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Alessandro Silva Nascimento

CV Lattes GoogleMyCitations ResearcherID ORCID


Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Física de São Carlos (IFSC)  (Instituição-sede da última proposta de pesquisa)
País de origem: Brasil

possui graduação em Ciências Farmacêuticas pela Universidade de Brasília (2005) e doutorado em Física Aplicada (Biomolecular) pela Universidade de São Paulo (USP). Tem experiência na área de Biofísica, com ênfase em Cristalografia de Proteínas e métodos de modelagem biomolecular, atuando principalmente nos seguintes temas: receptores nucleares, farmacologia molecular e estrutural. Atualmente é professor doutor junto ao Instituto de Física de São Carlos. (Fonte: Currículo Lattes)

Auxílios à pesquisa
Em andamento (mais recentes)

  • Resumo

    O surgimento de cepas bacterianas resistentes a antibióticos representa um risco importante para a saúde humana. Doenças infecciosas representam a terceira causa de morte em todo o mundo, de acordo com a Organização Mundial de Saúde, e dados de vigilância retirados de hospitais nos EUA indicam que cerca de 50% das cepas avaliadas de Staphylococcus aureus encontrados em infecções na cor...

    Mecanismos envolvidos em resistência a antibióticos: parede de ácidos teicóicos e biofilmes como alvos moleculares, AP.R

  • Resumo

    Doenças infecciosas são uma ameaça a humanidade e atualmente seus agentes patogênicos estão se espalhando geograficamente devido à globalização e ao desenvolvimento de resistência às drogas disponíveis. A resistência aos fármacos disponíveis atualmente está ocorrendo em quase todos os patógenos e portanto há uma urgente necessidade de descobrir novo alvos terapêuticos e/ou novas classe...

    Drug discovery contra doenças infecciosas humanos, AP.TEM
Concluídos (mais recentes)

  • Resumo

    Estima-se em 3051 o número de genes presentes no genoma humano cuja função é passível de regulação por agentes externos (druggable genome). No entanto, apenas 266 proteínas são atualmente empregadas para regulação farmacológica. Com os rápidos avanços da biologia estrutural torna-se cada vez mais atraente o uso da informação estrutural disponível para a proposição de novas 'sondas quím...

    Estendendo as fronteiras em interações biomoleculares: docking e avaliação da energia livre, AP.R

  • Resumo

    O receptor PPAR gama é um fator de transcrição regulado por ligante que desempenha um papel importante na regulação de genes associados ao metabolismo de lipídeos e regulação da glicemia, com importantes consequências para o manejo do diabetes melito do tipo II. Dado o número de estruturas cristalográficas já determinadas para este receptor, propomos, neste projeto, o uso desta informa...

    Estudo prospectivo de ligantes do receptor PPAR gama, AP.R
Bolsas no país
Em andamento (mais recentes)
Concluídas (mais recentes)

  • Resumo

    As interações moleculares, em especial as de caráter não covalente, são processos-chave em vários aspectos da Biologia Celular e Molecular, desde a comunicação entre as células ou da velocidade e especificidade das reações enzimáticas. Portanto, há a necessidade de estudar e criar métodos preditivos para calcular a afinidade entre moléculas nos processos de interação, os quais encontra...

    Aplicação de Monte Carlo em um algoritmo de docking para a geração de ensembles e cálculos de energia livre, BP.MS

  • Resumo

    A existência de uma relação entre a estrutura e a função de proteínas é bem conhecida. Sabe-se que as proteínas evoluíram para desenvolver uma estrutura estável e ótima para o exercício do seu papel funcional. No entanto, qual é a mínima informação necessária para a inserção de uma função proteica? Algumas abordagens já foram avaliadas neste contexto. Uma delas emprega o conceito de mo...

    Busca de moldes estruturais para a engenharia de funções catalíticas, BP.MS

  • Resumo

    As septinas são uma família de proteínas que compreende 14 diferentes membros em humanos. Estas proteínas são importantes para a divisão celular, onde coordenam mudanças no citoesqueleto e a reorganização da membrana celular. Estas proteínas agem usualmente na forma de hetero-complexos, sendo o complexo formado pelas Septinas 2, 6 e 7 o mais bem caracterizado até então, embora pouco ai...

