CV Lattes
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Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Química (IQ) (Instituição-sede da última proposta de pesquisa) País de origem: Brasil
Possui bacharelado em química (1998), doutorado em bioquímica (2004) e livre-docência (2016), obtidos no Instituto de Química da Universidade de São Paulo (IQ-USP). Fez pós-doutorado no Department of Chemistry na University of Warwick, Reino Unido (2005) e no Departamento de Química Fundamental do IQ-USP (2006-2007). Atualmente é professor associado no Departamento de Bioquímica da USP. Tem experiência nas áreas de físico-química, biofísica e bioquímica, com ênfase em cálculo e desenvolvimento de métodos em estrutura eletrônica e em simulação molecular, enzimologia computacional e simulação com potenciais híbridos (QM/MM), dinâmica molecular de proteínas e estimativa de energia livre. (Fonte: Currículo Lattes)
| Matéria(s) publicada(s) no Pesquisa para Inovação FAPESP sobre o(a) pesquisador(a): |
| Química é Vida: Membranas na Fronteira da Vida |
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Enzimas da cadeia de transporte de elétrons em mitocôndrias e bactérias estão equipadas com grupos prostéticos baseados em metais de transição responsáveis pelos processos de oxidoredução essenciais. Neste projeto propomos elucidar mecanismos catalíticos e a estabilidade estrutural de cofatores metálicos ligados nestas proteínas. Investigaremos os mecanismos de reações de transferência pr…
Nós buscamos financiamento para ajudar na proposição e no estabelecimento de uma longa colaboração tanto em bioquímica inorgânica computacional e computação de alto-desempenho, e suas aplicações para ciência computacional. Os autores já colaboraram no passado no primeiro tópico, incuindo uma publicação em revista indexada de alta qualidade. As atividades atuais e os planos futuros da Plat…
Simulação computacional tem presença e importância crescentes na pesquisa em química, bioquímica e biofísica molecular. Um claro reconhecimento desta área de pesquisa foi o prêmio Nobel de Química concedido em 2013 pelo desenvolvimento de métodos híbridos de simulação molecular.A proposta de pesquisa apresentada aqui será realizada no laboratório de Bioquímica e Biofísica Computacionais i…
A importância de simulação computacional nas áreas de química, bioquímica e biofísica molecular é crescente. O prêmio Nobel de Química concedido em 2013 pelo desenvolvimento de métodos híbridos de simulação molecular é um claro reconhecimento desta importância.A proposta de pesquisa apresentada aqui será realizada no laboratório de Bioquímica e Biofísica Computacionais recentemente instal…
O complexo respiratório I é responsável pela transdução de cerca de metade da energia química usada numa célula ao catalisar a transferência de elétrons do metabólito NADH para coenzima-Q acoplada ao bombeamento de prótons e à geração de um gradiente eletroquímico transmembranar. Embora décadas de pesquisa, incluindo impressionantes avanços estruturais recentes, tenham contribuído para co…
Esta bolsa de treinamento técnico nível TT-1 permitirá a capacitação de estudante de graduação na administração de sistemas computacionais de alto desempenho e sua introdução aos métodos numéricos relevantes para computação científica, em particular nas áreas de cálculo e simulação molecular. Também apoiará as atividades de pesquisa planejadas no âmbito desta proposta de Auxílio Regular,…
