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Centro de Pesquisa em Biologia de Bactérias e Bacteriófagos (CEPID B3)

Processo:21/10577-0
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão - CEPIDs
Data de Início da vigência: 01 de maio de 2023
Data de Término da vigência: 30 de abril de 2028
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Bioquímica de Microorganismos
Pesquisador responsável:Shaker Chuck Farah
Beneficiário:Shaker Chuck Farah
Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Município da Instituição Sede:São Paulo
Pesquisadores principais:
Aline Maria da Silva ; Beny Spira ; Cristiane Rodrigues Guzzo Carvalho ; Cristina Elisa Alvarez Martinez ; Henrique Ferreira ; João Carlos Setubal ; Marcelo Brocchi ; Marcio Vinicius Bertacine Dias ; Marilis Do Valle Marques ; Regina Lúcia Baldini ; Roberto Kopke Salinas ; Robson Francisco de Souza ; Rodrigo da Silva Galhardo ; Sandro Roberto Marana
Pesquisadores associados:Antônio Pedro de Castello Branco da Rocha Camargo ; Cristiane Rodrigues Guzzo Carvalho ; Cristina Elisa Alvarez Martinez ; Frederico José Gueiros Filho ; Germán Gustavo Sgro ; João Carlos Setubal ; José Freire da Silva Neto ; Julio Cezar Franco de Oliveira ; Leonardo Talachia Rosa ; Marcio Vinicius Bertacine Dias ; Marco Aurélio Takita ; Rita de Cássia Café Ferreira ; Robson Francisco de Souza ; Rodrigo da Silva Galhardo ; Ronaldo Bento Quaggio
Auxílio(s) vinculado(s):25/13950-4 - Análise da atividade de sistemas de secreção do tipo VI em isolados clínicos de Stenotrophomonas maltophilia, AP.R
25/14004-5 - Estudo estrutural de enzimas envolvidas na biossíntese de butirosina, AP.R
24/09645-9 - Integração de métodos experimentais e in silico no estudo de mecanismos de resistência em Mycobacterium tuberculosis, AP.R SPRINT
 + mais auxílios vinculados 24/02235-0 - Estudo das enzimas do tipo NlpC_P60 para o desenvolvimento de novos agentes antimicobacterianos, AP.R
23/15471-0 - EMU concedido no processo 2021/10577-0: leitor de microplacas multimodo Clariostar-BMG Labtech, AP.EMU
23/12177-4 - EMU concedido no processo 2021/10577-0: espectrômetro de dicroísmo circular JASCO, modelo J-1500, AP.EMU
23/12239-0 - EMU concedido no processo 2021/10577-0: PEAQ-ITC (microcalorímetro), AP.EMU - menos auxílios vinculados
Bolsa(s) vinculada(s):25/20177-0 - Dinâmica molecular dos componentes do T4SS de Staphylococcus aureus, BP.TT
25/17171-0 - Identificação de Potenciais Fatores de Patogenicidade de klebsiella pneumoniae, BP.MS
25/09306-2 - Estudo da função de FimV e seu possível envolvimento com marcação polar em Xanthomonas citri, BP.MS
 + mais bolsas vinculadas 25/24731-1 - Investigação metagenômica de populações microbianas das lagunas hipersalinas Lagoa Vermelha e Brejo do Espinho (RJ, Brasil), BP.MS
25/26425-5 - Estudos sobre reconhecimento e regulação na guerra bacteriana mediada por sistemas de secreção do Tipo IV e sobre a regulação da polimerização do pilus do Tipo IV., BP.DD
25/22436-2 - BACTERIÓFAGOS LÍTICOS DE Pseudomonas aeruginosa: construção de um catálogo de biobanco e caracterização do potencial de fagoterapia em um modelo de Galleria mellonella, BP.TT
25/22790-0 - Otimização e manutenção de servidores e estações de trabalho de alto desempenho, BP.TT
25/22355-2 - Estudos estruturais de subunidades do complexo da membrana interna do T4SS de Xanthomonas citri por espectroscopia de RMN em solução e criomicroscopia eletrônica, BP.PD