    Estudos estruturais da família das septinas, BP.PD
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Apoio FAPESP em números * Quantidades atualizadas em 21/09/2019
2 Auxílios à pesquisa em andamento
2 Auxílios à pesquisa concluídos
2 Bolsas no país em andamento
4 Bolsas no país concluídas
1 Bolsas no exterior concluídas
11 Todos os Auxílios e Bolsas
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Palavras-chave utilizadas pelo pesquisador
Aldosterona Biofísica Molecular Biofísica Biologia estrutural Ciências Biológicas Cristalização Cristalografia de proteínas Doenças transmissíveis Engenharia de Proteínas Enterococcus faecalis Entropia Farmacologia Bioquímica e Molecular Farmacologia Glicosiltransferases Malária Método de Monte Carlo Mycobacterium tuberculosis Plasmodium falciparum Receptores citoplasmáticos e nucleares Septinas Simulação de acoplamento molecular Staphylococcus aureus Tiamina
Publicações resultantes de Auxílios e Bolsas sob responsabilidade do(a) pesquisador(a) (28)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

Publicações25
Citações262
Cit./Artigo10,5
Dados do Web of Science

NASCIMENTO‚ A.; CATALANO-DUPUY‚ D.; BERNARDES‚ A.; NETO‚ M.; SANTOS‚ M.; CECCARELLI‚ E.; POLIKARPOV‚ I.. Crystal structures of Leptospira interrogans FAD-containing ferredoxin-NADP+ reductase and its complex with NADP+. BMC STRUCTURAL BIOLOGY, v. 7, n. 1, p. 69, . (06/00182-8, 04/08070-9)

WATANABE, LEANDRA; DE MOURA, PATRICIA RIBEIRO; NASCIMENTO, ALESSANDRO SILVA; COLAU, DIDIER; DUMOUTIER, LAURE; RENAULD, JEAN-CHRISTOPHE; POLIKARPOV, IGOR. Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of human IL-22 bound to its soluble decoy receptor IL-22BP. ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS, v. 65, n. 2, p. 102-104, . Citações Web of Science: 1. (04/08070-9, 06/00182-8, 06/60860-0, 06/01534-5)

KIM, KYOUNG-YUN; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; GOLUBEV, ALEXANDER M.; POLIKARPOV, IGOR; KIM, CHUNG-SEI; KANG, SU-IL; KIM, SU-IL. Catalytic mechanism of inulinase from Arthrobacter sp. S37. Biochemical and Biophysical Research Communications, v. 371, n. 4, p. 600-605, . (04/08070-9, 06/00182-8)

NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; KRAUCHENCO, SANDRA; GOLUBEV, ALEXANDER M.; GUSTCHINA, ALLA; WLODAWER, ALEXANDER; POLIKARPOV, IGOR. Statistical coupling analysis of aspartic proteinases based on crystal structures of the Trichoderma reesei enzyme and its complex with pepstatin A. Journal of Molecular Biology, v. 382, n. 3, p. 763-778, . Citações Web of Science: 7. (04/08070-9, 99/03387-4)

WATANABE, LEANDRA; DE MOURA, PATRICIA RIBEIRO; BLEICHER, LUCAS; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; ZAMORANO, LAURA S.; CALVETE, JUAN J.; SANZ, LIBIA; PEREZ, ALICIA; BURSAKOV, SERGEY; ROIG, MANUEL G.; et al. Crystal structure and statistical coupling analysis of highly glycosylated peroxidase from royal palm tree (Roystonea regia). Journal of Structural Biology, v. 169, n. 2, p. 226-242, . Citações Web of Science: 31. (06/00182-8)

MARTINEZ, LEANDRO; SOUZA, PAULO C. T.; GARCIA, WANIUS; BATISTA, FERNANDA A. H.; PORTUGAL, RODRIGO V.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; NAKAHIRA, MARCEL; LIMA, LUIS M. T. R.; POLIKARPOV, IGOR; SKAF, MUNIR S.. On the Denaturation Mechanisms of the Ligand Binding Domain of Thyroid Hormone Receptors. Journal of Physical Chemistry B, v. 114, n. 3, p. 1529-1540, . Citações Web of Science: 5. (06/06831-8, 06/00182-8)

NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; DIAS, SANDRA MARTHA GOMES; NUNES, FÁBIO M.; APARÍCIO, RICARDO; AMBROSIO, ANDRE L. B.; BLEICHER, LUCAS; FIGUEIRA, ANA CAROLINA M.; SANTOS, MARIA AUXILIADORA M.; OLIVEIRA NETO, MÁRIO DE; FISCHER, HANNES; et al. Structural rearrangements in the thyroid hormone receptor hinge domain and their putative role in the receptor function. Journal of Molecular Biology, v. 360, n. 3, p. 586-598, . (06/00182-8)

NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Structural requirement for PPAR gamma binding revealed by a meta analysis of holo-crystal structures. Biochimie, v. 92, n. 5, p. 499-506, . Citações Web of Science: 4. (04/08070-9, 08/58735-8)

