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Helder Takashi Imoto Nakaya

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Universidade de São Paulo (USP). Centro de Inovação da USP (INOVA)  (Instituição-sede da última proposta de pesquisa)
País de origem: Brasil

Helder Nakaya é biólogo da Universidade de São Paulo e doutor em Bioquímica pelo Departamento de Bioquímica do IQ USP. O doutorado foi voltado para a área de Biologia Molecular e Bioinformática. De 2008 a 2011, como pós-doutor na Emory University, Atlanta (USA) pesquisou o mecanismo de atuação de vacinas em células do sistema imune utilizando técnicas em larga escala. Se tornou professor assistente do Departamento de Patologia da Emory University em 2011, onde utiliza a biologia de sistemas para prever e entender a resposta imune a diferentes vacinas. Atualmente é docente do Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas da Faculdade de Ciências Farmacêuticas da USP e professor adjunto da Emory University. É membro afiliado da Academia Brasileira de Ciências, consultor da CEPI (Coalition for Epidemic Preparedness Innovations) e membro do Scientific Advisory Board do consórcio europeu da vacina do Ebola. Website do laboratório de Biologia de Sistemas Computacional: www.csbiology.com (Fonte: Currículo Lattes)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o(a) pesquisador(a)
Especialistas discutem rastreamento como forma de planejar ações de combate à COVID-19 
FAPESP COVID-19 Research Webinars - Contact tracing and lockdown easing plan: Effectiveness x Limitations 
Aprendizado de máquina torna reposicionamento de fármacos para transtornos psiquiátricos mais efetivo  
Pesquisadores desvendam como a infecção por zika na gestação pode afetar o cérebro do bebê 
Pesquisadores desvendam mecanismo que torna COVID-19 mais grave em diabéticos 
Pós-doutorado em bioinformática no Centro de Inovação da USP 
Grupo vai estudar células imunes de tecido adiposo para entender a inflamação associada à obesidade 
Paciente com doença crônica tem expressão aumentada de gene que facilita infecção pelo coronavírus 
Pós-doutorado em bioinformática no Incor 
Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros 
Centro de Pesquisa em Doenças Inflamatórias da FAPESP oferece vagas de pós-doutorado 
Instituto Pasteur inaugura Plataforma Científica na USP 
Identificado mecanismo celular chave que desencadeia a pneumonia em humanos 
Tools and Platforms for Phenotypic Drug Discovery 
Grupo da USP identifica genes relacionados à progressão do melanoma 
Aplicativo pretende mapear casos assintomáticos de sete doenças transmissíveis 
Biologia de sistemas de doenças infecciosas e vacinas 
Auxílios à pesquisa
Em andamento (mais recentes)

  • Resumo

    A Peste Suína Clássica (PSC) é uma doença contagiosa, hemorrágica e muitas vezes fatal de Suidae, como porcos e javalis, causada pelo vírus da peste suína clássica (CSFV). O CSFV é um vírus de RNA de fita simples, envelopado, que pertence à família Flaviviridae (Moennig, 2000), relacionado, por exemplo, ao vírus da Zika e da Febre Amarela. O CSFV pode ser controlado por vacinação, part...

    Aplicação da imunologia de sistemas para a resolução dos mecanismos de proteção contra a Peste Suína Clássica induzida por vacina, AP.R SPRINT

  • Resumo

    A importância da Estatística nas ciências naturais é inquestionável. A Estatística é essencial para analisar dados de forma apropriada e também obter conclusões confiáveis. No entanto, pouco se é conhecido sobre métodos estatísticos formais em grafos e suas propriedades teóricas mesmo com o aumento no número de artigos relacionados com redes do mundo real (por ex., redes funcionais de ...

    Estatística de redes: teoria, métodos e aplicações, AP.TEM

  • Resumo

    Dados relacionados com a saúde humana, desde informações clínicas e epidemiológicas até imagens médicas e experimentos ômicos, estão sendo gerados e acumulados em uma quantidade sem precedentes na história. A análise e integração destas informações são fundamentais para melhorar nosso entendimento sobre a fisiopatologia das doenças, sua transmissão, assim como seu diagnóstico e tratame...

