CV Lattes
ORCID
Resumo
Aquisição de cluster HPC de computadores como EMU no âmbito do Centro de Pesquisa de Computação em Engenharia e Ciências (AU)
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Possui graduação em Física pela Universidade Estadual de Campinas (1984), doutorado (PhD) - State University of New York at Stony Brook (1991), pós-doutorado pela Colorado State University, EUA (1991-1993) e Livre Docente pela Universidade Estadual de Campinas (1999). Foi Professor Visitante do Institute for Theoretical Chemistry, Universidade do Texas, Austin-TX, EUA (2000-2001). Atualmente é Professor Titular do Instituto de Química da UNICAMP. Tem experiência nas áreas de Física e Química, com ênfase em Química Teórica, atuando principalmente nos seguintes temas: simulação por dinamica molecular, termodinâmica estatística, estrutura e dinâmica de líquidos, dinâmica de proteinas e outros sistemas biomoleculares, reações enzimáticas e simulações por QM/MM. Foi Pró-Reitor de Pesquisa da UNICAMP gestão 2017-2021 e é atualmente diretor do CEPID/FAPESP Center for Computing in Engineering and Sciences (https://cces.unicamp.br/). (Fonte: Currículo Lattes)
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Auxílios à pesquisa
- EMU concedido no Proc. 2013/08293-7, KAHUNA upgrade - HPE Apollo Gen10 Supercomputer, AP.EMU
- CECC - Centro de Engenharia e Ciências Computacionais, AP.CEPID
Resumo
Propõe-se a criação de um centro multidisciplinar de alto nível, dedicado ao desenvolvimento e aplicação de métodos computacionais avançados e que venha solucionar problemas de fronteira nas ciências e engenharias, bem como promover avanços substantivos em inovação tecnológica e difusão desta área do conhecimento, a qual tem sido denominada e-Science. O "Centro de Engenharia e Ciências Co…
- In silico screening and understanding of advanced nano-materials for molecular capture related to clean energy applications, AP.R
Resumo
Muitas áreas das ciências e engenharia se beneficiam de simulações computacionais. Os exemplos mais comuns incluem, por exemplo, o desenho computacional de automóveis e aviões. No plano da nanotecnologia, a situação não é diferente, exceto que neste ramo as simulações se dão em escalas atômicas e moleculares. Simulações computacionais constituem ferramenta indispensável para se acessar de…
- Structure and function of enzymes and auxiliary proteins from Trichoderma, active in cell-wall hydrolysis, AP.BIOEN.TEM
Resumo
Lignocellulosic biomass, such as sugarcane bagasse, holds a promise of environmentally friendly bioenergy production in Brazil. However, enzymatic hydrolysis, currently considered a method of choice in biomass saccharification, is hampered by considerable cell-wall recalcitrance. To make this technology sustainable and cost effective, our comprehension of cellulose enzymatic hydrolysis sh…
- 15.0 simposio brasileiro de quimica teorica | pocos de caldas - mg, AO.R
Bolsas no país
- Modelagem molecular de enzimas ativas em substratos lignocelulósicos, BP.DR
Resumo
A biomassa lignocelulósica é uma fonte renovável extremamente importante de biomateriais e energia. Os polissacarídeos presentes nas plantas, compostos principalmente por fibras de celulose, são a maior fonte de carboidratos da Terra, enquanto a lignina, outro componente importante das paredes celulares das plantas, é a segunda maior fonte de compostos aromáticos, sendo superada apenas pe…
- Mecanismos de reação de enzimas e aprimoramento catalítico com base em estados de transição e algoritmos de aprendizado de máquina, BP.PD
Resumo
O tema desta pesquisa de pós-doutorado é o estudo de mecanismos de reação e eficiência catalítica de enzimas ativas em substratos lignocelulósicos usando técnicas avançadas de modelagem molecular. As enzimas de interesse são principalmente Esterases (por exemplo, Glucuronil Esterases - GEs, Feruloil Esterases - FAEs) e ²-glicosidases Glicosídeo Hidrolases (GHs). GEs/FAEs e GHs estão envol…
- Simulações de dinâmica molecular de enzimas de interesse biotecnológico, BP.PD
Resumo
Propomos a aplicação de extensas técnicas clássicas de simulação MD e QM/MM para projetar mutações que possam aumentar a estabilidade térmica e a eficiência catalítica de enzimas para aplicações industriais. O foco principal do projeto será em xilanases e outras hidrolases glicosídicas (GHs) para sacarificação de polissacarídeos lineares de biomassa lignocelulósica, mas outras enzimas de …
- Arquitetura mesoscópica de fibras lignocelulósicas, BP.PD
Resumo
Neste projeto, aplicaremos técnicas de otimização de topologia estrutural baseadas em métodos de elementos finitos (FEM) e descrições atomísticas ou de partículas (Molecular Dynamics - MD ou Discrete Element Method - DEM) dos diferentes constituintes poliméricos para estudar propriedades térmicas e mecânicas de fibras lignocelulósicas. O principal desafio é propor novas estratégias evolut…
- Modelagem de enzimas e complexos proteicos associados com a degradação de celulose, BP.PD
Resumo
Técnicas de metagenômica e de modelagem de proteínas por dinâmica molecular serão combinadas para identificar e estudar novas enzimas candidatas para a degradação de biomassa lignocelulósica com vistas à produção de etanol de segunda geração.
