CV Lattes
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Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Física de São Carlos (IFSC) (Instituição-sede da última proposta de pesquisa) País de origem: Brasil
possui graduação em Ciências Farmacêuticas pela Universidade de Brasília (2005) e doutorado em Física Aplicada (Biomolecular) pela Universidade de São Paulo (USP). Tem experiência na área de Biofísica, com ênfase em Cristalografia de Proteínas e métodos de modelagem biomolecular, atuando principalmente nos seguintes temas: receptores nucleares, farmacologia molecular e estrutural. Atualmente é professor doutor junto ao Instituto de Física de São Carlos. (Fonte: Currículo Lattes)
| Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o(a) pesquisador(a) |
| Bolsas FAPESP de pós-doutorado em bioquímica e biologia estrutural |
Estima-se que 700.000 mortes sejam causadas anualmente diretamente por infecções bacterianas resistentes a antibióticos. Os níveis crescentes de resistência aos antibióticos disponíveis fizeram com o que Centro de Controle e Prevenção de Doenças dos Estados Unidos (CDC) estabelecesse quatro linhas gerais de ação para lidar com o problema da resistência: a prevenção de infecções e dissemin…
Doenças infecciosas são uma ameaça a humanidade e atualmente seus agentes patogênicos estão se espalhando geograficamente devido à globalização e ao desenvolvimento de resistência às drogas disponíveis. A resistência aos fármacos disponíveis atualmente está ocorrendo em quase todos os patógenos e portanto há uma urgente necessidade de descobrir novo alvos terapêuticos e/ou novas classes d…
O surgimento de cepas bacterianas resistentes a antibióticos representa um risco importante para a saúde humana. Doenças infecciosas representam a terceira causa de morte em todo o mundo, de acordo com a Organização Mundial de Saúde, e dados de vigilância retirados de hospitais nos EUA indicam que cerca de 50% das cepas avaliadas de Staphylococcus aureus encontrados em infecções na corren…
Estima-se em 3051 o número de genes presentes no genoma humano cuja função é passível de regulação por agentes externos (druggable genome). No entanto, apenas 266 proteínas são atualmente empregadas para regulação farmacológica. Com os rápidos avanços da biologia estrutural torna-se cada vez mais atraente o uso da informação estrutural disponível para a proposição de novas 'sondas química…
O receptor PPAR gama é um fator de transcrição regulado por ligante que desempenha um papel importante na regulação de genes associados ao metabolismo de lipídeos e regulação da glicemia, com importantes consequências para o manejo do diabetes melito do tipo II. Dado o número de estruturas cristalográficas já determinadas para este receptor, propomos, neste projeto, o uso desta informação…
A Malária é uma grave doença negligenciada e ainda constitui um desafio preocupante uma vez que indivíduos infectados estão enfrentando cada vez mais dificuldades na cura efetiva. Dentre outros fatores, a resistência adquirida por diversos microrganismos, incluindo as espécies de Plasmodium causadoras da Malária tem gerado dificuldades no tratamento e, em muitos casos, reduzido a eficácia…
No âmbito do projeto temático intitulado "Drug discovery against human infectious diseases", as enzimas que compõem as vias de biossíntese de piridoxal fosfato (PLP, vitamina B6) e tiamina pirofosfato (TPP, vitamina B1) para alguns microrganismos patogênicos serão estudadas. Mais especificamente, as enzimas destas vias serão avaliadas para Staphylococcus aureus e Plasmodium falciparum em …
