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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

Modular transcriptional repertoire and MicroRNA target analyses characterize genomic dysregulation in the thymus of Down syndrome infants

Texto completo
Autor(es):
Moreira-Filho, Carlos Alberto [1] ; Bando, Silvia Yumi [1] ; Bertonha, Fernanda Bernardi [1] ; Silva, Filipi Nascimento [2] ; Costa, Luciano da Fontoura [2] ; Ferreira, Leandro Rodrigues [1] ; Furlanetto, Glaucio [3] ; Chacur, Paulo [3] ; Nogueira Zerbini, Maria Claudia [4] ; Carneiro-Sampaio, Magda [1]
Número total de Autores: 10
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Univ Sao Paulo, Fac Med, Dept Pediat, Sao Paulo, SP - Brazil
[2] Univ Sao Paulo, Inst Fis Sao Carlos, Sao Carlos, SP - Brazil
[3] Inst Dante Pazzanese Cardiol, Sao Paulo, SP - Brazil
[4] Univ Sao Paulo, Fac Med, Dept Patol, Sao Paulo, SP - Brazil
Número total de Afiliações: 4
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: ONCOTARGET; v. 7, n. 7, p. 7497-7533, FEB 16 2016.
Citações Web of Science: 3
Resumo

Trisomy 21-driven transcriptional alterations in human thymus were characterized through gene coexpression network (GCN) and miRNA-target analyses. We used whole thymic tissue - obtained at heart surgery from Down syndrome (DS) and karyotipically normal subjects (CT) - and a network-based approach for GCN analysis that allows the identification of modular transcriptional repertoires (communities) and the interactions between all the system's constituents through community detection. Changes in the degree of connections observed for hierarchically important hubs/genes in CT and DS networks corresponded to community changes. Distinct communities of highly interconnected genes were topologically identified in these networks. The role of miRNAs in modulating the expression of highly connected genes in CT and DS was revealed through miRNA-target analysis. Trisomy 21 gene dysregulation in thymus may be depicted as the breakdown and altered reorganization of transcriptional modules. Leading networks acting in normal or disease states were identified. CT networks would depict the ``canonical{''} way of thymus functioning. Conversely, DS networks represent a ``non-canonical{''} way, i. e., thymic tissue adaptation under trisomy 21 genomic dysregulation. This adaptation is probably driven by epigenetic mechanisms acting at chromatin level and through the miRNA control of transcriptional programs involving the networks' high-hierarchy genes. (AU)

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