A enzima quinona:citocromo C oxidorredutase ou, complexo respiratório III, catalisa a oxidorredução de substratos quinóis e quinonas (coenzima-Q ou, simplesmente, Q) acoplada ao translocamento membranar de prótons, pelo chamado ciclo-Q modificado. O estudo do mecanismo de ação deste complexo proteico, fundamental na respiração celular e na fotossíntese (pela homóloga citocromo b6f), é rel…
O complexo II respiratório acopla a reação de oxidação de succinato à redução de quinona na cadeia transportadora de elétrons. Na oxidação de succinato, uma molécula de FAD é reduzida e, então, os elétrons são passados via três centros ferro-enxofre até reduzir uma quinona. O mecanismo de oxirredução de succinato em fumarato já é objeto de estudo no mestrado do candidato. Aqui, propomos e…
Centros de ferro-enxofre (FeS) são os cofatores metálicos envolvidos em reações redox de sistemas biológicos mais abundantes. Suas estruturas eletrônicas com múltiplos estados quase-degenerados de baixa energia é difícil de modelar com exatidão. Porém, a chegada de métodos de estrutura eletrônica avançados como grupo de renormalização da matriz densidade (DMRG) e interação de configuraçõe…
O mutante L99A da lisozima do fago T4 é uma proteína frequentemente usada para estudar a ligação de pequenas moléculas a macromoléculas. Estruturas cristalográficas do mutante L99A complexado com ligantes mostram que a abertura na superfície da proteína para entrada e saída do ligante do sítio de ligação criado pela mutação é pequena. Portanto, a proteína deve apresentar um movimento de "…
ARANTES, GUILHERME MENEGON; FIELD, MARTIN J.. Ferric-Thiolate Bond Dissociation Studied with Electronic Structure Calculations. Journal of Physical Chemistry A, v. 119, n. 39, p. 10084-10090, OCT 1 2015. (12/02501-4, 14/21900-2)
GALASSI, VANESA VIVIANA; ARANTES, GUILHERME MENEGON. Partition, orientation and mobility of ubiquinones in a lipid bilayer. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOENERGETICS, v. 1847, n. 12, p. 1560-1573, DEC 2015. (12/02501-4, 14/21900-2, 12/17833-2)
TEIXEIRA, MURILO HOIAS; ARANTES, GUILHERME MENEGON. Balanced internal hydration discriminates substrate binding to respiratory complex I. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOENERGETICS, v. 1860, n. 7, p. 541-548, JUL 1 2019. (14/21900-2, 16/24096-5)
TEIXEIRA, MURILO H.; CURTOLO, FELIPE; CAMILO, SOFIA R. G.; FIELD, MARTIN J.; ZHENG, PENG; LI, HONGBIN; ARANTES, GUILHERME M.. Modeling the Hydrolysis of Iron-Sulfur Clusters. JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, v. 60, n. 2, p. 653-660, FEB 2020. (16/24096-5, 18/08311-9)
REIS, ANDRE A. O.; SAYEGH, RAPHAEL S. R.; MARANA, SANDRO R.; ARANTES, GUILHERME M.. Combining Free Energy Simulations and NMR Chemical-Shift Perturbation To Identify Transient Cation-pi Contacts in Proteins. JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, v. 60, n. 2, p. 890-897, FEB 2020. (16/22365-9, 16/24096-5, 18/08311-9, 12/00543-1, 18/25952-8)
ARANTES, GM; LOOS, M. Specific parametrisation of a hybrid potential to simulate reactions in phosphatases. Physical Chemistry Chemical Physics, v. 8, n. 3, p. 347-353, JAN 21 2006. (99/04072-7)
ARANTES, GM; CHAIMOVICH, H. Thiolysis and alcoholysis of phosphate tri- and monoesters with alkyl and aryl leaving groups. An ab initio study in the gas phase. Journal of Physical Chemistry A, v. 109, n. 25, p. 5625-5635, JUN 30 2005. (99/04072-7)
ARANTES, GUILHERME MENEGON. The Catalytic Acid in the Dephosphorylation of the Cdk2-pTpY/CycA Protein Complex by Cdc25B Phosphatase. Journal of Physical Chemistry B, v. 112, n. 47, p. 15244-15247, NOV 27 2008. (07/59345-6, 07/52772-6)