GOLUBEV, ALEXANDER M.; ROJAS, ADRIANA L.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; BLEICHER, LUCAS; KULMINSKAYA, ANNA A.; ENEYSKAYA, ELENA V.; POLIKARPOV, IGOR. Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Laminarinase from Rhodothermus marinus: A Case of Pseudomerohedral Twinning. PROTEIN AND PEPTIDE LETTERS, v. 15, n. 10, p. 1142-1144, . Citações Web of Science: 1. (04/08070-9, 06/00182-8)

MARTINEZ, LEANDRO; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; NUNES, FABIO M.; PHILLIPS, KEVIN; APARICIO, RICARDO; DIAS, SANDRA MARTHA G.; FIGUEIRA, ANA CAROLINA M.; LIN, JEAN H.; NGUYEN, PHUONG; APRILETTI, JAMES W.; et al. Gaining ligand selectivity in thyroid hormone receptors via entropy. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, v. 106, n. 49, p. 20717-20722, . Citações Web of Science: 50. (06/00182-8)

BLEICHER, LUCAS; PRATES, ERICA T.; GOMES, THIAGO C. F.; SILVEIRA, RODRIGO L.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; ROJAS, ADRIANA L.; GOLUBEV, ALEXANDER; MARTINEZ, LEANDRO; SKAF, MUNIR S.; POLIKARPOV, IGOR. Molecular Basis of the Thermostability and Thermophilicity of Laminarinases: X-ray Structure of the Hyperthermostable Laminarinase from Rhodothermus marinus and Molecular Dynamics Simulations. Journal of Physical Chemistry B, v. 115, n. 24, p. 7940-7949, . Citações Web of Science: 18. (10/08680-2, 10/18849-4, 09/14107-6, 10/16947-9)

DE AZEVEDO, ERIKA CHANG; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Energy landscape of the domain movement in Staphylococcus aureus UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase. Journal of Structural Biology, v. 207, n. 2, p. 158-168, . Citações Web of Science: 0. (15/13684-0, 17/18173-0, 15/26722-8)

FLORINDO, RENATA N.; SOUZA, VALQUIRIA P.; MANZINE, LIVIA R.; CAMILO, CESAR M.; MARANA, SANDRO R.; POLIKARPOV, IGOR; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Structural and biochemical characterization of a GH3 beta-glucosidase from the probiotic bacteria Bifidobacterium adolescentis. Biochimie, v. 148, p. 107-115, . Citações Web of Science: 3. (14/19439-5, 14/06565-2, 08/56255-9)

GODOY, ANDRE S.; PEREIRA, CAROLINE S.; RAMIA, MARINA PAGLIONE; SILVEIRA, RODRIGO L.; CAMILO, CESAR M.; KADOWAKI, MARCO A.; LANGE, LENE; BUSK, PETER K.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; SKAF, MUNIR S.; et al. Structure, computational and biochemical analysis of PcCel45A endoglucanase from Phanerochaete chrysosporium and catalytic mechanisms of GH45 subfamily C members. SCIENTIFIC REPORTS, v. 8, . Citações Web of Science: 2. (15/13684-0, 11/21608-1, 10/52362-5, 11/20505-4)

SONODA, MILTON T.; GODOY, ANDRE S.; PELLEGRINI, VANESSA O. A.; KADOWAKI, MARCO A. S.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; POLIKARPOV, IGOR. Structure and dynamics of Trichoderma harzianum Cel7B suggest molecular architecture adaptations required for a wide spectrum of activities on plant cell wall polysaccharides. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENERAL SUBJECTS, v. 1863, n. 6, p. 1015-1026, . Citações Web of Science: 0. (15/13684-0, 14/06565-2, 17/18173-0)

MINARI, KARINE; DE AZEVEDO, ERIKA CHANG; RODRIGUES KIRALY, VANESSA THOMAZ; HELENO BATISTA, FERNANDA APARECIDA; DE MORAES, FABIO ROGERIO; DE MELO, FERNANDO ALVES; NASCIMENTO, ALESSANDRO SILVA; GAVA, LISANDRA MARQUES; INACIO RAMOS, CARLOS HENRIQUE; BORGES, JULIO CESAR. Thermodynamic analysis of interactions of the Hsp90 with adenosine nucleotides: A comparative perspective. International Journal of Biological Macromolecules, v. 130, p. 125-138, . Citações Web of Science: 0. (09/53989-4, 13/25646-0, 14/07206-6, 11/23110-0, 15/26722-8, 12/50161-8, 17/18173-0, 17/07335-9)

SARTORI, GERALDO RODRIGUES; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Comparative Analysis of Electrostatic Models for Ligand Docking. FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES, v. 6, . Citações Web of Science: 0. (15/13684-0, 17/18173-0, 15/26722-8)

