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Rafael Silva Rocha

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Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP)  (Instituição-sede da última proposta de pesquisa)
País de origem: Brasil

Biólogo pela Universidade Federal do Pará (Belém, 2007) e doutor em Biologia Molecular pela Universidad Autónoma de Madrid (Madri, 2011). Pós-doutorado no CNB-CSIC (Madri, 2012), na área de Biologia Sintética e Sistêmica, e na FMRP-USP (Ribeirão Preto, 2015), na área de Biologia Sistêmica. De 2015 a 2018 foi Professor Doutor junto ao Departamento de Biologia Celular e Molecular da FMRP-USP. Desde 2018 é Professor Associado junto ao Departamento de Biologia Celular e Molecular da FMRP-USP, trabalhando em Biologia Sistêmica e Sintética, Biologia Computacional e Bioinformática. E-mail: silvarochar@gmail.com. HomePage: http://silvarochar.wixsite.com/ssbl. (Fonte: Currículo Lattes)

Matéria(s) publicada(s) na Revista Pesquisa FAPESP sobre o(a) pesquisador(a):
Aliados inverosímiles 
Aliados improváveis 
Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o(a) pesquisador(a)
Matéria(s) publicada(s) em Outras Mídias (1 total):
FolhaMT: Bactéria transgênica funciona com interruptor à base de aspirina (23/Ago/2019)
Auxílios à pesquisa
Bolsas no país
Bolsas no Exterior
Apoio FAPESP em números * Quantidades atualizadas em 24/07/2021
Colaboradores mais frequentes em auxílios e bolsas FAPESP
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Palavras-chave utilizadas pelo pesquisador
Publicações resultantes de Auxílios e Bolsas sob responsabilidade do(a) pesquisador(a) (30)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

Publicações30
Citações179
Cit./Artigo6,0
Dados do Web of Science

MARTINS-SANTANA, LEONARDO; NORA, LUISA C.; SANCHES-MEDEIROS, ANANDA; LOVATE, GABRIEL L.; CASSIANO, MURILO H. A.; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Systems and Synthetic Biology Approaches to Engineer Fungi for Fine Chemical Production. FRONTIERS IN BIOENGINEERING AND BIOTECHNOLOGY, v. 6, . Citações Web of Science: 5. (12/22921-8, 17/04217-5, 16/03763-3, 17/17924-1, 16/11093-8, 15/22386-3)

GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA; SILVA-ROCHA, RAFAEL; WARD, RICHARD JOHN. Synthetic biology approaches to improve biocatalyst identification in metagenomic library screening. MICROBIAL BIOTECHNOLOGY, v. 8, n. 1, p. 52-64, . Citações Web of Science: 22. (13/04125-2, 10/18850-2)

NIKEL, PABLO IVAN; SILVA-ROCHA, RAFAEL; BENEDETTI, ILARIA; DE LORENZO, VICTOR. The private life of environmental bacteria: pollutant biodegradation at the single cell level. ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, v. 16, n. 3, p. 628-642, . Citações Web of Science: 34. (13/04125-2)

LEONARDO MARTINS-SANTANA; RENATO GRACIANO DE PAULA; ADRIANO GOMES SILVA; DOUGLAS CHRISTIAN BORGES LOPES; ROBERTO DO NASCIMENTO SILVA; RAFAEL SILVA-ROCHA. CRZ1 regulator and calcium cooperatively modulate holocellulases gene expression in Trichoderma reesei QM6a. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY, v. 43, n. 2, p. -, . Citações Web of Science: 0. (17/17924-1, 12/22921-8)

WESTMANN, CAUA A.; ALVES, LUANA DE FATIMA; SILVA-ROCHA, RAFAEL; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA. Mining Novel Constitutive Promoter Elements in Soil Metagenomic Libraries in Escherichia coli. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 9, . Citações Web of Science: 5. (16/06323-4, 16/05472-6, 15/04309-1)

