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Helder Takashi Imoto Nakaya
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Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Ciências Farmacêuticas (FCF) (Instituição-sede da última proposta de pesquisa) País de origem: Brasil
Helder Nakaya é biólogo da Universidade de São Paulo e doutor em Bioquímica pelo Departamento de Bioquímica do IQ USP. O doutorado foi voltado para a área de Biologia Molecular e Bioinformática. De 2008 a 2011, como pós-doutor na Emory University, Atlanta (USA) pesquisou o mecanismo de atuação de vacinas em células do sistema imune utilizando técnicas em larga escala. Se tornou professor assistente do Departamento de Patologia da Emory University em 2011, onde utiliza a biologia de sistemas para prever e entender a resposta imune a diferentes vacinas. Atualmente é docente do Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas da Faculdade de Ciências Farmacêuticas da USP e professor adjunto da Emory University. É membro afiliado da Academia Brasileira de Ciências. Website do laboratório de Biologia de Sistemas Computacional: www.csbiology.com (Fonte: Currículo Lattes)
Auxílios à pesquisa
- Long noncoding rna interplay with the host microbiome may determine mucosal influenza vaccine immunogenicity, AP.R
Resumo
Este projeto irá promover uma colaboração com financiamento próprio, entre os laboratórios do Dr. Thushan de Silva e Dr. Beate Kampmann da Imperial College London e o grupo do Dr. Helder Nakaya (FCF-USP) na USP. Aplicando uma abordagem de biologia de sistemas de ponta para integrar dados de microbioma nasofaríngeo, transcritoma de sangue e mucosa e dados clínicos e imunológicos. Nós ir...
- Biologia de sistemas da febre tifóide: desvendando a regulação das respostas do hospedeiro na infecção por Salmonella Typhi e vacinação oral, AP.R
Resumo
Doenças infecciosas causadas por patógenos entéricos são endêmicos em países em desenvolvimento e são responsáveis por milhares de mortes todos os anos. Esta proposta irá focar na febre causada pela Salmonella Typhi e Paratyphi como modelo de infecção intestinal. A febre tifoide afeta significativamente a América do Sul, África subsaariana e o sudeste asiático com aproximadamente 22 mi...
- Meta-análise transcricional de RNAs não codificadores longos de posições genômicas conservadas, AP.R
Resumo
Estima-se que milhares de longos RNAs não-codificadores (IncRNAs) sejam gerados a partir da transcrição do genoma de diversos organismos. O grupo do Dr. Kouzarides na Universidade de Cambridge reanalisou uma grande quantidade de dados de RNA-seq e identificou -600 IncRNAs com "posições conservadas" (peRNAs) nos genomas humano e de camundongo. Dentre os genes associados com estes pcRNAs...
- Biologia de sistemas de longos RNAs não-codificadores, AP.JP
Resumo
Estima-se que milhares de longos RNAs não-codificadores (lncRNAs) sejam gerados à partir da transcrição do genoma de diversos organismos. No entanto, apenas uma fração muito pequena destes foi caracterizada funcionalmente. Um dos maiores motivos para isso está em nossa falta de conhecimento sobre os tecidos e condições biológicas nos quais esses lncRNAs são transcritos e como eles inte...
Bolsas no país
- Redes moleculares neuroimunológicas em doenças neurodegenerativas e infecciosas, BP.MS
Resumo
Doenças neurodegenerativas e doenças causadas por agentes infecciosos são responsáveis por um grande ônus à saúde humana, tanto no Brasil quanto no mundo. Esses problemas tendem a aumentar nas próximas décadas, devido ao envelhecimento da população e ao aumento da resistência microbiana a antibióticos.O sistema imune periférico é capaz de modificar processos fisiológicos e patológicos ...
- Análise de RNAs longos não codificadores em transcritoma de mamíferos infectados por zika vírus, BP.MS
Resumo
Zika vírus (ZIKV) é um arbovírus que ganhou alta relevância nos últimos anos. Surtos da infecção começaram a se tornar frequentes globalmente a partir do ano de 2007, com uma epidemia na Micronésia. Desde então, cinco dos sete continentes foram afetados. Indivíduos infectados comumente apresentam sintomas similares aos de outros arbovírus, como dengue. Entretanto, a infecção por Zika p...