    Biologia integrativa aplicada à saúde humana, AP.JP2
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Concluídos (mais recentes)
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Bolsas no país
Em andamento (mais recentes)
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Concluídas (mais recentes)

  • Resumo

    Doenças neurodegenerativas e doenças causadas por agentes infecciosos são responsáveis por um grande ônus à saúde humana, tanto no Brasil quanto no mundo. Esses problemas tendem a aumentar nas próximas décadas, devido ao envelhecimento da população e ao aumento da resistência microbiana a antibióticos.O sistema imune periférico é capaz de modificar processos fisiológicos e patológicos ...

    Redes moleculares neuroimunológicas em doenças neurodegenerativas e infecciosas, BP.MS

  • Resumo

    Zika vírus (ZIKV) é um arbovírus que ganhou alta relevância nos últimos anos. Surtos da infecção começaram a se tornar frequentes globalmente a partir do ano de 2007, com uma epidemia na Micronésia. Desde então, cinco dos sete continentes foram afetados. Indivíduos infectados comumente apresentam sintomas similares aos de outros arbovírus, como dengue. Entretanto, a infecção por Zika p...

    Análise de RNAs longos não codificadores em transcritoma de mamíferos infectados por zika vírus, BP.MS

  • Resumo

    A Artrite Idiopática Juvenil (JIA) é reconhecida mundialmente como a doença reumatológica mais comum em pacientes pediátricos. Apesar da ausência de dados oficiais sobre a prevalência desta condição no Brasil, 464 novos casos foram diagnosticados em 2010 na cidade de São Paulo, constituindo a condição reumatológica pediátrica mais comum nesta localidade. Os pacientes brasileiros parece...

    Estudando a Artrite Idiopática Juvenil mediante uma abordagem de Medicina de redes, BP.DD
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Bolsas no Exterior
Concluídas (mais recentes)
Apoio FAPESP em números * Quantidades atualizadas em 11/07/2020
4 Auxílios à pesquisa em andamento
4 Auxílios à pesquisa concluídos
5 Bolsas no país em andamento
9 Bolsas no país concluídas
1 Bolsas no exterior concluídas
23 Todos os Auxílios e Bolsas
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Palavras-chave utilizadas pelo pesquisador
Análise de sequência de RNA Aprendizado computacional Artrite juvenil Artrite Aterosclerose Autoimunidade Banco de dados Big data Biologia Geral Biologia Molecular Biologia computacional Biologia de sistemas Biomarcadores tumorais Biomarcadores Bioquímica Cardiologia Ciência da Computação Ciências Biológicas Ciências Exatas e da Terra Ciências da Saúde Cooperação internacional Degeneração neural Doenças autoimunes Doenças inflamatórias Doenças transmissíveis Epidemiologia Estatística computacional Expressão gênica Farmacologia Bioquímica e Molecular Farmacologia Febre amarela Fisiopatologia Genomas Grafos Imunidade nas mucosas Imunogenética Imunologia Infecção Inflamação Integração Interação proteína-proteína Interdisciplinar Interferon gama Íntrons Malária Mamíferos Metodologia e Técnicas da Computação MicroRNAs Neoplasias da próstata Neurociências Obesidade Orthomyxoviridae Perfilação da expressão gênica Peste suína clássica Plataforma (computação) Processamento alternativo Prognóstico RNA longo não codificante RNA não traduzido RNA polimerases Redes reguladoras de genes Regulação da expressão gênica Reumatologia São Paulo (SP) Saúde Coletiva Sepse Sequência conservada Sequenciamento de nova geração Síndrome metabólica Sistema de posicionamento global (GPS) Suínos Transcrição genética Transcriptoma Transcriptômica Transmissão de doença infecciosa Vacinas Vírus Chikungunya Vírus Zika Vírus da dengue Vírus da febre amarela Vírus da febre suína clássica Vírus de RNA
Publicações resultantes de Auxílios e Bolsas sob responsabilidade do(a) pesquisador(a) (16)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