SANCHES-MEDEIROS, ANANDA; OLIVEIRA MONTEIRO, LUMMY MARIA; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Calibrating Transcriptional Activity Using Constitutive Synthetic Promoters in Mutants for Global Regulators in Escherichia coli. INTERNATIONAL JOURNAL OF GENOMICS, . Citações Web of Science: 2. (12/22921-8, 16/19179-9, 15/22386-3)

AMARELLE, VANESA; SANCHES-MEDEIROS, ANANDA; SILVA-ROCHA, RAFAEL; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA. Expanding the Toolbox of Broad Host-Range Transcriptional Terminators for Proteobacteria through Metagenomics. ACS SYNTHETIC BIOLOGY, v. 8, n. 4, p. 647-654, . Citações Web of Science: 1. (18/04810-0, 15/04309-1)

CAMPOS ANTONIETO, AMANDA CRISTINA; CASTRO, LILIAN DOS SANTOS; SILVA-ROCHA, RAFAEL; PERSINOTI, GABRIELA FELIX; SILVA, ROBERTO NASCIMENTO. Defining the genome-wide role of CRE1 during carbon catabolite repression in Trichoderma reesei using RNA-Seq analysis. Fungal Genetics and Biology, v. 73, p. 93-103, . Citações Web of Science: 26. (10/15683-8, 13/04125-2)

SILVA-ROCHA, RAFAEL; PONTELLI, MARJORIE CORNEJO; FURTADO, GILVAN PESSOA; ZARAMELA, LIVIA SOARES; KOIDE, TIE. Development of New Modular Genetic Tools for Engineering the Halophilic Archaeon Halobacterium salinarum. PLoS One, v. 10, n. 6, . Citações Web of Science: 1. (11/07487-7, 09/09532-0, 13/04125-2, 13/23712-6)

ALVES, LUANA DE FATIMA; BORELLI, TIAGO CABRAL; WESTMANN, CAUA ANTUNES; SILVA-ROCHA, RAFAEL; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA. Boundaries in metagenomic screenings using lacZ alpha-based vectors. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY, v. 43, n. 1, . Citações Web of Science: 0. (15/04309-1, 16/05472-6, 17/20818-9, 16/06323-4)

BORELLI, TIAGO CABRAL; LOVATE, GABRIEL LENCIONI; SCARANELLO, ANA FLAVIA TONELLI; RIBEIRO, LUCAS FERREIRA; ZARAMELA, LIVIA; PEREIRA-DOS-SANTOS, FELIPE MARCELO; SILVA-ROCHA, RAFAEL; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA. Combining Functional Genomics and Whole-Genome Sequencing to Detect Antibiotic Resistance Genes in Bacterial Strains Co-Occurring Simultaneously in a Brazilian Hospital. ANTIBIOTICS-BASEL, v. 10, n. 4, . Citações Web of Science: 0. (19/00390-0, 15/04309-1, 19/06672-7, 16/18827-7, 19/15675-0, 18/18158-3)

OLIVEIRA MONTEIRO, LUMMY MARIA; SANCHES-MEDEIROS, ANANDA; WESTMANN, CAUA ANTUNES; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Unraveling the Complex Interplay of Fis and IHF Through Synthetic Promoter Engineering. FRONTIERS IN BIOENGINEERING AND BIOTECHNOLOGY, v. 8, . Citações Web of Science: 0. (18/04810-0, 12/22921-8, 16/05472-6, 16/19179-9, 17/50116-6)

NORA, LUISA CZAMANSKI; WESTMANN, CAUA ANTUNES; MARTINS-SANTANA, LEONARDO; ALVES, LUANA DE FATIMA; OLIVEIRA MONTEIRO, LUMMY MARIA; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA; SILVA-ROCHA, RAFAEL. The art of vector engineering: towards the construction of next-generation genetic tools. MICROBIAL BIOTECHNOLOGY, v. 12, n. 1, p. 125-147, . Citações Web of Science: 5. (12/22921-8, 15/04309-1, 16/05472-6, 16/06323-4, 16/03763-3, 17/17924-1, 16/19179-9)

