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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

Comparative genomics reveals high biological diversity and specific adaptations in the industrially and medically important fungal genus Aspergillus

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Autor(es):
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de Vries, Ronald P. ; Riley, Robert ; Wiebenga, Ad ; Aguilar-Osorio, Guillermo ; Amillis, Sotiris ; Uchima, Cristiane Akemi ; Anderluh, Gregor ; Asadollahi, Mojtaba ; Askin, Marion ; Barry, Kerrie ; Battaglia, Evy ; Bayram, Ozgur ; Benocci, Tiziano ; Braus-Stromeyer, Susanna A. ; Caldana, Camila ; Canovas, David ; Cerqueira, Gustavo C. ; Chen, Fusheng ; Chen, Wanping ; Choi, Cindy ; Clum, Alicia ; Correa dos Santos, Renato Augusto ; de Lima Damasio, Andre Ricardo ; Diallinas, George ; Emri, Tamas ; Fekete, Erzsebet ; Flipphi, Michel ; Freyberg, Susanne ; Gallo, Antonia ; Gournas, Christos ; Habgood, Rob ; Hainaut, Matthieu ; Laura Harispe, Maria ; Henrissat, Bernard ; Hilden, Kristiina S. ; Hope, Ryan ; Hossain, Abeer ; Karabika, Eugenia ; Karaffa, Levente ; Karanyi, Zsolt ; Krasevec, Nada ; Kuo, Alan ; Kusch, Harald ; LaButti, Kurt ; Lagendijk, Ellen L. ; Lapidus, Alla ; Levasseur, Anthony ; Lindquist, Erika ; Lipzen, Anna ; Logrieco, Antonio F. ; MacCabe, Andrew ; Makela, Miia R. ; Malavazi, Iran ; Melin, Petter ; Meyer, Vera ; Mielnichuk, Natalia ; Miskei, Marton ; Molnar, Akos P. ; Mule, Giuseppina ; Ngan, Chew Yee ; Orejas, Margarita ; Orosz, Erzsebet ; Ouedraogo, Jean Paul ; Overkamp, Karin M. ; Park, Hee-Soo ; Perrone, Giancarlo ; Piumi, Francois ; Punt, Peter J. ; Ram, Arthur F. J. ; Ramon, Ana ; Rauscher, Stefan ; Record, Eric ; Riano-Pachon, Diego Mauricio ; Robert, Vincent ; Roehrig, Julian ; Ruller, Roberto ; Salamov, Asaf ; Salih, Nadhira S. ; Samson, Rob A. ; Sandor, Erzsebet ; Sanguinetti, Manuel ; Schutze, Tabea ; Sepcic, Kristina ; Shelest, Ekaterina ; Sherlock, Gavin ; Sophianopoulou, Vicky ; Squina, FabioM. ; Sun, Hui ; Susca, Antonia ; Todd, Richard B. ; Tsang, Adrian ; Unkles, Shiela E. ; van de Wiele, Nathalie ; van Rossen-Uffink, Diana ; de Castro Oliveira, Juliana Velasco ; Vesth, Tammi C. ; Visser, Jaap ; Yu, Jae-Hyuk ; Zhou, Miaomiao ; Andersen, Mikael R. ; Archer, David B. ; Baker, Scott E. ; Benoit, Isabelle ; Brakhage, Axel A. ; Braus, Gerhard H. ; Fischer, Reinhard ; Frisvad, Jens C. ; Goldman, Gustavo H. ; Houbraken, Jos ; Oakley, Berl ; Pocsi, Istvan ; Scazzocchio, Claudio ; Seiboth, Bernhard ; vanKuyk, Patricia A. ; Wortman, Jennifer ; Dyer, Paul S. ; Grigoriev, Igor V.
Número total de Autores: 117
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: Genome Biology; v. 18, FEB 14 2017.
Citações Web of Science: 97
Resumo

Background: The fungal genus Aspergillus is of critical importance to humankind. Species include those with industrial applications, important pathogens of humans, animals and crops, a source of potent carcinogenic contaminants of food, and an important genetic model. The genome sequences of eight aspergilli have already been explored to investigate aspects of fungal biology, raising questions about evolution and specialization within this genus. Results: We have generated genome sequences for ten novel, highly diverse Aspergillus species and compared these in detail to sister and more distant genera. Comparative studies of key aspects of fungal biology, including primary and secondary metabolism, stress response, biomass degradation, and signal transduction, revealed both conservation and diversity among the species. Observed genomic differences were validated with experimental studies. This revealed several highlights, such as the potential for sex in asexual species, organic acid production genes being a key feature of black aspergilli, alternative approaches for degrading plant biomass, and indications for the genetic basis of stress response. A genome-wide phylogenetic analysis demonstrated in detail the relationship of the newly genome sequenced species with other aspergilli. Conclusions: Many aspects of biological differences between fungal species cannot be explained by current knowledge obtained from genome sequences. The comparative genomics and experimental study, presented here, allows for the first time a genus-wide view of the biological diversity of the aspergilli and in many, but not all, cases linked genome differences to phenotype. Insights gained could be exploited for biotechnological and medical applications of fungi. (AU)

Processo FAPESP: 12/20549-4 - Secreção de glicoproteínas heterólogas em Aspergillus: efeito do padrão de glicosilação em parâmetros funcionais de glicosil hidrolases
Beneficiário:André Ricardo de Lima Damasio
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOEN - Apoio a Jovens Pesquisadores
Processo FAPESP: 12/19040-0 - Caracterização da expressão gênica do fungo Neurospora crassa na desconstrução do bagaço de cana de açúcar
Beneficiário:Cristiane Akemi Uchima
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 14/11766-7 - Caracterização de novos fatores de transcrição de Trichoderma reesei envolvidos na degradação da biomassa lignocelulósica
Beneficiário:Juliana Velasco de Castro Oliveira
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOEN - Regular
Processo FAPESP: 14/10351-8 - Caracterização Fenotipica de cepas deletérias de Neurospora crassa crescidas em Avicel e bagaço de cana-de-açúcar
Beneficiário:Cristiane Akemi Uchima
Linha de fomento: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 11/08945-9 - Estudos genômicos comparativos da expressão gênica global de fungos filamentosos crescidos em bagaço e colmo de cana-de-açúcar
Beneficiário:Juliana Velasco de Castro Oliveira
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Regular
Processo FAPESP: 14/06923-6 - Recalcitrância da biomassa de cana-de-açúcar: fundamentos relacionados à formação da parede celular, ao pré-tratamento e à digestão enzimática, aplicados no desenvolvimento de novos modelos de biorrefinarias
Beneficiário:Andre Luis Ferraz
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOEN - Temático