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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

Learning HMMs for nucleotide sequences from amino acid alignments

Texto completo
Autor(es):
Fischer, Carlos N. [1] ; Carareto, Claudia M. A. [2] ; dos Santos, Renato A. C. [3] ; Cerri, Ricardo [4] ; Costa, Eduardo [5] ; Schietgat, Leander [6] ; Vens, Celine [7]
Número total de Autores: 7
Afiliação do(s) autor(es):
[1] UNESP Sao Paulo State Univ, Dept Stat Appl Maths & Comp Sci, Rio Claro, SP - Brazil
[2] UNESP Sao Paulo State Univ, Dept Biol, Sao Jose Do Rio Preto, SP - Brazil
[3] UNESP Sao Paulo State Univ, Inst Biosci, Rio Claro, SP - Brazil
[4] UFSCar Univ Fed Sao Carlos, Dept Comp Sci, Sao Carlos, SP - Brazil
[5] Univ Sao Paulo, Dept Comp Sci, Sao Carlos, SP - Brazil
[6] Katholieke Univ Leuven, Dept Comp Sci, Leuven - Belgium
[7] KU Leuven Kulak, Dept Publ Hlth & Primary Care, Kortrijk - Belgium
Número total de Afiliações: 7
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: Bioinformatics; v. 31, n. 11, p. 1836-1838, JUN 1 2015.
Citações Web of Science: 1
Resumo

Profile hidden Markov models (profile HMMs) are known to efficiently predict whether an amino acid (AA) sequence belongs to a specific protein family. Profile HMMs can also be used to search for protein domains in genome sequences. In this case, HMMs are typically learned from AA sequences and then used to search on the six-frame translation of nucleotide (NT) sequences. However, this approach demands additional processing of the original data and search results. Here, we propose an alternative and more direct method which converts an AA alignment into an NT one, after which an NT-based HMM is trained to be applied directly on a genome. (AU)

Processo FAPESP: 12/24774-2 - Aplicação de Modelos Ocultos de Markov a elementos transponíveis
Beneficiário:Carlos Norberto Fischer
Linha de fomento: Bolsas no Exterior - Pesquisa
Processo FAPESP: 10/10731-4 - Dinâmica evolutiva e regulação de elementos de transposição em populações e espécies de Drosophila
Beneficiário:Claudia Marcia Aparecida Carareto
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Regular