Doenças infecciosas são uma ameaça a humanidade e atualmente seus agentes patogênicos estão se espalhando geograficamente devido à globalização e ao desenvolvimento de resistência às drogas disponíveis. A resistência aos fármacos disponíveis atualmente está ocorrendo em quase todos os patógenos e, portanto, há uma urgente necessidade de descobrir novo alvos terapêuticos e/ou novas classes…
As interações moleculares, em especial as de caráter não covalente, são processos-chave em vários aspectos da Biologia Celular e Molecular, desde a comunicação entre as células ou da velocidade e especificidade das reações enzimáticas. Portanto, há a necessidade de estudar e criar métodos preditivos para calcular a afinidade entre moléculas nos processos de interação, os quais encontram u…
A existência de uma relação entre a estrutura e a função de proteínas é bem conhecida. Sabe-se que as proteínas evoluíram para desenvolver uma estrutura estável e ótima para o exercício do seu papel funcional. No entanto, qual é a mínima informação necessária para a inserção de uma função proteica? Algumas abordagens já foram avaliadas neste contexto. Uma delas emprega o conceito de motiv…
As doenças infecciosas são uma das principais causas de morte no mundo, e o número de agentes infecciosos resistentes a antimicrobianos está aumentando continuamente. Plasmodium sp. está entre os principais patógenos multirresistentes, dificultando o tratamento da malária. Segundo a Organização Mundial da Saúde, a malária é responsável por 435 mil mortes por ano em todo o mundo e 40% dos …
As interações nao covalentes em ligações proteina-ligante são fatores chave em grande numero de fenômenos biomoleculares como reconhecimento molecular, comunicação celular e atividade enzimática. Assim, um entendimento profundo do reconhecimento a níveis atômicos e em meios quantitativos é crucial. Em meio das grandezas envolvidas no processo de reconhecimento, a energia livre de interaçã…
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
| Publicações | 19 |
| Citações | 150 |
| Cit./Artigo | 7,9 |
| Dados do Web of Science | |
NASCIMENTO‚ A.; CATALANO-DUPUY‚ D.; BERNARDES‚ A.; NETO‚ M.; SANTOS‚ M.; CECCARELLI‚ E.; POLIKARPOV‚ I.. Crystal structures of Leptospira interrogans FAD-containing ferredoxin-NADP+ reductase and its complex with NADP+. BMC STRUCTURAL BIOLOGY, v. 7, n. 1, p. 69, 2007. (06/00182-8, 04/08070-9)
MUNIZ, HELOISA DOS SANTOS; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Ligand- and receptor-based docking with LiBELa. Journal of Computer-Aided Molecular Design, v. 29, n. 8, p. 713-723, AUG 2015. Citações Web of Science: 4. (14/06565-2)
DA SILVA, FLAVIA M. C.; DOS SANTOS, JADEMILSON C.; CAMPOS, JESSICA L. O.; MAFUD, ANA CAROLINA; POLIKARPOV, IGOR; FIGUEIRA, ANA CAROLINA M.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Structure-based identification of novel PPAR gamma ligands. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, v. 23, n. 21, p. 5795-5802, NOV 1 2013. Citações Web of Science: 15. (10/15376-8)
DE AZEVEDO, ERIKA CHANG; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Energy landscape of the domain movement in Staphylococcus aureus UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase. Journal of Structural Biology, v. 207, n. 2, p. 158-168, AUG 1 2019. Citações Web of Science: 0. (15/13684-0, 17/18173-0, 15/26722-8)
SARTORI, GERALDO RODRIGUES; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Comparative Analysis of Electrostatic Models for Ligand Docking. FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES, v. 6, JUL 3 2019. Citações Web of Science: 0. (15/13684-0, 17/18173-0, 15/26722-8)