Bolsas no Exterior
- Estudos Computacionais da Biodegradação Enzimática do Tereftalato de Polietileno (PET): Explorando a Estabilidade e Eficiência das PETases, BE.EP.PD
Resumo
Os plásticos são materiais essenciais para a sociedade moderna devido às suas propriedades específicas, mas os níveis crescentes de poluição provenientes dos resíduos de plástico representam uma crise ambiental global. Recentemente, uma cepa de bactéria Ideonella sakaiensis 201-F6 foi isolada e demonstrou uma capacidade incomum de degradar o poli(tereftalato de etileno) (PET). A PETase da…
- Diagnose de osteoporose através de uma modelagem multiescala de fratura óssea usando o método dos elementos de contorno, dinâmica molecular e outros métodos computacionais, BE.EP.DD
Resumo
Fratura óssea induzida por osteoporose tem se tornado um grande problema de saúde. O aumento da expectativa de vida resulta em uma maior fração da população afetada por osteoporose, uma doença crônica que aumenta o risco de fratura óssea deteriorando a estrutura do tecido desde a escala molecular até a escala macro. Se as tecnologias atuais de diagnóstico médico não melhorarem, fraturas ó…
- Modelagem molecular da atividade da enzima GcoA sobre lignina, BE.EP.DR
Resumo
A lignina é um biopolímero heterogêneo presente nas paredes celulares das plantas e desempenha um papel estrutural importante. Dada a sua abundância (o segundo biopolímero mais abundante na Terra), a lignina é a principal fonte de carbono aromático do planeta, o que destaca a oportunidade de aproveitar esta fonte renovável de produtos químicos valiosos. Os monômeros de lignina podem ser f…
- Descoberta em larga escala dos perfis de energia de nanocorpos naturais e desenhados, BE.EP.PD
Resumo
Durante a evolução, somente uma pequena fração do espaço das sequências de proteínas foi amostrado. A área de design de proteínas de novo tem como objetivo explorar o espaço de sequências não visto durante a evolução para customizar proteínas com diversas aplicações em biologia e ciências de materiais. Por muitos anos, a área dependeu de testar experimentalmente uma proteína por vez com u…
- Paulo Cesar Telles de Souza
- Érica Teixeira Prates
- Rodrigo Leandro Silveira
- Lucimara Ramos Martins
- Leandro Martinez
- Tatiana Mello da Costa Faro
- Clarisse Gravina Ricci
- Caroline Simões Pereira
- Allan Jhonathan Ramos Ferrari
- Artur Hermano Sampaio Dias
- Amadeus Cavalcanti Salvador de Alcântara
- Clauber Henrique Souza da Costa
Álgebra
Algoritmos
Aminoácidos
Análise de sequência de proteína
Androgênios
Aprendizado computacional
Armazenamento de hidrogênio
Bioenergia
Bioengenharia
Bioetanol
Biofísica Molecular
Biofísica
Biologia computacional
Biomassa lignocelulósica
Biopolímeros
Bioquímica
Carboidratos
Catálise
Celulase
Celulose
Ciências Biológicas
Ciências Exatas e da Terra
Computação de alto desempenho
Conformação molecular
Cristalografia de proteínas
Diagnóstico clínico
Diagnóstico precoce
Dinâmica molecular de proteínas
Efeito Kerr
Eletrônica molecular
Endo-1,4-beta-xilanases
Engenharia Biomédica
Engenharia Mecânica
Engenharias
Ensino de matemática
Ensino médio
Enzimas
Espectroscopia resolvida no tempo
Estabilidade enzimática
Estatística
Estrutura metal-orgânica
Eventos científicos e de divulgação
Fatores de transcrição
Feruloil esterases
Física da Matéria Condensada
Física
Físico-química
Fluidos supercríticos
Fraturas ósseas
Geofísica
Geometria
Hemicelulose
Hidrolases
Hidrólise enzimática
Hormônios tireóideos
Hormônios
Interdisciplinar
Ligações de hidrogênio
Lignina
Lignocelulose
Líquidos iônicos
Matemática Aplicada
Matemática
Materiais lignocelulósicos
Material didático
Mecânica dos Sólidos
Mecânica quântica
Metagenômica
Método dos elementos de contorno
Métodos ab initio
Modelagem computacional
Modelagem molecular
Modelagem multiescala
Monocamadas de Langmuir
Multimídia
Mutação
Nanocorpos
Nanoestruturas de carbono
Óptica não linear
Osteoporose
Parede celular vegetal
Peptídeos
Polímeros condutores
Polissacarídeos
Probabilidade
Propriedades dielétricas
Proteínas de transporte
Proteínas
Química computacional
Química de Macromoléculas
Química quântica
Química teórica
Química
Receptores ativados por proliferador de peroxissomo
Receptores citoplasmáticos e nucleares
Receptores dos hormônios tireóideos
Receptores toll-like
Sacarificação
Simulação de dinâmica molecular
Simulação por computador
Solvatação
Teoria do funcional da densidade
Transcrição genética
e-Science