Publicações16
Citações74
Cit./Artigo4,6
Dados do Web of Science

RUSSO, PEDRO S. T.; FERREIRA, GUSTAVO R.; CARDOZO, LUCAS E.; BUERGER, MATHEUS C.; ARIAS-CARRASCO, RAUL; MARUYAMA, SANDRA R.; HIRATA, THIAGO D. C.; LIMA, DIOGENES S.; PASSOS, FERNANDO M.; FUKUTANI, KIYOSHI F.; et al. CEMiTool: a Bioconductor package for performing comprehensive modular co-expression analyses. BMC Bioinformatics, v. 19, . Citações Web of Science: 15. (13/08216-2, 15/20897-0, 12/19278-6, 15/25825-8, 14/24162-2, 17/05762-7, 14/19323-7)

ARIAS-CARRASCO, RAUL; VASQUEZ-MORAN, YESSENIA; NAKAYA, HELDER I.; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS. StructRNAfinder: an automated pipeline and web server for RNA families prediction. BMC Bioinformatics, v. 19, . Citações Web of Science: 3. (12/19278-6)

JEAN PIERRE SCHATZMANN PERON; HELDER NAKAYA. Susceptibility of the Elderly to SARS-CoV-2 Infection: ACE-2 Overexpression, Shedding, and Antibody-dependent Enhancement (ADE). Clinics, v. 75, p. -, . Citações Web of Science: 1. (12/19278-6, 13/08216-2, 18/14933-2, 18/21934-5, 17/22504-1)

MASTELIC-GAVILLET, BEATRIS; VONO, MARIA; GONZALEZ-DIAS, PATRICIA; FERREIRA, FREDERICO MORAES; CARDOZO, LUCAS; LAMBERT, PAUL-HENRI; NAKAYA, I, HELDER; SIEGRIST, CLAIRE-ANNE. Neonatal T Follicular Helper Cells Are Lodged in a Pre-T Follicular Helper Stage Favoring Innate Over Adaptive Germinal Center Responses. FRONTIERS IN IMMUNOLOGY, v. 10, . Citações Web of Science: 0. (12/19278-6, 17/50137-3)

JOCHEMS, SIMON P.; MARCON, FERNANDO; CARNIEL, BEATRIZ F.; HOLLOWAY, MARK; MITSI, ELENA; SMITH, EMMA; GRITZFELD, JENNA F.; SOLORZANO, CARLA; REINE, JESUS; POJAR, SHERIN; et al. Inflammation induced by influenza virus impairs human innate immune control of pneumococcus. NATURE IMMUNOLOGY, v. 19, n. 12, p. 1299+, . Citações Web of Science: 13. (13/08216-2, 12/19278-6)

DE LIMA, DIOGENES S.; CARDOZO, LUCAS E.; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS; SUHRBIER, ANDREAS; MANE, KARIM; JEFFRIES, DAVID; SILVEIRA, EDUARDO L. V.; AMARAL, PAULO P.; RAPPUOLI, RINO; DE SILVA, THUSHAN I.; et al. Long noncoding RNAs are involved in multiple immunological pathways in response to vaccination. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, v. 116, n. 34, p. 17121-17126, . Citações Web of Science: 1. (13/08216-2, 12/19278-6, 17/50137-3)

CARDOZO, LUCAS E.; RUSSO, PEDRO S. T.; GOMES-CORREIA, BRUNO; ARAUJO-PEREIRA, MARIANA; SEPULVEDA-HERMOSILLA, GONZALO; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS; NAKAYA, I, HELDER. webCEMiTool: Co-expression Modular Analysis Made Easy. FRONTIERS IN GENETICS, v. 10, . Citações Web of Science: 1. (13/08216-2, 12/19278-6, 18/10748-6, 17/05762-7)

AMARAL, PAULO P.; LEONARDI, TOMMASO; HAN, NAMSHIK; VIRE, EMMANUELLE; GASCOIGNE, DENNIS K.; ARIAS-CARRASCO, RAUL; BUSCHER, MAGDALENA; PANDOLFINI, LUCA; ZHANG, ANDA; PLUCHINO, STEFANO; et al. Genomic positional conservation identifies topological anchor point RNAs linked to developmental loci. Genome Biology, v. 19, . Citações Web of Science: 31. (14/50308-4)

GONCALVES, ANDRE N. A.; LEVER, MELISSA; RUSSO, PEDRO S. T.; GOMES-CORREIA, BRUNO; URBANSKI, ALYSSON H.; POLLARA, GABRIELE; NOURSADEGHI, MAHDAD; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS; NAKAYA, I, HELDER. Assessing the Impact of Sample Heterogeneity on Transcriptome Analysis of Human Diseases Using MDP Webtool. FRONTIERS IN GENETICS, v. 10, . Citações Web of Science: 0. (13/08216-2, 12/19278-6, 18/14933-2)

