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João Carlos Setubal

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Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Química (IQ)  (Instituição-sede da última proposta de pesquisa)
País de origem: Brasil

Professor Titular do Departamento de Bioquímica do Instituto de Química da Universidade de São Paulo. É PhD em Ciência da Computação pela University of Washington (1992). Possui graduação em Engenharia Mecânica pela Universidade de São Paulo (1979) e mestrado em Ciência da Computação pela Universidade Estadual de Campinas (1987). Foi professor do Instituto de Computação da Unicamp de 1986 a 2005, professor/pesquisador do Virginia Bioinformatics Institute e do departamento de Computer Science da Virginia Tech (EUA) de 2004 a 2011, e professor colaborador do Biocomplexity Institute da Virginia Tech de 2011 a 2019. Foi coordenador do Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática da USP (2016-2020). Principal área de atuação: bioinformática. Mais informações em http://www.iq.usp.br/setubal. (Fonte: Currículo Lattes)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o(a) pesquisador(a)
Webinar BIOTA – Microorganisms 
Detectan una nueva firma genética útil para el pronóstico de algunos tipos de cáncer de mama 
Identificada nova assinatura genética para o prognóstico de alguns tipos de câncer de mama 
Bacterias del intestino pueden utilizarse para prever el surgimiento del cáncer colorrectal 
Bactérias do intestino podem ser usadas para prever ocorrência de câncer colorretal 
Treinamento técnico em bioinformática no IQ-USP com Bolsa da FAPESP 
Workshop on Phage Display 
Estudian la participación de bacterias intestinales en el cáncer del recto 
Estudo investiga envolvimento de bactérias intestinais no câncer de reto 
Núcleo de Ciência Genômica da USP tem vagas para pesquisa com bolsas da FAPESP 
Matéria(s) publicada(s) na Revista Pesquisa FAPESP sobre o(a) pesquisador(a):
Aliados inverosímiles 
Aliados improváveis 
Más bits al servicio del ADN 
Mais bits a serviço do DNA 
Matéria(s) publicada(s) no Pesquisa para Inovação FAPESP sobre o(a) pesquisador(a):
Webinar BIOTA ? Microorganisms 
Matéria(s) publicada(s) em Outras Mídias (72 total):
Mais itensMenos itens
Family Med News: Novel genetic signature that can predict some kinds of breast cancer is identified (18/Jan/2020)
NewsLab online: Nova assinatura para prognóstico de alguns tipos de câncer de mama é identificada (06/Jan/2020)
Pesquisas de Química: Bactérias do intestino podem ser usadas para prever ocorrência de câncer colorretal (03/Jan/2020)
Portal R7: Nova assinatura genética prevê sobrevida de quem tem câncer (30/Dez/2019)
Piauí Noticias: Nova assinatura genética prevê sobrevida de quem tem câncer (30/Dez/2019)
Portal da Enfermagem: Câncer de mama: estudo identifica genes capazes de prever sobrevida de pacientes (26/Dez/2019)
O Povo: Assinatura genética é capaz de indicar sobrevida de pacientes com câncer de mama (23/Dez/2019)
O Povo: Computador diagnostico futuro (23/Dez/2019)
Ariquemes : Pesquisadores decifram assinatura genética do câncer de mama (19/Dez/2019)
Anahp - Associação Nacional de Hospitais Privados: Câncer de mama: estudo identifica genes capazes de prever sobrevida de pacientes (19/Dez/2019)
Algomais online: Identificada nova assinatura genética para o prognóstico de alguns tipos de câncer de mama (19/Dez/2019)
Blog do Toninho: Brasileiros desvendam assinatura genética do câncer de mama (19/Dez/2019)
O Chefão da Notícia: Pesquisadores decifram assinatura genética do câncer de mama (19/Dez/2019)
Portal da Enfermagem: Identificada nova assinatura genética para prognóstico de alguns tipos de câncer de mama (19/Dez/2019)
Renova Mídia: Pesquisadores decifram assinatura genética do câncer de mama (19/Dez/2019)
PPTA Soluções e Tecnologia: Câncer de mama: estudo identifica genes capazes de prever sobrevida de pacientes (19/Dez/2019)
Portal Angélica: Câncer de mama: estudo identifica genes capazes de prever sobrevida de pacientes (19/Dez/2019)
Estadão.com: Câncer de mama: estudo identifica genes capazes de prever sobrevida de pacientes (18/Dez/2019)
UOL: Assinatura genética do câncer de mama ajuda em prognóstico da doença (18/Dez/2019)
Portal Exame: Novo teste genético permitirá avaliar a gravidade do câncer de mama (18/Dez/2019)
Terra: Câncer de mama: estudo identifica genes capazes de prever sobrevida de pacientes (18/Dez/2019)
Terra: Câncer de mama: estudo pode prever sobrevida de pacientes (18/Dez/2019)
Confap - Conselho Nacional das Fundações Estaduais de Amparo à Pesquisa: Identificada nova assinatura genética para o prognóstico de alguns tipos de câncer de mama Identificada nova assinatura genética para o prognóstico de alguns tipos de câncer de mama (18/Dez/2019)
Esteta : Identificada nova assinatura genética para o prognóstico de alguns tipos de câncer de mama (18/Dez/2019)
LabNetwork: Identificada nova assinatura genética para o prognóstico de alguns tipos de câncer de mama (18/Dez/2019)
Jornal da Ciência online: Identificada nova assinatura genética para o prognóstico de alguns tipos de câncer de mama (18/Dez/2019)
Medical Xpress (Reino Unido): Novel genetic signature that can predict some kinds of breast cancer is identified (18/Dez/2019)
Metropóles: Brasileiros desvendam assinatura genética do câncer de mama (18/Dez/2019)
Ciencias Medicas News (Argentina): Researchers identify novel genetic signature with prognostic value for certain breast cancers (18/Dez/2019)
Jornais Virtuais: Estudo identifica genes capazes de prever sobrevida de pacientes (18/Dez/2019)
Jornais Virtuais: estudo pode prever sobrevida de pacientes (18/Dez/2019)
Jornal Cidade (Porto Nacional, TO) online: Novo teste genético permitirá avaliar a gravidade do câncer de mama (18/Dez/2019)
Brightsurf: Novel genetic signature that can predict some kinds of breast cancer is identified (18/Dez/2019)
Voz do Bico: Novo teste genético permitirá avaliar a gravidade do câncer de mama (18/Dez/2019)
Jornal Integração: Identificada nova assinatura genética para o prognóstico de alguns tipos de câncer de mama (18/Dez/2019)
Programa InfoSalud (Argentina): Identificaron una nueva marcación genética para el pronóstico de algunos tipos de cáncer de mama (18/Dez/2019)
Brasil CT&I: Identificada nova assinatura genética para o prognóstico de alguns tipos de câncer de mama (18/Dez/2019)
Blog A Crítica: Identificada nova assinatura genética para o prognóstico de alguns tipos de câncer de mama (18/Dez/2019)
Blog GENIO Italiano Giuseppe Cotellessa (Itália): A Novel Genetic Signature For Predicting Breast Cancer / Una nuova firma genetica per prevedere il cancro al seno (18/Dez/2019)
Não Acredito: Brasileiros desvendam assinatura genética do câncer de mama (18/Dez/2019)
Bioengineer (Reino Unido): Novel genetic signature that can predict some kinds of breast cancer is identified (17/Dez/2019)
Science Codex: Novel genetic signature that can predict some kinds of breast cancer is identified (17/Dez/2019)
Scienmag Science Magazine (Reino Unido): Novel Genetic Signature That Can Predict Some Kinds Of Breast Cancer Is Identified (17/Dez/2019)