FLORINDO, RENATA N.; SOUZA, VALQUIRIA P.; MANZINE, LIVIA R.; CAMILO, CESAR M.; MARANA, SANDRO R.; POLIKARPOV, IGOR; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Structural and biochemical characterization of a GH3 beta-glucosidase from the probiotic bacteria Bifidobacterium adolescentis. Biochimie, v. 148, p. 107-115, MAY 2018. Citações Web of Science: 3. (14/06565-2, 14/19439-5, 08/56255-9)
FARRO, ERICK GIANCARLO S.; LEITE, ANA ELISA T.; SILVA, ISABELA A.; FILGUEIRAS, JEFFERSON G.; DE AZEVEDO, EDUARDO R.; POLIKARPOV, IGOR; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. GH43 endo-arabinanase from Bacillus licheniformis: Structure, activity and unexpected synergistic effect on cellulose enzymatic hydrolysis. International Journal of Biological Macromolecules, v. 117, p. 7-16, OCT 1 2018. Citações Web of Science: 2. (14/06565-2, 14/03768-0, 15/13684-0)
NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Structural requirement for PPAR gamma binding revealed by a meta analysis of holo-crystal structures. Biochimie, v. 92, n. 5, p. 499-506, MAY 2010. Citações Web of Science: 4. (08/58735-8, 04/08070-9)
MALTAROLLO, VINICIUS G.; TOGASHI, MARIE; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; HONORIO, KATHIA M.. Structure-Based Virtual Screening and Discovery of New PPAR delta/gamma Dual Agonist and PPAR delta and gamma Agonists. PLoS One, v. 10, n. 3, MAR 13 2015. Citações Web of Science: 14. (14/06565-2, 11/18981-2)
VAZ DE LIMA, LUIS ANTONIO C.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. MolShaCS: A free and open source tool for ligand similarity identification based on Gaussian descriptors. EUROPEAN JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, v. 59, p. 296-303, JAN 2013. Citações Web of Science: 12. (10/15376-8)
KIM, KYOUNG-YUN; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; GOLUBEV, ALEXANDER M.; POLIKARPOV, IGOR; KIM, CHUNG-SEI; KANG, SU-IL; KIM, SU-IL. Catalytic mechanism of inulinase from Arthrobacter sp. S37. Biochemical and Biophysical Research Communications, v. 371, n. 4, p. 600-605, July 2008. (04/08070-9, 06/00182-8)
NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; KRAUCHENCO, SANDRA; GOLUBEV, ALEXANDER M.; GUSTCHINA, ALLA; WLODAWER, ALEXANDER; POLIKARPOV, IGOR. Statistical coupling analysis of aspartic proteinases based on crystal structures of the Trichoderma reesei enzyme and its complex with pepstatin A. Journal of Molecular Biology, v. 382, n. 3, p. 763-778, Oct. 2008. Citações Web of Science: 7. (04/08070-9, 99/03387-4)
WATANABE, LEANDRA; DE MOURA, PATRICIA RIBEIRO; NASCIMENTO, ALESSANDRO SILVA; COLAU, DIDIER; DUMOUTIER, LAURE; RENAULD, JEAN-CHRISTOPHE; POLIKARPOV, IGOR. Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of human IL-22 bound to its soluble decoy receptor IL-22BP. ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS, v. 65, n. 2, p. 102-104, FEB 2009. Citações Web of Science: 1. (06/01534-5, 06/60860-0, 04/08070-9, 06/00182-8)
GOLUBEV, ALEXANDER M.; ROJAS, ADRIANA L.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; BLEICHER, LUCAS; KULMINSKAYA, ANNA A.; ENEYSKAYA, ELENA V.; POLIKARPOV, IGOR. Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Laminarinase from Rhodothermus marinus: A Case of Pseudomerohedral Twinning. PROTEIN AND PEPTIDE LETTERS, v. 15, n. 10, p. 1142-1144, OCT 2008. Citações Web of Science: 1. (04/08070-9, 06/00182-8)
LIBERATO, MARCELO VIZONA; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; AYERS, STEVEN D.; LIN, JEAN Z.; CVORO, ALEKSANDRA; SILVEIRA, RODRIGO L.; MARTINEZ, LEANDRO; SOUZA, PAULO C. T.; SAIDEMBERG, DANIEL; DENG, TUO; et al. Medium Chain Fatty Acids Are Selective Peroxisome Proliferator Activated Receptor (PPAR) gamma Activators and Pan-PPAR Partial Agonists. PLoS One, v. 7, n. 5, MAY 23 2012. Citações Web of Science: 70. (06/06831-8, 04/08070-9, 06/00182-8)