- Estudando a Artrite Idiopática Juvenil mediante uma abordagem de Medicina de redes, BP.DD
Resumo
A Artrite Idiopática Juvenil (JIA) é reconhecida mundialmente como a doença reumatológica mais comum em pacientes pediátricos. Apesar da ausência de dados oficiais sobre a prevalência desta condição no Brasil, 464 novos casos foram diagnosticados em 2010 na cidade de São Paulo, constituindo a condição reumatológica pediátrica mais comum nesta localidade. Os pacientes brasileiros parece...
- ConsensusGraph: avaliando a estabilidade de redes gênicas, BP.MS
Resumo
Metodologias de estudo derivados da Biologia de Sistemas proporcionam um olhar holístico sobre os processos biológicos, integrando os diversos componentes moleculares intracelulares através de redes altamente complexas. Analisando estas redes, é possível criar modelos matemáticos e computacionais que auxiliam a compreensão dos mecanismos moleculares acionados por diferentes estímulos o...
- RNAs não-codificadores longos como potenciais biomarcadores para artrite, BP.IC
Resumo
A artrite é uma doença inflamatória cujos mecanismos moleculares ainda não são bem compreendidos. Vários estudos de microarray foram feitos na tentativa de elucidar as vias de regulação envolvidas nela, e os dados gerados foram disponibilizados em um banco de dados público. Sabe-se que RNAs não-codificadores longos exercem papéis importantes na regulação de expressão gênica em eucarion...
- Biogênese dos RNAs intrônicos e seu envolvimento na regulação do splicing de éxons de genes codificadores de proteína, BP.PD
Resumo
Além das 3 RNA Polimerases (RNAP) que agem no núcleo de células humanas, uma quarta foi recentemente descrita. Até o momento, quase nada se sabe sobre esta RNA Polimerase IV nuclear e sobre quais os genes que ela transcreve. Dados preliminares, obtidos por nosso grupo, utilizando um oligoarray 44k intrônico e células tratadas com o inibidor da RNAP II, α-amanitina, mostram um envo...
Bolsas no exterior
- Imunometabolismo de doenças inflamatórias: comparação de assinaturas gênicas de artrite induzida por chikungunya e obesidade, BE.EP.DD
Resumo
A Síndrome metabólica (SM) é composta de uma série de doenças no qual o imunometabolismo e inflamação tem uma grande influência. O aumento da prevalência de obesidade e SM tem levados os pesquisadores a investigar a influência em enfermidades inflamatórias crônicas. Entretanto, pouco se sabe sobre as vias moleculares e redes gênicas em comum entre a SM e doenças inflamatórias. A fim de...
*Quantidades atualizadas em 20/04/2019
Análise de sequência de RNA
Artrite
Bioinformática
Biologia Geral
Biologia Molecular
Biologia computacional
Biologia de Sistemas
Biologia de sistemas
Biomarcadores
Bioquímica
Cardiologia
Ciências Biológicas
Degeneração neural
Doenças infecciosas
Doenças transmissíveis
Expressão gênica
Farmacologia Bioquímica e Molecular
Farmacologia
Genomas
Imunidade nas mucosas
Imunogenética
Imunologia
Inflamação
Interdisciplinar
Íntrons
Mamíferos
MicroRNAs
Perfilação da expressão gênica
Processamento alternativo
Projetos SPRINT
RNA longo não codificante
RNA não traduzido
RNA polimerases
RNA-seq
Redes reguladoras de genes
Regulação gênica
Sequência conservada
Sequenciamento de nova geração
Síndrome metabólica
