: 1. (15/01587-0, 13/03447-6, 13/10498-6, 14/09576-5, 16/13422-9)
GUZMAN, GROVER E. C.; SATO, JOAO R.; VIDAL, MACIEL C.; FUJITA, ANDRE. Identification of alterations associated with age in the clustering structure of functional bra in networks. PLoS One, v. 13, n. 5, MAY 24 2018. Citações Web of Science: 1. (16/13422-9, 15/01587-0)
KINKER, GABRIELA SARTI; THOMAS, ANDREW MALTEZ; CARVALHO, VINICIUS JARDIM; LIMA, FELIPE PRATA; FUJITA, ANDRE. Deletion and low expression of NFKBIA are associated with poor prognosis in lower-grade glioma patients. SCIENTIFIC REPORTS, v. 6, APR 7 2016. Citações Web of Science: 4. (15/01507-7, 14/27287-0, 13/03447-6, 15/01587-0, 14/09576-5)
SANTOS, SUZANA DE SIQUEIRA; DE ALMEIDA GALATRO, THAIS FERNANDA; WATANABE, RODRIGO AKIRA; OBA-SHINJO, SUELI MIEKO; NAGAHASHI MARIE, SUELY KAZUE; FUJITA, ANDRE. CoGA: An R Package to Identify Differentially Co-Expressed Gene Sets by Analyzing the Graph Spectra. PLoS One, v. 10, n. 8, AUG 27 2015. Citações Web of Science: 7. (13/03447-6, 12/25417-9, 11/50761-2, 14/09576-5)
SATO, JOAO RICARDO; BIAZOLI JR, CLAUDINEI EDUARDO; MOURA, LUCIANA MONTEIRO; CROSSLEY, NICOLAS; ZUGMAN, ANDRE; PICON, FELIPE ALMEIDA; HOEXTER, MARCELO QUEIROZ; AMARO JR, EDSON; MIGUEL, EURIPEDES CONSTANTINO; ROHDE, LUIS AUGUSTO; et al. Association Between Fractional Amplitude of Low-Frequency Spontaneous Fluctuation and Degree Centrality in Children and Adolescents. BRAIN CONNECTIVITY, v. 9, n. 5, p. 379-387, JUN 1 2019. Citações Web of Science: 0. (16/04983-7, 13/08531-5, 18/21934-5, 14/50917-0, 18/04654-9)
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
GARCÍA, Juan Manuel Vidal. Estudo comparativo de duas estratégias utilizadas na busca de relações funcionais entre genes. Dissertação (Mestrado) - Instituto de Matemática e Estatística. Universidade de São Paulo (USP). São Paulo. (12/25460-1)