GODOY, ANDRE SCHUTZER; CAMILO, CESAR MOISES; KADOWAKI, MARCO ANTONIO; MUNIZ, HELOISA DOS S.; SANTO, MELISSA ESPIRITO; MURAKAMI, MARIO TYAGO; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; POLIKARPOV, IGOR. Crystal structure of beta 1 -> 6-galactosidase from Bifidobacterium bifidum S17: trimeric architecture, molecular determinants of the enzymatic activity and its inhibition by alpha-galactose. FEBS Journal, v. 283, n. 22, p. 4097-4112, NOV 2016. Citações Web of Science: 5. (14/06565-2, 08/56255-9, 09/52840-7, 11/05712-3, 11/20505-4, 09/05328-9)
FLORINDO, RENATA N.; SOUZA, VALQUIRIA P.; MUTTI, HEMILY S.; CAMILO, CESAR; MANZINE, LIVIA REGINA; MARANA, SANDRO R.; POLIKARPOV, IGOR; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Structural insights into beta-glucosidase transglycosylation based on biochemical, structural and computational analysis of two GH1 enzymes from Trichoderma harzianum. NEW BIOTECHNOLOGY, v. 40, n. B, p. 218-227, JAN 25 2017. Citações Web of Science: 9. (14/06565-2, 14/19439-5, 08/56255-9)
MUNIZ, HELOISA S.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Towards a critical evaluation of an empirical and volume-based solvation function for ligand docking. PLoS One, v. 12, n. 3, MAR 21 2017. Citações Web of Science: 1. (14/06565-2, 10/15376-8)
SONODA, MILTON T.; GODOY, ANDRE S.; PELLEGRINI, VANESSA O. A.; KADOWAKI, MARCO A. S.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; POLIKARPOV, IGOR. Structure and dynamics of Trichoderma harzianum Cel7B suggest molecular architecture adaptations required for a wide spectrum of activities on plant cell wall polysaccharides. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENERAL SUBJECTS, v. 1863, n. 6, p. 1015-1026, JUN 2019. Citações Web of Science: 1. (14/06565-2, 15/13684-0, 17/18173-0)
MINARI, KARINE; DE AZEVEDO, ERIKA CHANG; RODRIGUES KIRALY, VANESSA THOMAZ; HELENO BATISTA, FERNANDA APARECIDA; DE MORAES, FABIO ROGERIO; DE MELO, FERNANDO ALVES; NASCIMENTO, ALESSANDRO SILVA; GAVA, LISANDRA MARQUES; INACIO RAMOS, CARLOS HENRIQUE; BORGES, JULIO CESAR. Thermodynamic analysis of interactions of the Hsp90 with adenosine nucleotides: A comparative perspective. International Journal of Biological Macromolecules, v. 130, p. 125-138, JUN 1 2019. Citações Web of Science: 1. (11/23110-0, 12/50161-8, 17/07335-9, 14/07206-6, 15/26722-8, 09/53989-4, 17/18173-0, 13/25646-0)
BARRA, ANGELICA LUANA C.; DANTAS, LIVIA DE OLIVEIRA C.; MORAO, LUANA GALVAO; GUTIERREZ, RAISSA F.; POLIKARPOV, IGOR; WRENGER, CARSTEN; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Essential Metabolic Routes as a Way to ESKAPE From Antibiotic Resistance. FRONTIERS IN PUBLIC HEALTH, v. 8, FEB 28 2020. Citações Web of Science: 0. (15/13684-0, 17/18173-0, 15/26722-8)
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
CUNHA, João Victor de Souza. Aplicação de Monte Carlo para a geração de ensembles e análise termodinâmica da interação biomolecular. Dissertação (Mestrado) - Instituto de Física de São Carlos. Universidade de São Paulo (USP). São Carlos. (14/01751-2)
NASCIMENTO, Alessandro Silva. Interações dos receptores nucleares com seus ligantes: Estudos estruturais do receptor de hormônio tireoidiano, do receptor de mineralocorticóide e do receptor ativado por proliferadores peroxissomais. Tese (Doutorado) - Instituto de Física de São Carlos. Universidade de São Paulo (USP). São Carlos. (04/08070-9)
FARRO, Erick Giancarlo Suclupe. Caracterização estrutural e bioquímica das arabinanases de Bacillus licheniformis. Dissertação (Mestrado) - Instituto de Física de São Carlos. Universidade de São Paulo (USP). São Carlos. (14/03768-0)