Transcrição gênica
Transcriptoma
Vírus Zika
Zika virus
Zika vírus
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
| Publicações | 8 |
| Citações | 26 |
| Cit./Artigo | 3,3 |
| Dados do Web of Science | |
FUKUTANI, KIYOSHI F.; NASCIMENTO-CARVALHO, CRISTIANA M.; BOUZAS, MAIARA L.; OLIVEIRA, JULIANA R.; BARRAL, ALDINA; DIERCKX, TIM; KHOURI, RICARDO; NAKAYA, HELDER I.; ANDRADE, BRUNO B.; VAN WEYENBERGH, JOHAN; et al. In situ Immune Signatures and Microbial Load at the Nasopharyngeal Interface in Children With Acute Respiratory Infection. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 9, NOV 9 2018. Citações Web of Science: 0. (12/19278-6, 17/50137-3)
CARDOZO, LUCAS E.; RUSSO, PEDRO S. T.; GOMES-CORREIA, BRUNO; ARAUJO-PEREIRA, MARIANA; SEPULVEDA-HERMOSILLA, GONZALO; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS; NAKAYA, I, HELDER. webCEMiTool: Co-expression Modular Analysis Made Easy. FRONTIERS IN GENETICS, v. 10, MAR 6 2019. Citações Web of Science: 0. (13/08216-2, 12/19278-6, 18/10748-6, 17/05762-7)
JOCHEMS, SIMON P.; MARCON, FERNANDO; CARNIEL, BEATRIZ F.; HOLLOWAY, MARK; MITSI, ELENA; SMITH, EMMA; GRITZFELD, JENNA F.; SOLORZANO, CARLA; REINE, JESUS; POJAR, SHERIN; et al. Inflammation induced by influenza virus impairs human innate immune control of pneumococcus. NATURE IMMUNOLOGY, v. 19, n. 12, p. 1299+, DEC 2018. Citações Web of Science: 1. (13/08216-2, 12/19278-6)
BLOHMKE, CHRISTOPH J.; HILL, JENNIFER; DARTON, THOMAS C.; CARVALHO-BURGER, MATHEUS; EUSTACE, ANDREW; JONES, CLAIRE; SCHREIBER, FERNANDA; GOODIER, MARTIN R.; DOUGAN, GORDON; NAKAYA, HELDER I.; et al. Induction of Cell Cycle and NK Cell Responses by Live-Attenuated Oral Vaccines against Typhoid Fever. FRONTIERS IN IMMUNOLOGY, v. 8, OCT 12 2017. Citações Web of Science: 2. (14/50828-8, 12/19278-6)
RUSSO, PEDRO S. T.; FERREIRA, GUSTAVO R.; CARDOZO, LUCAS E.; BUERGER, MATHEUS C.; ARIAS-CARRASCO, RAUL; MARUYAMA, SANDRA R.; HIRATA, THIAGO D. C.; LIMA, DIOGENES S.; PASSOS, FERNANDO M.; FUKUTANI, KIYOSHI F.; et al. CEMiTool: a Bioconductor package for performing comprehensive modular co-expression analyses. BMC Bioinformatics, v. 19, FEB 20 2018. Citações Web of Science: 6. (13/08216-2, 15/20897-0, 12/19278-6, 15/25825-8, 14/24162-2, 17/05762-7, 14/19323-7)
ARIAS-CARRASCO, RAUL; VASQUEZ-MORAN, YESSENIA; NAKAYA, HELDER I.; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS. StructRNAfinder: an automated pipeline and web server for RNA families prediction. BMC Bioinformatics, v. 19, FEB 17 2018. Citações Web of Science: 2. (12/19278-6)
FERREIRA, GUSTAVO RODRIGUES; NAKAYA, HELDER IMOTO; COSTA, LUCIANO DA FONTOURA. Gene regulatory and signaling networks exhibit distinct topological distributions of motifs. Physical Review E, v. 97, n. 4, APR 27 2018. Citações Web of Science: 0. (14/19323-7, 12/19278-6, 15/22308-2)
AMARAL, PAULO P.; LEONARDI, TOMMASO; HAN, NAMSHIK; VIRE, EMMANUELLE; GASCOIGNE, DENNIS K.; ARIAS-CARRASCO, RAUL; BUSCHER, MAGDALENA; PANDOLFINI, LUCA; ZHANG, ANDA; PLUCHINO, STEFANO; et al. Genomic positional conservation identifies topological anchor point RNAs linked to developmental loci. Genome Biology, v. 19, MAR 15 2018. Citações Web of Science: 15. (14/50308-4)
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