CAMPOS ANTONIETO, AMANDA CRISTINA; VIEIRA NOGUEIRA, KAROLINE MARIA; DE PAULA, RENATO GRACIANO; NORA, LUFSA CZAMANSKI; ANZOLINI CASSIANO, MURILO HENRIQUE; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA; ALMEIDA, FAUSTO; DA SILVA, THIAGO APARECIDO; RIES, LAURE NICOLAS ANNICK; DE ASSIS, LEANDRO JOSE; et al. A Novel Cys2His2 Zinc Finger Homolog of AZF1 Modulates Holocellulase Expression in Trichoderma reesei. MSYSTEMS, v. 4, n. 4, . Citações Web of Science: 1. (12/22921-8, 15/09553-8, 16/23233-9, 15/04309-1, 18/03766-8, 17/04217-5, 16/03763-3, 16/03322-7)

SILVA-ROCHA, RAFAEL; CASTRO, LILIAN DOS SANTOS; CAMPOS ANTONIERO, AMANDA CRISTINA; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA; PERSINOTI, GABRIELA FELIX; SILVA, ROBERTO NASCIMENTO. Deciphering the Cis-Regulatory Elements for XYR1 and CRE1 Regulators in Trichoderma reesei. PLoS One, v. 9, n. 6, . Citações Web of Science: 19. (13/04125-2)

SILVA-ROCHA, RAFAEL; DE LORENZO, VICTOR. The pWW0 plasmid imposes a stochastic expression regime to the chromosomal ortho pathway for benzoate metabolism in Pseudomonas putida. FEMS Microbiology Letters, v. 356, n. 2, SI, p. 176-183, . Citações Web of Science: 4. (13/04125-2)

AMORES, GERARDO RUIZ; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Engineering Synthetic cis-Regulatory Elements for Simultaneous Recognition of Three Transcriptional Factors in Bacteria. ACS SYNTHETIC BIOLOGY, v. 4, n. 12, p. 1287-1294, . Citações Web of Science: 8. (12/22921-8)

GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Expanding the Logic of Bacterial Promoters Using Engineered Overlapping Operators for Global Regulators. ACS SYNTHETIC BIOLOGY, v. 3, n. 9, p. 666-675, . Citações Web of Science: 9. (13/04125-2)

OLIVEIRA MONTEIRO, LUMMY MARIA; ARRUDA, LETICIA MAGALHAES; SANCHES-MEDEIROS, ANANDA; MARTINS-SANTANA, LEONARDO; DE FATIMA ALVES, LUANA; DEFELIPE, LUCAS; GUSTAVO TURJANSKI, ADRIAN; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA; DE LORENZO, VICTOR; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Reverse Engineering of an Aspirin-Responsive Transcriptional Regulator in Escherichia coli. ACS SYNTHETIC BIOLOGY, v. 8, n. 8, p. 1890-1900, . Citações Web of Science: 1. (12/22921-8, 18/04810-0, 15/04309-1, 16/06323-4, 17/17924-1, 16/19179-9)

ALVES, LUANA DE FATIMA; MELEIRO, LUANA PARRAS; SILVA, ROBERTO N.; WESTMANN, CAUA ANTUNES; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA. Novel Ethanol- and 5-Hydroxymethyl Furfural-Stimulated beta-Glucosidase Retrieved From a Brazilian Secondary Atlantic Forest Soil Metagenome. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 9, . Citações Web of Science: 2. (16/06323-4, 15/04309-1, 16/17582-0, 16/05472-6)

NORA, LUISA CZAMANSKI; WESTMANN, CAUA ANTUNES; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA; SIDDAIAH, CHANDRANAYAKA; GUPTA, VIJAI KUMAR; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Recent advances in plasmid-based tools for establishing novel microbial chassis. BIOTECHNOLOGY ADVANCES, v. 37, n. 8, . Citações Web of Science: 1. (15/04309-1, 16/03763-3, 12/22921-8, 16/05472-6)