Career Biotech: Novel genetic signature that can predict some kinds of breast cancer is identified (17/Dez/2019)
Pharma Jobs: Novel genetic signature that can predict some kinds of breast cancer is identified (17/Dez/2019)
7thSpace: Novel genetic signature that can predict some kinds of breast cancer is identified (17/Dez/2019)
Scienstack: Novel genetic signature that can predict some kinds of breast cancer is identified (17/Dez/2019)
LabNetwork: Genes que formam vasos podem ajudar a prever evolução do câncer de mama (06/Dez/2019)
UOL: Genes que formam vasos podem ajudar a prever evolução do câncer de mama (28/Nov/2019)
Diário Potiguar: Genes que formam vasos podem ajudar a prever evolução do câncer de mama (28/Nov/2019)
Diário Nacional: Genes que formam vasos podem ajudar a prever evolução do câncer de mama (28/Nov/2019)
Bem Pra Você Oficial: Genes que formam vasos podem ajudar a prever evolução do câncer de mama (28/Nov/2019)
Brasil CT&I: Genes que formam vasos podem ajudar a prever evolução do câncer de mama (28/Nov/2019)
Folha de S. Paulo: Pesquisa que liga micróbios a tumor leva prêmio de oncologia (06/Ago/2019)
Portal da Enfermagem: Pesquisa que liga micróbios a tumor de intestino leva prêmio de oncologia (06/Ago/2019)
Central das Notícias: Pesquisa que liga micróbios a tumor de intestino leva prêmio de oncologia (06/Ago/2019)
Folha.com: Pesquisa que liga micróbios a tumor leva prêmio de oncologia (05/Ago/2019)
Meridional FM: Pesquisa que liga micróbios a tumor de intestino leva prêmio de oncologia (05/Ago/2019)
Eres Viral: Bacterias del intestino pueden utilizarse para prever el cáncer colorrectal (29/Mai/2019)
Diário do Poder: Atividade física na adolescência pode reduzir risco de câncer colorretal no adulto (24/Mai/2019)
FolhaMT: Atividade física na adolescência pode reduzir risco de câncer colorretal no adulto (24/Mai/2019)
FolhaPA: Atividade física na adolescência pode reduzir risco de câncer colorretal no adulto (24/Mai/2019)
Folha GO: Atividade física na adolescência pode reduzir risco de câncer colorretal no adulto (24/Mai/2019)
Sindicato dos Comerciários (SP): Atividade física na adolescência pode reduzir risco de câncer colorretal no adulto (24/Mai/2019)
Jornal da USP online: Atividade física na adolescência pode reduzir risco de câncer colorretal no adulto (23/Mai/2019)
Diário da Manhã (RS): Estudo traz novidades para o câncer de intestino (11/Mai/2019)
El Grafico del Sur (República Dominicana): Bacterias del intestino pueden utilizarse para prever el cáncer colorrectal (11/Mai/2019)
NCYT Amazings (Espanha): Bacterias del intestino pueden utilizarse para prever el cáncer colorrectal (09/Mai/2019)
Catalunya Vanguardista (Espanha): Análisis predictivo para el cáncer de colon (09/Mai/2019)
Science and Technology Research News (EUA): Intestinal Bacteria Can Be Used to Predict Occurrence of Colorectal Cancer (26/Abr/2019)
Diário do Rio Doce online: Estudo encontra relação entre bactérias do intestino e câncer colorretal (18/Abr/2019)
Doosar: Bowel bacteria may be associated with colorectal cancer (02/Abr/2019)
Auxílios à pesquisa
Bolsas no país
Bolsas no Exterior
Apoio FAPESP em números * Quantidades atualizadas em 08/05/2021
Colaboradores mais frequentes em auxílios e bolsas FAPESP
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Palavras-chave utilizadas pelo pesquisador
Publicações resultantes de Auxílios e Bolsas sob responsabilidade do(a) pesquisador(a) (20)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

Publicações20
Citações166
Cit./Artigo8,3
Dados do Web of Science

LIMA-JUNIOR, JAMES DALTRO; VIANA-NIERO, CRISTINA; CONDE OLIVEIRA, DANIEL V.; MACHADO, GABRIEL ESQUITINI; DA SILVA RABELLO, MICHELLE CRISTIANE; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM; MARTINS, LAYLA FARAGE; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO; DA SILVA, ALINE MARIA; SETUBAL, JOAO CARLOS; et al. Characterization of mycobacteria and mycobacteriophages isolated from compost at the Sao Paulo Zoo Park Foundation in Brazil and creation of the new mycobacteriophage Cluster U. BMC Microbiology, v. 16, . Citações Web of Science: 2. (11/50870-6, 12/04911-5, 11/18326-4, 14/01825-6)

THOMAS, ANDREW M.; JESUS, ELIANE C.; LOPES, ADEMAR; AGUIAR, JR., SAMUEL; BEGNAMI, MARIA D.; ROCHA, RAFAEL M.; CARPINETTI, PAOLA AVELAR; CAMARGO, ANAMARIA A.; HOFFMANN, CHRISTIAN; FREITAS, HELANO C.; et al. Tissue-Associated Bacterial Alterations in Rectal Carcinoma Patients Revealed by 16S rRNA Community Profiling. FRONTIERS IN CELLULAR AND INFECTION MICROBIOLOGY, v. 6, . Citações Web of Science: 19. (15/01507-7, 13/07914-8)

LEMOS, LEANDRO N.; PEREIRA, ROBERTA V.; QUAGGIO, RONALDO B.; MARTINS, LAYLA F.; MOURA, LIVIA M. S.; DA SILVA, AMANDA R.; ANTUNES, LUCIANA P.; DA SILVA, ALINE M.; SETUBAL, JOAO C.. Genome-Centric Analysis of a Thermophilic and Cellulolytic Bacterial Consortium Derived from Composting. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 8, . Citações Web of Science: 9. (13/05325-5)

AL ASSAL, KARINA; PRIFTI, EDI; BELDA, EUGENI; SALA, PRISCILA; CLEMENT, KARINE; DAO, MARIA-CARLOTA; DORE, JOEL; LEVENEZ, FLORENCE; TADDEI, CARLA R.; FONSECA, DANIELLE CRISTINA; et al. Gut Microbiota Profile of Obese Diabetic Women Submitted to Roux-en-Y Gastric Bypass and Its Association with Food Intake and Postoperative Diabetes Remission. NUTRIENTS, v. 12, n. 2, . Citações Web of Science: 2. (11/09612-3, 15/01507-7)

BRAGA, LUCAS P. P.; SPOR, AYME; KOT, WITOLD; BREUIL, MARIE-CHRISTINE; HANSEN, LARS H.; SETUBAL, JOAO C.; PHILIPPOT, LAURENT. Impact of phages on soil bacterial communities and nitrogen availability under different assembly scenarios. MICROBIOME, v. 8, n. 1, . Citações Web of Science: 0. (18/19247-0)

BRAGA, STEFANIA PEGORIN; DOS SANTOS, ALEXANDRE PAES; PAGANINI, THAIS; BARBOSA, DEIBS; CONDOMITTI EPAMINO, GEORGE WILLIAN; MORAIS, CARLOS; MARTINS, LAYLA FARAGE; SILVA, ALINE MARIA; SETUBAL, JOAO CARLOS; VALLIM, MARCELO AFONSO; et al. First report of cis-1,4-polyisoprene degradation by Gordonia paraffinivorans. Brazilian Journal of Microbiology, v. 50, n. 4, p. 1051-1062, . Citações Web of Science: 0. (16/07360-0, 11/50870-6, 16/14542-8)

