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Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP)  (Instituição-sede da última proposta de pesquisa)
País de origem: Brasil

Bacharel em Ciências Moleculares pela Universidade de São Paulo (2001), Doutora em Bioquímica pela Universidade de São Paulo (2006) com Pós-doutorado no Institute for Systems Biology, Seattle-EUA (2008). É docente do Departamento de Bioquímica e Imunologia - FMRP- USP, livre-docente em Bioquímica (2020). Atua na área de Microbiologia, Bioquímica e Biologia Molecular, com ênfase em Biologia Sistêmica, analisando dados de expressão gênica em larga escala e auxiliando no desenvolvimento de ferramentas de bioinformática. Áreas de interesse: regulação da expressão gênica, microbiologia, resposta a estresses ambientais, integração de dados em larga-escala para formulação de modelos preditivos da célula, RNAs não codificantes, organismos procarióticos, archaea, bioinformática. (Fonte: Currículo Lattes)

Auxílios à pesquisa
Bolsas no país
Bolsas no Exterior
Apoio FAPESP em números * Quantidades atualizadas em 19/09/2020
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Palavras-chave utilizadas pelo pesquisador
Publicações resultantes de Auxílios e Bolsas sob responsabilidade do(a) pesquisador(a) (15)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

Publicações15
Citações140
Cit./Artigo9,3
Dados do Web of Science

GOMES-FILHO, JOSE VICENTE; ZARAMELA, LIVIA SOARES; DA SILVA ITALIANI, VALERIA CRISTINA; BALIGA, NITIN S.; VENCIO, RICARDO Z. N.; KOIDE, TIE. Sense overlapping transcripts in IS1341-type transposase genes are functional non-coding RNAs in archaea. RNA BIOLOGY, v. 12, n. 5, p. 490-500, . Citações Web of Science: 7. (10/10195-5, 09/09532-0, 13/21522-5, 11/07487-7)

FERNANDES PEDRO, DANIEL LONGHI; RODRIGUES LORENZETTI, ALAN PERICLES; DOMINGUES, DOUGLAS SILVA; PASCHOAL, ALEXANDRE ROSSI. PlaNC-TE: a comprehensive knowledgebase non-coding RNAs and transposable elements in plants. DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION, . Citações Web of Science: 1. (17/03052-2)

TEN-CATEN, FELIPE; VENCIO, RICARDO Z. N.; LORENZETTI, ALAN PERICLES R.; ZARAMELA, LIVIA SOARES; SANTANA, ANA CAROLINA; KOIDE, TIE. Internal RNAs overlapping coding sequences can drive the production of alternative proteins in archaea. RNA BIOLOGY, v. 15, n. 8, p. 1119-1132, . Citações Web of Science: 4. (15/12012-9, 15/21038-1, 11/14455-4, 17/03052-2, 11/07487-7)

LEADEN, LAURA; SILVA, LARISSA G.; RIBEIRO, RODOLFO A.; DOS SANTOS, NAARA M.; LORENZETTI, ALAN P. R.; ALEGRIA, THIAGO G. P.; SCHULZ, MARIANE L.; MEDEIROS, MARISA H. G.; KOIDE, TIE; MARQUES, V, MARILIS. Iron Deficiency Generates Oxidative Stress and Activation of the SOS Response in Caulobacter crescentus. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 9, . Citações Web of Science: 5. (15/21038-1, 15/07386-7, 16/06378-3, 14/04046-8, 17/03052-2, 17/02127-9)

PEREIRA DE ALMEIDA, JOAO PAULO; VENCIO, RICARDO Z. N.; LORENZETTI, ALAN P. R.; TEN-CATEN, FELIPE; GOMES-FILHO, JOSE VICENTE; KOIDE, TIE. The Primary Antisense Transcriptome of Halobacterium salinarum NRC-1. GENES, v. 10, n. 4, . Citações Web of Science: 0. (15/12012-9, 15/21038-1, 13/21522-5, 17/03052-2, 11/14455-4)

SILVA, LARISSA G.; LORENZETTI, ALAN P. R.; RIBEIRO, RODOLFO A.; ALVES, INGRID R.; LEADEN, LAURA; GALHARDO, RODRIGO S.; KOIDE, TIE; MARQUES, MARILIS V.. OxyR and the hydrogen peroxide stress response in Caulobacter crescentus. Gene, v. 700, p. 70-84, . Citações Web of Science: 0. (15/07386-7, 16/06378-3, 15/21038-1, 14/04046-8, 17/03052-2)