SAYEGH, RAPHAEL S. R.; TAMAKI, FABIO K.; MARANA, SANDRO R.; SALINAS, ROBERTO K.; ARANTES, GUILHERME M.. Conformational flexibility of the complete catalytic domain of Cdc25B phosphatases. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, v. 84, n. 11, p. 1567-1575, NOV 2016. (14/19439-5, 08/55914-9, 13/17883-2, 14/21900-2, 12/00543-1)
SOUZA, VALQUIRIA P.; IKEGAMI, CECILIA M.; ARANTES, GUILHERME M.; MARANA, SANDRO R.. Protein thermal denaturation is modulated by central residues in the protein structure network. FEBS Journal, v. 283, n. 6, p. 1124-1138, MAR 2016. (14/19439-5, 08/55914-9, 14/21900-2)
VAN CLEAVE, CAMERON; KOEHN, JORDAN T.; PEREIRA, CAROLINE SIMOES; HAASE, ALLISON A.; PETERS, BENJAMIN J.; CROSLOW, SETH W.; MCLAUGHLIN, KYLE G.; WERST, KATARINA R.; GOACH, AUDRA L.; CRICK, DEAN C.; et al. Interactions of Truncated Menaquinones in Lipid Monolayers and Bilayers. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, v. 22, n. 18, SEP 2021. (19/21856-7)
ARANTES, GUILHERME MENEGON. Flexibility and inhibitor binding in Cdc25 phosphatases. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, v. 78, n. 14, p. 3017-3032, NOV 1 2010. (07/59345-6, 07/52772-6)
MENEGON‚ G.; SHIMIZU‚ K.; FARAH‚ JPS; DIAS‚ LG; CHAIMOVICH‚ H.. Parameterization of the electronegativity equalization method based on the charge model 1. Physical Chemistry Chemical Physics, v. 4, n. 24, p. 5933-5936, 2002. (98/10066-7, 01/05852-8, 99/04072-7)
TEIXEIRA, MURILO HOIAS; ARANTES, GUILHERME MENEGON. Effects of lipid composition on membrane distribution and permeability of natural quinones. RSC ADVANCES, v. 9, n. 29, p. 16892-16899, MAY 28 2019. (16/24096-5)
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YUAN, GUODONG; CURTOLO, FELIPE; DENG, YIBING; WU, TAO; TIAN, FANG; MA, QUN; LIU, YUTONG; ZUO, JINGLIN; ARANTES, GUILHERME MENEGON; ZHENG, PENG. Highly Dynamic Polynuclear Metal Cluster Revealed in a Single Metallothionein Molecule. RESEARCH, v. 2021, JUL 14 2021. (19/21856-7, 17/26109-0, 18/08311-9)
BHATTACHARJEE, ANIRBAN; CHAVAROT-KERLIDOU, MURIELLE; DEMPSEY, JILLIAN L.; GRAY, HARRY B.; FUJITA, ETSUKO; MUCKERMAN, JAMES T.; FONTECAVE, MARC; ARTERO, VINCENT; ARANTES, GUILHERME M.; FIELD, MARTIN J.. Theoretical Modeling of Low-Energy Electronic Absorption Bands in Reduced Cobaloximes. ChemPhysChem, v. 15, n. 14, p. 2951-2958, OCT 6 2014. (12/02501-4)
ZHENG, PENG; ARANTES, GUILHERME M.; FIELD, MARTIN J.; LI, HONGBIN. Force-induced chemical reactions on the metal centre in a single metalloprotein molecule. NATURE COMMUNICATIONS, v. 6, JUN 2015. (12/02501-4, 14/21900-2)
MENEGON, G; LOOS, M; CHAIMOVICH, H. Ab initio study of the thiolysis of trimethyl phosphate ester in the gas phase. Journal of Physical Chemistry A, v. 106, n. 39, p. 9078-9084, OCT 3 2002. (99/04072-7)
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ARANTES, GUILHERME M.; RIBEIRO, MAURO C. C.. A microscopic view of substitution reactions solvated by ionic liquids. Journal of Chemical Physics, v. 128, n. 11, MAR 21 2008. (05/03995-7, 07/02371-5)
CURTOLO, FELIPE; ARANTES, GUILHERME M.. Mechanisms for Flavin-Mediated Oxidation: Hydride or Hydrogen-Atom Transfer?. JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, v. 60, n. 12, p. 6282-6287, DEC 28 2020. (16/23525-0, 16/24096-5, 17/26109-0, 19/21856-7)
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
ARANTES, Guilherme Menegon. Sobre as proteínas tirosina-fosfatases. Reatividade intrínseca de ésteres de fosfato e simulação computacional dos mecanismos de reação enzimática. xix,266 f. Tese (Doutorado) - Instituto de Química. Universidade de São Paulo (USP). São Paulo. (99/04072-7)