THOMAS, ANDREW MALTEZ; MANGHI, PAOLO; ASNICAR, FRANCESCO; PASOLLI, EDOARDO; ARMANINI, FEDERICA; ZOLFO, MORENO; BEGHINI, FRANCESCO; MANARA, SERENA; KARCHER, NICOLAI; POZZI, CHIARA; et al. Metagenomic analysis of colorectal cancer datasets identifies cross-cohort microbial diagnostic signatures and a link with choline degradation. Nature Medicine, v. 25, n. 4, p. 667+, . Citações Web of Science: 24. (14/26897-0, 16/23527-2)

FACHI, JOSE LUIS; FELIPE, JAQUELINE DE SOUZA; PRAL, LAIS PASSARIELLO; DA SILVA, BRUNA KARADI; CORREA, RENAN OLIVEIRA; PEREIRA DE ANDRADE, MIRELLA CRISTINY; DA FONSECA, DENISE MORAIS; BASSO, PAULO JOSE; SARAIVA CAMARA, NIELS OLSEN; DE SALES E SOUZA, ERICKA LORENNA; et al. Butyrate Protects Mice from Clostridium difficile-Induced Colitis through an HIF-1-Dependent Mechanism. CELL REPORTS, v. 27, n. 3, p. 750+, . Citações Web of Science: 3. (17/16280-3, 15/01507-7, 16/23142-3, 18/02208-1, 15/06134-4, 12/10653-9, 18/01753-6, 17/01451-7, 17/25679-7, 14/03002-7, 17/26366-2, 17/06577-9, 13/06810-4)

AMGARTEN, DEYVID; BRAGA, LUCAS P. P.; DA SILVA, ALINE M.; SETUBAL, JOAO C.. MARVEL, a Tool for Prediction of Bacteriophage Sequences in Metagenomic Bins. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, . Citações Web of Science: 13. (11/50870-6, 14/16450-8)

PYLRO, VICTOR S.; MORAIS, DANIEL K.; DE OLIVEIRA, FRANCISLON S.; DOS SANTOS, FAUSTO G.; LEMOS, LEANDRO N.; OLIVEIRA, GUILHERME; ROESCH, LUIZ F. W.. BMPOS: a Flexible and User-Friendly Tool Sets for Microbiome Studies. MICROBIAL ECOLOGY, v. 72, n. 2, p. 443-447, . Citações Web of Science: 14. (13/05325-5)

ERILL, IVAN; PUIGVERT, MARINA; LEGRAND, LUDOVIC; GUARISCHI-SOUSA, RODRIGO; VANDECASTEELE, CELINE; SETUBAL, JOAO C.; GENIN, STEPHANE; GUIDOT, ALICE; VALLS, MARC. Comparative Analysis of Ralstonia solanacearum Methylomes. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, v. 8, . Citações Web of Science: 2. (12/15197-1)

BRAGA, LUCAS P. P.; SOUCY, SHANNON M.; AMGARTEN, DEYVID E.; DA SILVA, ALINE M.; SETUBAL, JOAO C.. Bacterial Diversification in the Light of the Interactions with Phages: The Genetic Symbionts and Their Role in Ecological Speciation. FRONTIERS IN ECOLOGY AND EVOLUTION, v. 6, . Citações Web of Science: 5. (11/50870-6)

KINKER, GABRIELA SARTI; THOMAS, ANDREW MALTEZ; CARVALHO, VINICIUS JARDIM; LIMA, FELIPE PRATA; FUJITA, ANDRE. Deletion and low expression of NFKBIA are associated with poor prognosis in lower-grade glioma patients. SCIENTIFIC REPORTS, v. 6, . Citações Web of Science: 4. (13/03447-6, 14/09576-5, 15/01507-7, 15/01587-0, 14/27287-0)

PUIGVERT, MARINA; GUARISCHI-SOUSA, RODRIGO; ZULUAGA, PAOLA; COLL, NURIA S.; MACHO, ALBERTO P.; SETUBAL, JOAO C.; VALLS, MARC. Transcriptomes of Ralstonia solanacearum during Root Colonization of Solanum commersonii. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, v. 8, . Citações Web of Science: 5. (12/15197-1)