25/21628-5 - Produção e purificação de uma protease rombóide da bactéria hipertermofílica Thermotoga maritima, BP.MS
25/22065-4 - Caracterização dos substratos e do mecanismo de translocação do T4SS de Xanthomonas citri, BP.PD
24/04709-9 - Regulação e função de um agrupamento gênico biossintético de Chromobacterium violaceum, BP.DR
25/22363-5 - Fagos para Fagoterapia, BP.PD
25/17481-9 - Aquisição de genes de captação de Pi por meio de mutação e transferência horizontal de genes em Escherichia coli, BP.DR
25/16294-0 - Análise funcional da possível toxina LIC11567 de Leptospira interrogans, BP.TT
25/11197-7 - Avaliação dos efeitos imunomodulatórios da fagoterapia com LAFX em modelos de infecção por Pseudomonas aeruginosa, BP.IC
25/19015-5 - Ampliação do espectro de hospedeiros de coquetel fágico específico para cepas multi-droga resistentes e carbapenemase positivas de Klebsiella pneumoniae com ascensão epidemiológica no estado de São Paulo, Brasil., BP.IC
25/15374-0 - Desenvolvimento de uma plataforma de alto rendimento (HTS) para identificação de inibidores das enzimas RSH de patógenos bacterianos., BP.TT
25/15982-0 - Implementação e Gestão de um Repositório Biológico de Cepas Bacterianas e Bacteriófagos no âmbito do Consórcio CEPID B3, BP.TT
25/16011-9 - Interações entre a proteína de acoplamento VirD4 e os efetores do Sistema de Secreção do Tipo IV (T4SS), BP.IC
24/10212-0 - O papel da pirofosfatase RppH nas vias de sinalização mediadas por c-di-GMP em Pseudomonas aeruginosa, BP.DD
25/05869-2 - Formulações de bacteriófagos líticos de Xanthomonas citri: uma alternativa sustentável para o manejo do cancro cítrico., BP.MS
25/06540-4 - Investigação da função da proteína FimX na divisão celular da bactéria Pseudomonas aeruginosa, BP.IC
25/11314-3 - O complexo Imidazol Glicerol Fosfato Sintase da bactéria termófila Thermotoga maritima: cinética de dimerização e termodinâmica da termoestabilidade, BP.DD
25/14069-0 - Papel estrutural e funcional da urease de Micobacterérias, BP.PD
25/06485-3 - Determinação das bases estruturais do mecanismo de formação de éteres cíclicos por epóxido hidrolases na biossíntese de poliéteres ionóforos, BP.MS
25/03800-5 - Caracterização de Linhagens Mutantes de Salmonella enterica Typhimurium para proteínas Associados à Macrodomínios do Cromossomo Bacteriano., BP.MS
25/10710-2 - Treinamento na operação de equipamentos de automação aplicados a descoberta de fármacos e biologia molecular, BP.TT
25/09665-2 - Funções do sistema de sinalização Pil-Chp em Xanthomonas citri, BP.DR
25/00779-5 - Avaliando proteínas regulatórias como alvo de drogas no controle do crescimento de Salmonella enterica, BP.PD
25/02990-5 - Estudo da associação de enzimas modificadoras com enzimas produtoras de metabólitos secundários, e construção de preditores de produtos e loci biossintéticos., BP.DD
24/16330-4 - Estudos funcionais e estruturais de enzimas chave envolvidas na biossíntese da apramicina., BP.DD
25/03876-1 - Caracterização do complexo nuclease/inibidor X-TfeXAC3266/X-TfiXAC3267 associado ao sistema de secreção tipo IV de Xanthomonas citri, BP.IC
25/06208-0 - Desenvolvimento e implementação do projeto educacional MicroMat, BP.IC
25/03250-5 - Análise transcriptômica global da interação tripartite entre X. citri, um de seus bacteriófagos líticos e o hospedeiro citros, BP.PD
25/04946-3 - Estudo estrutural e funcional de proteínas de elementos conjugativos integrativos, BP.DR