WESTMANN, CAUA ANTUNES; GUAZZARONI, MARA-EUGENIA; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Engineering Complexity in Bacterial Regulatory Circuits for Biotechnological Applications. MSYSTEMS, v. 3, n. 2, SI, . Citações Web of Science: 1. (15/04309-1, 12/22921-8, 16/05472-6)

GUPTA, VIJAI KUMAR; STEINDORFF, ANDREI STECCA; DE PAULA, RENATO GRACIANO; SILVA-ROCHA, RAFAEL; MACH-AIGNER, ASTRID R.; MACH, ROBERT L.; SILVA, ROBERTO N.. The Post-cenomic Era of Trichoderma reesei: What's Next?. TRENDS IN BIOTECHNOLOGY, v. 34, n. 12, p. 970-982, . Citações Web of Science: 17. (14/23653-2, 12/22921-8)

ARRUDA, LETICIA M.; MONTEIRO, LUMMY M. O.; SILVA-ROCHA, RAFAEL. The Chromobacterium violaceum ArsR Arsenite Repressor Exerts Tighter Control on Its Cognate Promoter Than the Escherichia coil System. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 7, . Citações Web of Science: 2. (12/22921-8, 15/12553-0)

ALVES, LUANA DE FATIMA; WESTMANN, CAUA ANTUNES; LOVATE, GABRIEL LENCIONI; VIANA DE SIQUEIRA, GUILHERME MARCELINO; BORELLI, TIAGO CABRAL; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA. Metagenomic Approaches for Understanding New Concepts in Microbial Science. INTERNATIONAL JOURNAL OF GENOMICS, . Citações Web of Science: 4. (16/06323-4, 16/05472-6, 15/04309-1, 17/20818-9)

AMORES, GERARDO RUIZ; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA; ARRUDA, LETICIA MAGALHAES; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Recent Progress on Systems and Synthetic Biology Approaches to Engineer Fungi As Microbial Cell Factories. CURRENT GENOMICS, v. 17, n. 2, p. 85-98, . Citações Web of Science: 2. (12/22921-8, 15/04309-1)

NORA, LUISA CZAMANSKI; WEHRS, MAREN; KIM, JOONHOON; CHENG, JAN-FANG; TARVER, ANGELA; SIMMONS, BLAKE A.; MAGNUSON, JON; HARMON-SMITH, MIRANDA; SILVA-ROCHA, RAFAEL; GLADDEN, JOHN M.; et al. A toolset of constitutive promoters for metabolic engineering of Rhodosporidium toruloides. Microbial Cell Factories, v. 18, . Citações Web of Science: 0. (12/22921-8, 18/02227-6)

AMORES, GERARDO RUIZ; DE LAS HERAS, AITOR; SANCHES-MEDEIROS, ANANDA; ELFICK, ALISTAIR; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Systematic identification of novel regulatory interactions controlling biofilm formation in the bacterium Escherichia coli. SCIENTIFIC REPORTS, v. 7, . Citações Web of Science: 3. (12/22921-8, 15/22386-3)

DE FRIAS, ULYSSES AMANCIO; BONIFACIO PEREIRA, GREICY KELLY; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Boosting Secondary Metabolite Production and Discovery through the Engineering of Novel Microbial Biosensors. BIOMED RESEARCH INTERNATIONAL, . Citações Web of Science: 1. (12/22921-8, 15/04309-1)

OLIVEIRA MONTEIRO, LUMMY MARIA; ARRUDA, LETICIA MAGALHAES; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Emergent Properties in Complex Synthetic Bacterial Promoters. ACS SYNTHETIC BIOLOGY, v. 7, n. 2, p. 602-612, . Citações Web of Science: 3. (12/22921-8, 16/19179-9)

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