WOOD‚ D.W.; SETUBAL‚ J.C.; KAUL‚ R.; MONKS‚ D.E.; KITAJIMA‚ J.P.; OKURA‚ V.K.; ZHOU‚ Y.; CHEN‚ L.; WOOD‚ G.E.; ALMEIDA JR‚ N.F.; et al. The genome of the natural genetic engineer Agrobacterium tumefaciens C58. Science, v. 294, n. 5550, p. 2317-2323, . (99/11876-5)

RANGEL, LUIZ THIBERIO; MARDEN, JEREMIAH; COLSTON, SOPHIE; SETUBAL, JOAO CARLOS; GRAF, JOERG; GOGARTEN, JOHANN PETER. Identification and characterization of putative Aeromonas spp. T3SS effectors. PLoS One, v. 14, n. 6, . Citações Web of Science: 0. (14/23975-0, 12/17196-2)

WIRBEL, JAKOB; PYL, PAUL THEODOR; KARTAL, ECE; ZYCH, KONRAD; KASHANI, ALIREZA; MILANESE, ALESSIO; FLECK, JONAS S.; VOIGT, ANITA Y.; PALLEJA, ALBERT; PONNUDURAI, RUBY; et al. Meta-analysis of fecal metagenomes reveals global microbial signatures that are specific for colorectal cancer. Nature Medicine, v. 25, n. 4, p. 679+, . Citações Web of Science: 30. (16/23527-2)

SILVA, NATALIA MARIA; SILVA ARAUJO DE OLIVEIRA, ALINE MARCIA; PEGORIN, STEFANIA; GIUSTI, CAMILA ESCANDURA; FERRARI, VITOR BATISTA; BARBOSA, DEIBS; MARTINS, LAYLA FARAGE; MORAIS, CARLOS; SETUBAL, JOAO CARLOS; VASCONCELLOS, SUZAN PANTAROTO; et al. Characterization of novel hydrocarbon-degrading Gordonia paraffinivorans and Gordonia sihwensis strains isolated from composting. PLoS One, v. 14, n. 4, . Citações Web of Science: 0. (11/50870-6, 16/23639-5)

ANTUNES, LUCIANA PRINCIPAL; MARTINS, LAYLA FARAGE; PEREIRA, ROBERTA VERCIANO; THOMAS, ANDREW MALTEZ; BARBOSA, DEIBS; LEMOS, LEANDRO NASCIMENTO; MACHADO SILVA, GIANLUCA MAJOR; SILVA MOURA, LIVIA MARIA; CONDOMITTI EPAMINO, GEORGE WILLIAN; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO; et al. Microbial community structure and dynamics in thermophilic composting viewed through metagenomics and metatranscriptomics. SCIENTIFIC REPORTS, v. 6, . Citações Web of Science: 28. (11/50870-6)

AMGARTEN, DEYVID; MARTINS, LAYLA FARAGE; LOMBARDI, KAREN CRISTINA; ANTUNES, LUCIANA PRINCIPAL; SILVA DE SOUZA, ANA PAULA; NICASTRO, GIANLUCCA GONCALVES; KITAJIMA, ELLIOTT WATANABE; QUAGGIO, RONALDO BENTO; UPTON, CHRIS; SETUBAL, JOAO CARLOS; et al. Three novel Pseudomonas phages isolated from composting provide insights into the evolution and diversity of tailed phages. BMC Genomics, v. 18, . Citações Web of Science: 6. (11/50870-6, 14/16450-8, 15/14334-3)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

CRUZ, Carlos Fernando Bella. Algoritmos para emparelhamento em grafos e uma implementação paralela. Dissertação (Mestrado) -  Instituto de Matemática, Estatística e Computação Científica.  Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP).  (94/04158-5

JUNIOR, Lidio Nunes de Abreu. O problema da designação e sua variante parametrica. Dissertação (Mestrado) -  Instituto de Computação.  Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP).  (97/11222-0

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