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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

High-Resolution Genetic Map and QTL Analysis of Growth-Related Traits of Hevea brasiliensis Cultivated Under Suboptimal Temperature and Humidity Conditions

Texto completo
Autor(es):
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Conson, Andre R. O. [1] ; Taniguti, Cristiane H. [2] ; Amadeu, Rodrigo R. [2] ; Andreotti, Isabela A. A. [1] ; de Souza, Livia M. [1] ; dos Santos, Luciano H. B. [1] ; Rosa, Joao R. B. F. [2, 3] ; Mantello, Camila C. [1, 4] ; da Silva, Carla C. [1] ; Scaloppi Junior, Erivaldo Jose [5] ; Ribeiro, Rafael V. [6] ; Le Guen, Vincent [7] ; Garcia, Antonio A. F. [2] ; Goncalves, Paulo de Souza [5] ; de Souza, Anete P. [6, 1]
Número total de Autores: 15
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Univ Estadual Campinas, Mol Biol & Genet Engn Ctr, Campinas, SP - Brazil
[2] Univ Sao Paulo, Luiz de Queiroz Coll Agr, Dept Genet, Piracicaba - Brazil
[3] FTS Sementes SA, Ctr Res & Dev, Ponta Grossa - Brazil
[4] NIAB, Cambridge - England
[5] Agron Inst IAC, Ctr Rubber Tree & Agroforestry Syst, Votuporanga - Brazil
[6] Univ Estadual Campinas, Dept Plant Biol, Inst Biol, Campinas, SP - Brazil
[7] French Agr Res Ctr Int Dev CIRAD, UMR AGAP, Montpellier - France
Número total de Afiliações: 7
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: FRONTIERS IN PLANT SCIENCE; v. 9, AUG 24 2018.
Citações Web of Science: 4
Resumo

Rubber tree (Hevea brasiliensis) cultivation is the main source of natural rubber worldwide and has been extended to areas with suboptimal climates and lengthy drought periods; this transition affects growth and latex production. High-density genetic maps with reliable markers support precise mapping of quantitative trait loci (QTL), which can help reveal the complex genome of the species, provide tools to enhance molecular breeding, and shorten the breeding cycle. In this study, QTL mapping of the stem diameter, tree height, and number of whorls was performed for a full-sibling population derived from a GT1 and RRIM701 cross. A total of 225 simple sequence repeats (SSRs) and 186 single-nucleotide polymorphism (SNP) markers were used to construct a base map with 18 linkage groups and to anchor 671 SNPs from genotyping by sequencing (GBS) to produce a very dense linkage map with small intervals between loci. The final map was composed of 1,079 markers, spanned 3,779.7 cM with an average marker density of 3.5 cM, and showed collinearity between markers from previous studies. Significant variation in phenotypic characteristics was found over a 59-month evaluation period with a total of 38 QTLs being identified through a composite interval mapping method. Linkage group 4 showed the greatest number of QTLs (7), with phenotypic explained values varying from 7.67 to 14.07%. Additionally, we estimated segregation patterns, dominance, and additive effects for each QTL. A total of 53 significant effects for stem diameter were observed, and these effects were mostly related to additivity in the GT1 clone. Associating accurate genome assemblies and genetic maps represents a promising strategy for identifying the genetic basis of phenotypic traits in rubber trees. Then, further research can benefit from the QTLs identified herein, providing a better understanding of the key determinant genes associated with growth of Hevea brasiliensis under limiting water conditions. (AU)

Processo FAPESP: 11/50188-0 - Mapeamento genético molecular em Hevea brasiliensis
Beneficiário:Camila Campos Mantello
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Processo FAPESP: 12/50491-8 - Avaliação da variabilidade alélica, estrutura populacional e desequilíbrio de ligação no germoplasma ex situ de seringueira (Hevea brasiliensis)
Beneficiário:Anete Pereira de Souza
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Regular
Processo FAPESP: 09/52975-0 - Construção de um mapa funcional em seringueira (Hevea brasiliensis)
Beneficiário:Carla Cristina da Silva
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
Processo FAPESP: 14/11807-5 - Uso de genotipagem-por-sequenciamento (GBS) para a identificação de marcadores moleculares SNP (single nucleotide polymorphism) e construção de mapa de ligação em Hevea brasiliensis
Beneficiário:Luciano Henrique Braz dos Santos
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Mestrado
Processo FAPESP: 15/24346-9 - Análise da variação alélica em genes de importância econômica entre regiões hom(e)ologas do genoma de cana-de-açúcar (Saccharum Spp.)
Beneficiário:Carla Cristina da Silva
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 12/05473-1 - Avaliação do desequilíbrio de ligação e estrutura populacional no germoplasma ex situ de seringueira (Hevea Brasiliensis) através de marcadores moleculares SNP (Single Nucleotide Polymorphism)
Beneficiário:Livia Moura de Souza
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 07/50392-1 - Mapa genético-molecular para Hevea brasiliensis e mapeamento de QTLs para características de importância econômica
Beneficiário:Livia Moura de Souza
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
Processo FAPESP: 14/18755-0 - Análise do perfil de expressão por RNA-seq e identificação de genes envolvidos na resposta ao frio em seringueira
Beneficiário:Camila Campos Mantello
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 17/07908-9 - Análises genéticas e genômicas no gênero Hevea visando contribuir para o melhoramento genético de Hevea brasiliensis
Beneficiário:Luciano Henrique Braz dos Santos
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto