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Arthur Gruber

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Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Ciências Biomédicas (ICB)  (Instituição-sede da última proposta de pesquisa)
País de origem: Brasil

Possui graduação em Medicina Veterinária pela Universidade de São Paulo (1987), doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica) pela USP (1994) e Livre Docência (2003) pela USP. Atualmente é Professor Associado da Universidade de São Paulo. Tem experiência nas áreas de Biologia Molecular de Protozoários Parasitos, Genômica de Micro-organismos e Bioinformática. Na área de Bioinformática, tem trabalhado no desenvolvimento de algoritmos, sua implementação na forma de aplicativos, e a utilização em dados genômicos e metagenômicos. Entre os aplicativos já desenvolvidos, podem ser citados programas para anotação funcional automática de genomas (EGene), caracterização e quantificação de sequências repetitivas seriadas (TRAP) e a reconstrução de sequências e descoberta de vírus (GenSeed e GenSeed-HMM). Atualmente, a principal linha de pesquisa do grupo objetiva desenvolver abordagens metodológicas para a descoberta de novos vírus. Entre essas abordagens está o programa GenSeed-HMM, aplicativo para a montagem progressiva de sequências a partir de dados metagenômicos que utiliza sementes de HMMs de perfil. Os HMMs de perfil, modelos probabilísticos construídos a partir de alinhamentos de múltiplas sequências, conseguem representar a diversidade das sequências e podem ser utilizados para a detecção de sequências ortólogas evolutivamente remotas. Com isso, é possível se identificar e reconstruir, a partir de dados metagenômicos, sequências genômicas de vírus ainda não identificados previamente, um processo que denominamos diagnóstico de novo. (Fonte: Currículo Lattes)

Auxílios à pesquisa
Bolsas no país
Apoio FAPESP em números * Quantidades atualizadas em 12/10/2019
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Palavras-chave utilizadas pelo pesquisador
Publicações resultantes de Auxílios e Bolsas sob responsabilidade do(a) pesquisador(a) (2)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

Publicações2
Citações30
Cit./Artigo15,0
Dados do Web of Science

NOVAES, JENIFFER; RANGEL, LUIZ THIBERIO L. D.; FERRO, MILENE; ABE, RICARDO Y.; MANHA, ALESSANDRA P. S.; DE MELLO, JOANA C. M.; VARUZZA, LEONARDO; DURHAM, ALAN M.; MADEIRA, ALDA MARIA B. N.; GRUBER, ARTHUR. A comparative transcriptome analysis reveals expression profiles conserved across three Eimeria spp. of domestic fowl and associated with multiple developmental stages. International Journal for Parasitology, v. 42, n. 1, p. 39-48, . Citações Web of Science: 19. (03/14031-3, 09/12643-8)

ALVES, JOAO M. P.; DE OLIVEIRA, ANDRE L.; SANDBERG, TATIANA O. M.; MORENO-GALLEGO, JAIME L.; DE TOLEDO, MARCELO A. F.; DE MOURA, ELISABETH M. M.; OLIVEIRA, LILANE S.; DURHAM, ALAN M.; MEHNERT, DOLORES U.; ZANOTTO, PAOLO M. DE A.; et al. GenSeed-HMM: A Tool for Progressive Assembly Using Profile HMMs as Seeds and its Application in Alpavirinae Viral Discovery from Metagenomic Data. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 7, . Citações Web of Science: 11. (13/14622-3, 10/04609-1)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

FERRO, Milene. Desenvolvimento e validação de protocolos para a anotação automática de sequências ORESTES de Eimeria spp. de galinha doméstica.. 2008. Dissertação (Mestrado) - Instituto de Ciências Biomédicas. Universidade de São Paulo (USP). São Paulo. (06/53084-3)

OLIVEIRA, André Luiz de. GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para reconstrução de sequências e sua aplicação em dados de sequenciamento de nova geração.. 2012. Dissertação (Mestrado) - Instituto de Ciências Biomédicas. Universidade de São Paulo (USP). São Paulo. (10/04609-1)

RANGEL, Luiz Thibério Lira Diniz. Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha doméstica.. 2012. Dissertação (Mestrado) - Instituto de Ciências Biomédicas. Universidade de São Paulo (USP). São Paulo. (09/12643-8)

Patente(s) depositada(s)

MÉTODO PARA DIAGNÓSTICO E DISCRIMINAÇÃO DE CEPAS DE EIMERIA ACERVULINA, EIMERIA TENELLA E EIMERIA MÁXIMA BASEADO EM COMPARAÇÃO DE HAPLÓTIPOS DE LOCI DE MARCADORES MICROSSATÉLITES AMPLIFICADOS COM INICIADORES ESPECÍFICOS DO DITO MÉTODO PI0702051-1 - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP); Laboratório Bio-Vet S/A; Universidade de São Paulo (USP). Arthur Gruber; Sandra Fernandes - 12 de junho de 2007

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