NAKAMURA, ALINE M.; SEIKI KADOWAKI, MARCO ANTONIO; GODOY, ANDRE; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; POLIKARPOV, IGOR. Low-resolution envelope, biophysical analysis and biochemical characterization of a short-chain specific and halotolerant carboxylesterase from Bacillus licheniformis. International Journal of Biological Macromolecules, v. 120, n. B, p. 1893-1905, . Citações Web of Science: 0. (11/20505-4)

FLORINDO, RENATA N.; SOUZA, VALQUIRIA P.; MUTTI, HEMILY S.; CAMILO, CESAR; MANZINE, LIVIA REGINA; MARANA, SANDRO R.; POLIKARPOV, IGOR; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Structural insights into beta-glucosidase transglycosylation based on biochemical, structural and computational analysis of two GH1 enzymes from Trichoderma harzianum. NEW BIOTECHNOLOGY, v. 40, n. B, p. 218-227, . Citações Web of Science: 5. (14/19439-5, 14/06565-2, 08/56255-9)

VAZ DE LIMA, LUIS ANTONIO C.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. MolShaCS: A free and open source tool for ligand similarity identification based on Gaussian descriptors. EUROPEAN JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, v. 59, p. 296-303, . Citações Web of Science: 12. (10/15376-8)

DA SILVA, FLAVIA M. C.; DOS SANTOS, JADEMILSON C.; CAMPOS, JESSICA L. O.; MAFUD, ANA CAROLINA; POLIKARPOV, IGOR; FIGUEIRA, ANA CAROLINA M.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Structure-based identification of novel PPAR gamma ligands. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, v. 23, n. 21, p. 5795-5802, . Citações Web of Science: 15. (10/15376-8)

FARRO, ERICK GIANCARLO S.; LEITE, ANA ELISA T.; SILVA, ISABELA A.; FILGUEIRAS, JEFFERSON G.; DE AZEVEDO, EDUARDO R.; POLIKARPOV, IGOR; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. GH43 endo-arabinanase from Bacillus licheniformis: Structure, activity and unexpected synergistic effect on cellulose enzymatic hydrolysis. International Journal of Biological Macromolecules, v. 117, p. 7-16, . Citações Web of Science: 1. (15/13684-0, 14/06565-2, 14/03768-0)

LIBERATO, MARCELO VIZONA; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; AYERS, STEVEN D.; LIN, JEAN Z.; CVORO, ALEKSANDRA; SILVEIRA, RODRIGO L.; MARTINEZ, LEANDRO; SOUZA, PAULO C. T.; SAIDEMBERG, DANIEL; DENG, TUO; et al. Medium Chain Fatty Acids Are Selective Peroxisome Proliferator Activated Receptor (PPAR) gamma Activators and Pan-PPAR Partial Agonists. PLoS One, v. 7, n. 5, . Citações Web of Science: 72. (04/08070-9, 06/06831-8, 06/00182-8)

NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; MUNIZ, JOAO RENATO C.; APARICIO, RICARDO; GOLUBEV, ALEXANDER M.; POLIKARPOV, IGOR. Insights into the structure and function of fungal beta-mannosidases from glycoside hydrolase family 2 based on multiple crystal structures of the Trichoderma harzianum enzyme. FEBS Journal, v. 281, n. 18, SI, p. 4165-4178, . Citações Web of Science: 11. (08/56255-9, 09/52840-7)

GODOY, ANDRE SCHUTZER; CAMILO, CESAR MOISES; KADOWAKI, MARCO ANTONIO; MUNIZ, HELOISA DOS S.; SANTO, MELISSA ESPIRITO; MURAKAMI, MARIO TYAGO; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; POLIKARPOV, IGOR. Crystal structure of beta 1 -> 6-galactosidase from Bifidobacterium bifidum S17: trimeric architecture, molecular determinants of the enzymatic activity and its inhibition by alpha-galactose. FEBS Journal, v. 283, n. 22, p. 4097-4112, . Citações Web of Science: 5. (11/20505-4, 09/05328-9, 08/56255-9, 14/06565-2, 09/52840-7, 11/05712-3)

MUNIZ, HELOISA S.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Towards a critical evaluation of an empirical and volume-based solvation function for ligand docking. PLoS One, v. 12, n. 3, . Citações Web of Science: 1. (14/06565-2, 10/15376-8)

MUNIZ, HELOISA DOS SANTOS; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Ligand- and receptor-based docking with LiBELa. Journal of Computer-Aided Molecular Design, v. 29, n. 8, p. 713-723, . Citações Web of Science: 4. (14/06565-2)

MALTAROLLO, VINICIUS G.; TOGASHI, MARIE; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; HONORIO, KATHIA M.. Structure-Based Virtual Screening and Discovery of New PPAR delta/gamma Dual Agonist and PPAR delta and gamma Agonists. PLoS One, v. 10, n. 3, . Citações Web of Science: 14. (11/18981-2, 14/06565-2)

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