25/05809-0 - Implementação de infraestrutura computacional para criomicroscopia eletrônica., BP.TT
24/21568-0 - Estudo estrutural de glicosiltransferases dependente de proteínas auxiliares tipo P450 envolvidas na biossíntese de antibióticos macrolídeos, BP.DD
25/06226-8 - Desenvolvimento e implementação de pipelines distribuídos de bioinformática para ambientes HPC híbridos e distribuídos, BP.TT
25/04443-1 - Bacteriófagos de Xanthomonadales e a procura de inibidores do sistema Crispr-Cas3., BP.DR
24/22312-9 - ANÁLISE DE PERFIS TRANSCRICIONAIS DE Xanthomonas citri pv. citri EM CONDIÇÕES RELEVANTES PARA A INFECÇÃO DE PLANTAS, BP.DR
24/23478-8 - Papel dos ortólogos de RppH e NudC na homeostase de RNA em Caulobacter, BP.MS
24/23910-7 - Heterogeneidade na resistência a ¿-lactâmicos conferida por um elemento móvel, BP.MS
25/00760-2 - Vesículas de membrana externa carregadas com violaceína e sua atividade inibitória sobre Staphylococcus aureus, BP.IC
25/02200-4 - Estudo de expressão diferencial de genes de Pseudomonas aeruginosa usando uma abordagem transcritômica, BP.TT
25/02846-1 - Análise de adaptações de co-evolução em bacteriófagos que infectam cepas de Pseudomonas aeruginosa e Klebsiella pneumoniae, BP.PD
25/03197-7 - Classificação e anotação de Metagenome-Assembled Genomes, BP.IC
24/21751-9 - Análise integrada da diversidade genômica e pangenoma de gêneros bacterianos presentes em dados metagenômicos, BP.IC
24/23287-8 - Estrutura e função de policetídeos sintases iterativas (iPKSs) e sistemas híbridos de iPKS com peptídeos sintases não ribossomais (iPKS-NRPSs) envolvidas na biossíntese de antibióticos, BP.PD
25/00091-3 - CARACTERIZAÇÃO FENOTÍPICA E MOLECULAR DE ISOLADOS CLÍNICOS DE Acinetobacter baumannii, BP.IC
24/14407-0 - Investigação do potencial de despolimerases virais para uso em tratamento alternativo de infecções causadas por Klebsiella pneumoniae, BP.IC
24/20406-6 - Estudo do papel de sRNAs na regulação pós-transcricional da resposta a estresses em Caulobacter, BP.PD
24/04962-6 - Inibição da diidrofolato redutase de Mycobacterium tuberculosis e de fungos patogênicos por antimicrobianos identificados por estratégia baseada em fragmentos, BP.DR
24/10763-6 - Estudo estrutural por criomicroscopia eletrônica do estator flagelar MotA/MotB de Leptospira interrogans, BP.DD
24/15711-4 - Identificação de compostos que interagem com a enzima ClpC1 do complexo proteico ClpP1P2C1 de Mycobacterium tuberculosis por triagem de fragmentos, BP.IC
24/19817-1 - Estudo do mecanismo de ação e resistência à pirazinamida em Mycobacterium tuberculosis, BP.IC
24/17666-6 - Estudos estruturais e moleculares dos sistemas de secreção tipo IV em bactérias Gram-positivas, BP.DD
24/12387-1 - Desenvolvimento de um sistema para a identificação e caracterização de peptídeos associados à adsorção de bacteriófagos de Xanthomonas citri, BP.DR
24/01729-9 - Desenvolvimento e aplicação de uma ferramenta computacional para investigação da diversidade de espécies bacterianas com base em dados metagenômicos, BP.DD
24/14262-1 - Divulgação científica do CEPID B3, BP.JC
24/13851-3 - Avaliação de despolimerases fágicas contra Xanthomonas citri subsp. citri., BP.IC
24/10539-9 - Caracterização do complexo nucleoproteico interconectando o divisomo e a região terminal de replicação do cromossômica de Xanthomonas citri, BP.DR
24/16116-2 - Varredura de moléculas que inibem fatores de transcrição bacterianos, BP.IC
