``Targeted Sequencing by Gene Synteny,{''} a New Strategy for Polyploid Species: Sequencing and Physical Structure of a Complex Sugarcane Region

Autor(es)

Mancini, Melina C. ^[1] ; Cardoso-Silva, Claudio B. ^[1] ; Sforca, Danilo A. ^[1] ; de Souza, Anete Pereira ^{[1, 2]}

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Estadual Campinas, Ctr Mol Biol & Genet Engn, Campinas, SP - Brazil

^[2] Univ Estadual Campinas, Biol Inst, Dept Plant Biol, Campinas, SP - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: FRONTIERS IN PLANT SCIENCE; v. 9, MAR 28 2018.
• Citações Web of Science: 0

Resumo

Sugarcane exhibits a complex genome mainly due to its aneuploid nature and high ploidy level, and sequencing of its genome poses a great challenge. Closely related species with well-assembled and annotated genomes can be used to help assemble complex genomes. Here, a stable quantitative trait locus (QTL) related to sugar accumulation in sorghum was successfully transferred to the sugarcane genome. Gene sequences related to this QTL were identified in silico from sugarcane transcriptome data, and molecularmarkers based on these sequences were developed to select bacterial artificial chromosome (BAC) clones from the sugarcane variety SP80-3280. Sixty-eight BAC clones containing at least two gene sequences associated with the sorghum QTL were sequenced using Pacific Biosciences (PacBio) technology. Twenty BAC sequences were found to be related to the syntenic region, of which nine were sufficient to represent this region. The strategy we propose is called ``targeted sequencing by gene synteny,{''} which is a simpler approach to understanding the genome structure of complex genomic regions associated with traits of interest. (AU)

• Processo FAPESP: 17/05014-0 - Análise de genes envolvidos em um QTL para brix em espécies Saccarum
• Beneficiário: Melina Cristina Mancini
• Linha de fomento: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 15/16399-5 - Balanço entre dosagem e expressão alélica para traçar o perfil da expressão gênica global em cana-de-açúcar
• Beneficiário: Cláudio Benício Cardoso da Silva
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 08/52197-4 - Genomic-assisted breeding of sugarcane: using molecular markers for understanding the genetic architecture of quantitative traits and to implement marker assisted selection
• Beneficiário: Anete Pereira de Souza
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOEN - Temático
• Processo FAPESP: 10/50119-6 - Identificação de cópias alélicas de locos que controlam caracteres de importância econômica e análise de sua variação entre cromossomos hom(e)ologas em cana-de-açúcar (Saccharum spp.)
• Beneficiário: Danilo Augusto Sforça
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Processo FAPESP: 14/11482-9 - Avaliação da sintenia genômica entre sorgo (Sorghum bicolor) e cana-de-açúcar (Saccharum officinarum): comparação dos genes envolvidos em um QTL para Brix em sorgo à região sintênica em cana-de-açúcar
• Beneficiário: Melina Cristina Mancini
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado