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Guilherme Menegon Arantes

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Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Química (IQ)  (Instituição-sede da última proposta de pesquisa)
País de origem: Brasil

Possui bacharelado em Química (1998), doutorado em Bioquímica (2004) e livre-docência em Bioquímica (2016), obtidos no Instituto de Química da Universidade de São Paulo (IQ-USP). Fez pós-doutorado no Department of Chemistry na University of Warwick, Reino Unido (2005) e no Departamento de Química Fundamental do IQ-USP (2006-2007). Atualmente é Professor Associado no Departamento de Bioquímica da USP. Tem experiência nas áreas de Físico-Química, Biofísica e Bioquímica, com ênfase em cálculo e desenvolvimento de métodos em estrutura eletrônica, enzimologia computacional e simulação com potenciais híbridos (QM/MM), dinâmica molecular de proteínas e cálculo de energia livre. (Fonte: Currículo Lattes)

Auxílios à pesquisa
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  • Resumo

    Nós buscamos financiamento para ajudar na proposição e no estabelecimento de uma longa colaboração tanto em bioquímica inorgânica computacional e computação de alto-desempenho, e suas aplicações para ciência computacional. Os autores já colaboraram no passado no primeiro tópico, incuindo uma publicação em revista indexada de alta qualidade. As atividades atuais e os planos futuros da P...

    Bioquímica inorgânica computacional & computação de alta-performance, AP.R SPRINT
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  • Resumo

    Em condições normais, organismos aeróbios oxidam succinato a fumarato no complexo II mitocondrial, enquanto organismos anaeróbios que utilizam fumarato como aceptor final de elétrons de suas vias catabólicas catalisam a reação reversa. A quinol:fumarato redutase (QFR) é a enzima responsável por catalisar a reação nestes organismos anaeróbios. Embora não possuam genes que codificam para...

    Simulação computacional dos mecanismos de reação em quinol:fumarato redutases, BP.MS

  • Resumo

    A rubredoxina é uma proteína bastante utilizada como modelo para o estudo de propriedades de centros metálicos de ferro-enxofre (Fe-S). Recentemente, experimentos de microscopia de força atômica (AFM) demonstraram que há dependência da cinética de desenovelamento forçado da rubredoxina e da estabilidade mecânica de suas ligações Fe-S com o ponto de aplicação de força ao longo da sequên...

    Simulação computacional de fenômenos bioquímicos raros por métodos de aumento de amostragem, BP.DR

  • Resumo

    A relevância de simulação computacional em bioquímica e biofísica molecular está aumentando. Consequentemente, a proposta descrita aqui é parte de uma projeto de pesquisa regular já financiado pela FAPESP para consolidar um laboratório de Bioquímica e Biofísica Computacionais recentemente instalado no Instituto de Química da Universidade de São Paulo (IQ-USP).Aqui nós aproveitaremos a ...

    Simulações computacionais de citocromo bc1 e de Cdc25B fosfatase com validação espectroscópica, BP.PD
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  • Resumo

    O mutante L99A da lisozima do fago T4 é uma proteína frequentemente usada para estudar a ligação de pequenas moléculas a macromoléculas. Estruturas cristalográficas do mutante L99A complexado com ligantes mostram que a abertura na superfície da proteína para entrada e saída do ligante do sítio de ligação criado pela mutação é pequena. Portanto, a proteína deve apresentar um movimento d...

    Simulação computacional de caminhos de saída de ligante pelo método de weighted ensemble, BE.EP.DR
Apoio FAPESP em números * Quantidades atualizadas em 28/03/2020
1 Auxílios à pesquisa em andamento
8 Auxílios à pesquisa concluídos
2 Bolsas no país em andamento
9 Bolsas no país concluídas
1 Bolsas no exterior em andamento
1 Bolsas no exterior concluídas
22 Todos os Auxílios e Bolsas
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Palavras-chave utilizadas pelo pesquisador
Aprendizado computacional Aprendizado de Máquina Bioenergia Biofísica Molecular Biofísica Biologia sistêmica Bioquímica Ciências Biológicas Ciências Exatas e da Terra Enzimologia Estrutura eletrônica Física molecular Físico-química Fosfatase Ácida Fosfatos Inibidores Líquidos iônicos Mecânica estatística Mecânica quântica Metaloproteínas Micelas Microscopia de força atômica Modelagem Monoester fosfórico hidrolases Oxirredução Química Orgânica Química de Macromoléculas Química quântica Química teórica Química Ressonância magnética nuclear Simulação de acoplamento molecular Simulação de dinâmica molecular Simulação por computador Troca iônica Vesículas
Publicações resultantes de Auxílios e Bolsas sob responsabilidade do(a) pesquisador(a) (20)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

Publicações19
Citações189
Cit./Artigo9,9
Dados do Web of Science

GALASSI, VANESA VIVIANA; ARANTES, GUILHERME MENEGON. Partition, orientation and mobility of ubiquinones in a lipid bilayer. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOENERGETICS, v. 1847, n. 12, p. 1560-1573, . Citações Web of Science: 14. (12/17833-2, 12/02501-4, 14/21900-2)

SOUZA, VALQUIRIA P.; IKEGAMI, CECILIA M.; ARANTES, GUILHERME M.; MARANA, SANDRO R.. Protein thermal denaturation is modulated by central residues in the protein structure network. FEBS Journal, v. 283, n. 6, p. 1124-1138, . Citações Web of Science: 9. (14/19439-5, 08/55914-9, 14/21900-2)

ARANTES, GUILHERME MENEGON; FIELD, MARTIN J.. Ferric-Thiolate Bond Dissociation Studied with Electronic Structure Calculations. Journal of Physical Chemistry A, v. 119, n. 39, p. 10084-10090, . Citações Web of Science: 2. (12/02501-4, 14/21900-2)

SAYEGH, RAPHAEL S. R.; TAMAKI, FABIO K.; MARANA, SANDRO R.; SALINAS, ROBERTO K.; ARANTES, GUILHERME M.. Conformational flexibility of the complete catalytic domain of Cdc25B phosphatases. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, v. 84, n. 11, p. 1567-1575, . Citações Web of Science: 1. (14/19439-5, 13/17883-2, 08/55914-9, 12/00543-1, 14/21900-2)

ARANTES, GM; LOOS, M. Specific parametrisation of a hybrid potential to simulate reactions in phosphatases. Physical Chemistry Chemical Physics, v. 8, n. 3, p. 347-353, . Citações Web of Science: 21. (99/04072-7)

ARANTES, GM; CHAIMOVICH, H. Thiolysis and alcoholysis of phosphate tri- and monoesters with alkyl and aryl leaving groups. An ab initio study in the gas phase. Journal of Physical Chemistry A, v. 109, n. 25, p. 5625-5635, . Citações Web of Science: 28. (99/04072-7)

ARANTES, GUILHERME MENEGON. The Catalytic Acid in the Dephosphorylation of the Cdk2-pTpY/CycA Protein Complex by Cdc25B Phosphatase. Journal of Physical Chemistry B, v. 112, n. 47, p. 15244-15247, . Citações Web of Science: 10. (07/52772-6, 07/59345-6)

TEIXEIRA, MURILO HOIAS; ARANTES, GUILHERME MENEGON. Balanced internal hydration discriminates substrate binding to respiratory complex I. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOENERGETICS, v. 1860, n. 7, p. 541-548, . Citações Web of Science: 0. (14/21900-2, 16/24096-5)

NUNES-ALVES, ARIANE; ZUCKERMAN, DANIEL M.; ARANTES, GUILHERME MENEGON. Escape of a Small Molecule from Inside T4 Lysozyme by Multiple Pathways. BIOPHYSICAL JOURNAL, v. 114, n. 5, p. 1058-1066, . Citações Web of Science: 12. (14/17008-7, 14/21900-2, 15/19912-5, 16/24096-5)