NIKEL, PABLO IVAN; SILVA-ROCHA, RAFAEL; BENEDETTI, ILARIA; DE LORENZO, VICTOR. The private life of environmental bacteria: pollutant biodegradation at the single cell level. ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, v. 16, n. 3, p. 628-642, . Citações Web of Science: 34. (13/04125-2)

ZARAMELA, LIVIA S.; VENCIO, RICARDO Z. N.; TEN-CATEN, FELIPE; BALIGA, NITIN S.; KOIDE, TIE. Transcription Start Site Associated RNAs (TSSaRNAs) Are Ubiquitous in All Domains of Life. PLoS One, v. 9, n. 9, . Citações Web of Science: 8. (09/09532-0, 11/14455-4, 11/07487-7)

CAMPOS ANTONIETO, AMANDA CRISTINA; CASTRO, LILIAN DOS SANTOS; SILVA-ROCHA, RAFAEL; PERSINOTI, GABRIELA FELIX; SILVA, ROBERTO NASCIMENTO. Defining the genome-wide role of CRE1 during carbon catabolite repression in Trichoderma reesei using RNA-Seq analysis. Fungal Genetics and Biology, v. 73, p. 93-103, . Citações Web of Science: 26. (10/15683-8, 13/04125-2)

GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Expanding the Logic of Bacterial Promoters Using Engineered Overlapping Operators for Global Regulators. ACS SYNTHETIC BIOLOGY, v. 3, n. 9, p. 666-675, . Citações Web of Science: 9. (13/04125-2)

SILVA-ROCHA, RAFAEL; PONTELLI, MARJORIE CORNEJO; FURTADO, GILVAN PESSOA; ZARAMELA, LIVIA SOARES; KOIDE, TIE. Development of New Modular Genetic Tools for Engineering the Halophilic Archaeon Halobacterium salinarum. PLoS One, v. 10, n. 6, . Citações Web of Science: 1. (09/09532-0, 13/23712-6, 13/04125-2, 11/07487-7)

COELHO, PRISCILA DE O.; GUARNIER, FLAVIA A.; FIGUEIREDO, LEONARDO BRUNO; ZARAMELA, LIVIA S.; PACINI, ENIO S. A.; GODINHO, ROSELY O.; GOMES, MARCELO D.. Identification of potential target genes associated with the reversion of androgen-dependent skeletal muscle atrophy. Archives of Biochemistry and Biophysics, v. 663, p. 173-182, . Citações Web of Science: 0. (15/07019-4, 14/10898-7, 11/07487-7)

FERNANDES PEDRO, DANIEL LONGHI; RODRIGUES LORENZETTI, ALAN PERICLES; DOMINGUES, DOUGLAS SILVA; PASCHOAL, ALEXANDRE ROSSI. PlaNC-TE: a comprehensive knowledgebase non-coding RNAs and transposable elements in plants. DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION, . Citações Web of Science: 1. (17/03052-2)

TEN-CATEN, FELIPE; VENCIO, RICARDO Z. N.; LORENZETTI, ALAN PERICLES R.; ZARAMELA, LIVIA SOARES; SANTANA, ANA CAROLINA; KOIDE, TIE. Internal RNAs overlapping coding sequences can drive the production of alternative proteins in archaea. RNA BIOLOGY, v. 15, n. 8, p. 1119-1132, . Citações Web of Science: 4. (15/12012-9, 15/21038-1, 11/14455-4, 17/03052-2, 11/07487-7)

GOMES-FILHO, JOSE VICENTE; ZARAMELA, LIVIA SOARES; DA SILVA ITALIANI, VALERIA CRISTINA; BALIGA, NITIN S.; VENCIO, RICARDO Z. N.; KOIDE, TIE. Sense overlapping transcripts in IS1341-type transposase genes are functional non-coding RNAs in archaea. RNA BIOLOGY, v. 12, n. 5, p. 490-500, . Citações Web of Science: 7. (10/10195-5, 09/09532-0, 13/21522-5, 11/07487-7)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

FILHO, José Vicente Gomes. RNAs não-codificantes associados a IS200/605: identificação e caracterização funcional na archaea Halobacterium salinarum NRC-1. Tese (Doutorado) -  Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto.  Universidade de São Paulo (USP).  Ribeirão Preto.  (13/21522-5

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