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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

Striking pseudogenization in avian phylogenetics: Numts are large and common in falcons

Texto completo
Autor(es):
Nacer, Deborah F. ; do Amaral, Fabio Raposo
Número total de Autores: 2
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: Molecular Phylogenetics and Evolution; v. 115, p. 1-6, OCT 2017.
Citações Web of Science: 3
Resumo

Nuclear copies of mitochondrial genes (numts) are a well-known feature of eukaryotic genomes and a concern in systematics, as they can mislead phylogenetic inferences when inadvertently used. Studies on avian numts initially based on the chicken genome suggest that numts may be uncommon and relatively short among birds. Here we ask how common numts are in falcons, based on recently sequenced genomes of the Saker falcon (Falco cherrug) and Peregrine falcon (F. peregrinus). We identified numts by BLASTN searches and then extracted CYTB, ND2 and COI sequences from them, which were then used for phylogeny inference along with several sequences from other species in Falconiformes. Our results indicate that avian numts may be much more frequent and longer than previously thought. Phylogenetic inferences revealed multiple independent nuclear insertions throughout the history of the Falconiformes, including cases of sequences available in public databases and wrongly identified as authentic mtDNA. New sequencing technologies and ongoing efforts for whole genome sequencing will provide exciting opportunities for avian numt research in the near future. (C) 2017 Elsevier Inc. All rights reserved. (AU)

Processo FAPESP: 11/50143-7 - Filogeografia multilocus comparada de três espécies de Poospiza (Aves, Passeriformes): explorando a história da Mata Atlântica montana
Beneficiário:Fábio Sarubbi Raposo do Amaral
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOTA - Apoio a Jovens Pesquisadores
Processo FAPESP: 13/50297-0 - Dimensions US-BIOTA São Paulo: integrando disciplinas para a predição da biodiversidade da Floresta Atlântica no Brasil
Beneficiário:Cristina Yumi Miyaki
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOTA - Temático
Processo FAPESP: 11/23155-4 - Filogeografia multilocus comparada de três espécies de Poospiza (aves, passeriformes): explorando a história da Mata Atlântica montana
Beneficiário:Fábio Sarubbi Raposo do Amaral
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Programa BIOTA - Apoio a Jovens Pesquisadores