Desenvolvimento e distribuição do SEQUENCE SLIDER: um multi-avaliador de cadeias laterais aplicado a toxinologia e ao faseamento

Resumo

A maioria dos acidentes ofídicos na América Latina são provocados por serpentes do gênero Bothrops, sendo uma de suas consequências, a necrose muscular, não neutralizada pela administração do soro antiofídico. Fospolipases A2 (PLA2s) e fosfolipases A2 homólogas (homPLA2s) são geralmente abundantes no veneno botrópico e uma das toxinas responsáveis pela necrose muscular. Essas proteínas são miotóxicas pela capacidade de perturbar membrana celular através de um mecanismo catalítico e outro não catalítico, sendo o último não totalmente elucidado, porém tanto experimentos de outros grupos como nossos estão começando a esclarecê-lo. Usualmente, estas toxinas são obtidas diretamente do veneno das serpentes, sendo sua purificação um desafio pela coexistência de diferentes isoformas. Cristais destas amostras podem conter espécies heterogêneas não totalmente caracterizadas. Abordaremos esta questão propondo um algoritmo para uso geral, chamado de SEQUENCE SLIDER (SLIDER), que avalie diferentes possibilidades de sequências contra dados cristalográficos. Extenderemos os testes deste algoritmo com os dados disponíveis de todas PLA2s e homPLA2s no banco de dados e o aplicaremos a elucidação de estruturas desconhecidas. Ademais, o cenário de incerteza da sequência é imediatamente aplicável ao programa de faseamento ARCIMBOLDO ao tratar dados de resolução mais baixa que o seu escopo usual de 2,0 Å. Desenvolveremos SLIDER para aumentar os modelos parciais do ARCIMBOLDO, comumente compostos de polialanina, incorporando cadeias laterais e estendendo este método de faseamento a mais baixas resoluções. Portanto, os objetivos deste projeto são generalizar e distribuir os novos algoritmos que desenvolvemos durante meu doutorado para auxiliar a elucidação de dados desafiadores no escopo do ARCIMBOLDO e da toxinologia.