AGUIAR, RENATO S.; POHL, FABIO; MORAIS, GUILHERME L.; NOGUEIRA, FABIO C. S.; DE CARVALHO, JOSEANE B.; GUIDA, LETICIA; ARGE, LUIS W. P.; MELO, ADRIANA; MOREIRA, MARIA E. L.; CUNHA, DANIELA P.; et al. Molecular alterations in the extracellular matrix in the brains of newborns with congenital Zika syndrome. Science Signaling, v. 13, n. 635, . Citações Web of Science: 0. (13/08216-2, 12/19278-6, 18/21934-5, 17/50137-3, 18/14933-2)

JOCHEMS, SIMON P.; MARCON, FERNANDO; CARNIEL, BEATRIZ F.; HOLLOWAY, MARK; MITSI, ELENA; SMITH, EMMA; GRITZFELD, JENNA F.; SOLORZANO, CARLA; REINE, JESUS; POJAR, SHERIN; et al. Inflammation induced by influenza virus impairs human innate immune control of pneumococcus. NATURE IMMUNOLOGY, v. 19, n. 12, p. 1299+, . Citações Web of Science: 13. (13/08216-2, 12/19278-6)

DE LIMA, DIOGENES S.; CARDOZO, LUCAS E.; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS; SUHRBIER, ANDREAS; MANE, KARIM; JEFFRIES, DAVID; SILVEIRA, EDUARDO L. V.; AMARAL, PAULO P.; RAPPUOLI, RINO; DE SILVA, THUSHAN I.; et al. Long noncoding RNAs are involved in multiple immunological pathways in response to vaccination. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, v. 116, n. 34, p. 17121-17126, . Citações Web of Science: 1. (13/08216-2, 12/19278-6, 17/50137-3)

CARDOZO, LUCAS E.; RUSSO, PEDRO S. T.; GOMES-CORREIA, BRUNO; ARAUJO-PEREIRA, MARIANA; SEPULVEDA-HERMOSILLA, GONZALO; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS; NAKAYA, I, HELDER. webCEMiTool: Co-expression Modular Analysis Made Easy. FRONTIERS IN GENETICS, v. 10, . Citações Web of Science: 1. (13/08216-2, 12/19278-6, 18/10748-6, 17/05762-7)

AMARAL, PAULO P.; LEONARDI, TOMMASO; HAN, NAMSHIK; VIRE, EMMANUELLE; GASCOIGNE, DENNIS K.; ARIAS-CARRASCO, RAUL; BUSCHER, MAGDALENA; PANDOLFINI, LUCA; ZHANG, ANDA; PLUCHINO, STEFANO; et al. Genomic positional conservation identifies topological anchor point RNAs linked to developmental loci. Genome Biology, v. 19, . Citações Web of Science: 31. (14/50308-4)

GONCALVES, ANDRE N. A.; LEVER, MELISSA; RUSSO, PEDRO S. T.; GOMES-CORREIA, BRUNO; URBANSKI, ALYSSON H.; POLLARA, GABRIELE; NOURSADEGHI, MAHDAD; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS; NAKAYA, I, HELDER. Assessing the Impact of Sample Heterogeneity on Transcriptome Analysis of Human Diseases Using MDP Webtool. FRONTIERS IN GENETICS, v. 10, . Citações Web of Science: 0. (13/08216-2, 12/19278-6, 18/14933-2)

AGUIAR, RENATO S.; POHL, FABIO; MORAIS, GUILHERME L.; NOGUEIRA, FABIO C. S.; DE CARVALHO, JOSEANE B.; GUIDA, LETICIA; ARGE, LUIS W. P.; MELO, ADRIANA; MOREIRA, MARIA E. L.; CUNHA, DANIELA P.; et al. Molecular alterations in the extracellular matrix in the brains of newborns with congenital Zika syndrome. Science Signaling, v. 13, n. 635, . Citações Web of Science: 0. (13/08216-2, 12/19278-6, 18/21934-5, 17/50137-3, 18/14933-2)

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