24/09014-9 - Estudo da regulação da expressão da aconitase e efeitos de sua ligação ao degradossomo de rna em caulobacter crescentus, BP.MS
24/12945-4 - Expansão do espectro de hospedeiros de bacteriófagos líticos por meio de recombinação e seleção, BP.DR
23/08535-2 - CONSTRUÇÃO DE "ARTILISINAS" PARA O CONTROLE DE Xanthomonas citri subsp. citri, BP.PD
23/03213-7 - Salmonella enterica e Vesículas de Membrana (MVs) no Desenvolvimento de Vacinas, BP.DR
24/03230-1 - Caracterização da via de reparo de DNA por FAN1 em Pseudomonas aeruginosa, BP.DD
23/16089-2 - Estudo por criomicroscopia eletrônica da adsorção ao seu receptor de um bacteriófago específico ao pilus tipo IV, BP.PD
23/17618-9 - R-bodies de Xanthomonas citri e Caedibacter taeniospiralis: expressão e caracterização estrutural, BP.IC
24/06039-0 - Explorando as aplicações biotecnológicas de sistemas de secreção do tipo IV bactericidas., BP.PD
24/05782-1 - Implementação de ferramentas e pipelines de bioinformática para análise de genomas de fagos e de bactérias e de suas interações., BP.TT
24/01290-7 - Caracterização da resposta a estresses por fatores sigma alternativos em Xanthomonas citri, BP.PD
24/03640-5 - Interseção entre respostas a estresses em bactérias, BP.PD
24/03217-5 - Estudos estruturais das subunidades do complexo da membrana interna do Sistema de Secreção do Tipo IV de Xanthomonas citri por espectroscopia de RMN e criomicroscopia eletrônica, BP.PD
23/13894-1 - Estudo por criomicroscopia eletrônica da adsorção de um fago ao pilus tipo IV, BP.DD
24/02648-2 - Desenvolvimento e implementação do projeto educacional MicroMath., BP.IC
24/01159-8 - Desvendando a interação entre bactérias e fagos por meio do monitoramento das alterações transcritômicas durante a infecção por fagos., BP.MS
24/03134-2 - Um novo domínio e a uma nova via de sinalização de DgcP em Pseudomonas aeruginosa, BP.DD
23/13202-2 - Caracterização de bacteriófago de Xanthomonas citri, BP.IC
23/14021-1 - Endolisinas fágicas (ELs) como agentes antimicrobianos de bactérias Gram-negativas, BP.PD
23/13291-5 - Determinação dos níveis intrínsecos de ppGpp em uma espécie e sua influência na taxa de crescimento e na tolerância a antibióticos, BP.DD
23/05679-3 - Caracterização do gene xac4136 como possível efetor anti-eucariótico do Sistema de Secreção do tipo VI em Xanthomonas citri, BP.MS
23/12063-9 - Disseminação de conceitos em microbiologia: Avaliação do impacto na educação básica., BP.IC
23/09812-0 - Estudo da ação dos sistemas de secreção de Pseudomonas aeruginosa e seus efetores em co-culturas com Aspergillus fumigatus, BP.IC
23/10731-4 - Implementação de infraestrutura computacional para espectroscopia de RMN, BP.TT
23/11219-5 - Desenvolvimento e implementação do projeto educacional MicroMat, BP.IC
23/06554-0 - Identificação de compostos que interagem com a DNA Girase de Mycobacterium tuberculosis através da triagem de fragmentos, BP.IC
23/06833-6 - Avaliação do papel da aconitase na regulação de genes de síntese de ferro-enxofre em Caulobacter crescentus, BP.IC
23/06724-2 - Isolamento de bacteriófagos líticos de Pseudomonas aeruginosa de diversos ambientes naturais, BP.IC
23/06729-4 - Treinamento de bacteriófagos líticos de Pseudomonas aeruginosa para superar a resistência bacteriana, BP.IC
22/00943-1 - Estudos estruturais e funcionais na enzima degradadora de cianeto CynD de Bacillus safensis PER-URP-08, BP.PD