NUNES-ALVES, ARIANE; ARANTES, GUILHERME MENEGON. Mechanical Unfolding of Macromolecules Coupled to Bond Dissociation. JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, v. 14, n. 1, p. 282-290, . Citações Web of Science: 5. (14/17008-7, 14/21900-2, 16/24096-5)

BHATTACHARJEE, ANIRBAN; CHAVAROT-KERLIDOU, MURIELLE; DEMPSEY, JILLIAN L.; GRAY, HARRY B.; FUJITA, ETSUKO; MUCKERMAN, JAMES T.; FONTECAVE, MARC; ARTERO, VINCENT; ARANTES, GUILHERME M.; FIELD, MARTIN J.. Theoretical Modeling of Low-Energy Electronic Absorption Bands in Reduced Cobaloximes. ChemPhysChem, v. 15, n. 14, p. 2951-2958, . Citações Web of Science: 7. (12/02501-4)

MENEGON‚ G.; SHIMIZU‚ K.; FARAH‚ JPS; DIAS‚ LG; CHAIMOVICH‚ H.. Parameterization of the electronegativity equalization method based on the charge model 1. Physical Chemistry Chemical Physics, v. 4, n. 24, p. 5933-5936, . (98/10066-7, 01/05852-8, 99/04072-7)

ARANTES, GUILHERME MENEGON. Flexibility and inhibitor binding in Cdc25 phosphatases. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, v. 78, n. 14, p. 3017-3032, . Citações Web of Science: 10. (07/52772-6, 07/59345-6)

NUNES-ALVES, ARIANE; ZUCKERMAN, DANIEL M.; ARANTES, GUILHERME MENEGON. Escape of a Small Molecule from Inside T4 Lysozyme by Multiple Pathways. BIOPHYSICAL JOURNAL, v. 114, n. 5, p. 1058-1066, . Citações Web of Science: 12. (14/17008-7, 14/21900-2, 15/19912-5, 16/24096-5)

ZHENG, PENG; ARANTES, GUILHERME M.; FIELD, MARTIN J.; LI, HONGBIN. Force-induced chemical reactions on the metal centre in a single metalloprotein molecule. NATURE COMMUNICATIONS, v. 6, . Citações Web of Science: 15. (12/02501-4, 14/21900-2)

MENEGON, G; LOOS, M; CHAIMOVICH, H. Ab initio study of the thiolysis of trimethyl phosphate ester in the gas phase. Journal of Physical Chemistry A, v. 106, n. 39, p. 9078-9084, . Citações Web of Science: 20. (99/04072-7)

ARANTES, GUILHERME MENEGON; TAYLOR, PETER R.. Approximate Multiconfigurational Treatment of Spin-Coupled Metal Complexes. JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, v. 6, n. 7, p. 1981-1989, . Citações Web of Science: 3. (07/52772-6, 07/59345-6)

ARANTES, GUILHERME M.; RIBEIRO, MAURO C. C.. A microscopic view of substitution reactions solvated by ionic liquids. Journal of Chemical Physics, v. 128, n. 11, . Citações Web of Science: 14. (05/03995-7, 07/02371-5)

NUNES-ALVES, ARIANE; ARANTES, GUILHERME MENEGON. Mechanical Unfolding of Macromolecules Coupled to Bond Dissociation. JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, v. 14, n. 1, p. 282-290, . Citações Web of Science: 5. (14/17008-7, 14/21900-2, 16/24096-5)

TEIXEIRA, MURILO HOIAS; ARANTES, GUILHERME MENEGON. Effects of lipid composition on membrane distribution and permeability of natural quinones. RSC ADVANCES, v. 9, n. 29, p. 16892-16899, . Citações Web of Science: 2. (16/24096-5)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

ARANTES, Guilherme Menegon. Sobre as proteínas tirosina-fosfatases. Reatividade intrínseca de ésteres de fosfato e simulação computacional dos mecanismos de reação enzimática.  xix,266 f. Tese (Doutorado) -  Instituto de Química.  Universidade de São Paulo (USP).  São Paulo.  (99/04072-7) 

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