17/23627-0 - Determinação das bases estruturais da formação biosintética de anéis heterocíclicos em poliéteres ionóforos, BP.PD - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Microbiologia  Microbiologia molecular  Biologia estrutural  Biologia sintética  Transdução de sinais  Bacteriófagos  Anti-infecciosos 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Bacterial signal transduction | Bacteriophages | Molecular Microbiology | Screening for antimicrobial compounds | Structural Biology | Synthetic Biology | Microbiologia

Resumo

O CEPID B3 é uma rede com pólos de pesquisa sediados em São Paulo (IQ-USP, ICB-USP), Campinas (IB-UNICAMP, IAC), Ribeirão Preto (FCFRP-USP, FMRP-USP) e Rio Claro (UNESP) que colaborará na realização de pesquisas básicas de ponta sobre os mecanismos moleculares de importância primordial para a reprodução bacteriana, o comportamento multicelular, a competição, a colonização e as interações de bactérias com seus hospedeiros eucarióticos e bacteriófagos. Os conhecimentos adquiridos serão utilizados na busca e desenvolvimento de novos inibidores químicos e biológicos do crescimento bacteriano. (AU)

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Publicações científicas (29)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
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MARTINS, LAYLA FARAGE; DOS SANTOS JUNIOR, ARIOSVALDO PEREIRA; NICASTRO, GIANLUCCA GONCALVES; SCHEUNEMANN, GABY; ANGELI, CLAUDIA BLANES; ROSSI, FERNANDO PACHECO NOBRE; QUAGGIO, RONALDO BENTO; PALMISANO, GIUSEPPE; SGRO, GERMAN GUSTAVO; ISHIDA, KELLY; et al. Phages ZC01 and ZC03 require type-IV pilus for Pseudomonas aeruginosa infection and have a potential for therapeutic applications. MICROBIOLOGY SPECTRUM, v. N/A, p. 17-pg., . (21/10577-0, 20/04923-0, 18/18257-1, 18/15549-1, 22/11334-6)
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ZAMUNER, CAIO FELIPE CAVICCHIA; CARHUARICRA-HUAMAN, DENNIS; RAGUPATHY, ROOBINIDEVI; REDFERN, JAMES; RODRIGUEZ-CUEVA, CARMEN L.; BEHLAU, FRANKLIN; ENRIGHT, MARK C.; FERREIRA, HENRIQUE; SETUBAL, JOAO C.. Evolution and spread of Xanthomonas citri subsp. citri in the São Paulo, Brazil, citrus belt inferred from 758 novel genomes. MICROBIAL GENOMICS, v. 11, n. 1, p. 14-pg., . (21/10577-0, 17/50454-9, 18/21164-5, 19/05497-7, 14/50880-0)
VISNARDI, ALINE BIAZOLA; RIBEIRO, RODOLFO ALVARENGA; DE SOUZA, ANACLETO SILVA; VINCES, TANIA GERALDINE CHURASACARI; LLONTOP, EDGAR E.; FERRARI, ANIELLE SALVIANO DE ALMEIDA; HENRIQUE, PEDRO ANTONIO FRANCA; VALDIVIESO, DANIELA; SANCHEZ-LIMACHE, DANIEL ENRIQUE; SILVA, GABRIELA ROBERTO; et al. Insertion of a Divergent GAF-like Domain Defines a Novel Family of YcgR Homologues That Bind c-di-GMP in Leptospirales. ACS OMEGA, v. 10, n. 4, p. 19-pg., . (20/04680-0, 19/00195-2, 21/05262-0, 21/00070-5, 21/10577-0, 17/17303-7, 23/10432-7, 17/06394-1, 16/09047-8, 23/18211-0, 22/08730-7)
VINCES, TANIA CHURASACARI; DE SOUZA, ANACLETO SILVA; CARVALHO, CECILIA F.; VISNARDI, ALINE BIAZOLA; TEIXEIRA, RAPHAEL D.; LLONTOP, EDGAR E.; BISMARA, BEATRIZ APARECIDA PASSOS; VICENTE, ELISABETE J.; PEREIRA, JOSE O.; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO; et al. Monomeric Esterase: Insights into Cooperative Behavior, Hysteresis/Allokairy. BIOCHEMISTRY, v. 63, n. 9, p. 16-pg., . (21/10577-0, 19/12234-2, 22/08730-7, 21/05262-0, 19/00195-2, 17/17303-7, 20/04680-0)
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