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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

ABLE: blockwise site frequency spectra for inferring complex population histories and recombination

Texto completo
Autor(es):
Beeravolu, Champak R. [1, 2] ; Hickerson, Michael J. [3, 4, 2] ; Frantz, Laurent A. F. [5, 6] ; Lohse, Konrad [7]
Número total de Autores: 4
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Univ Zurich, Dept Evolutionary Biol & Environm Studies, CH-8057 Zurich - Switzerland
[2] CUNY, Biol Dept, New York, NY 10031 - USA
[3] Amer Museum Nat Hist, Div Invertebrate Zool, New York, NY 10024 - USA
[4] CUNY, Grad Ctr, New York, NY 10016 - USA
[5] Queen Mary Univ London, Sch Biol & Chem Sci, London E1 4NS - England
[6] Univ Oxford, Res Lab Archeol & Hist Art, Paleogen & Bioarchaeol Res Network, Oxford OX1 3QY - England
[7] Univ Edinburgh, Inst Evolutionary Biol, Kings Bldg, Edinburgh EH9 3FL, Midlothian - Scotland
Número total de Afiliações: 7
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: Genome Biology; v. 19, SEP 25 2018.
Citações Web of Science: 3
Resumo

We introduce ABLE (Approximate Blockwise Likelihood Estimation), a novel simulation-based composite likelihood method that uses the blockwise site frequency spectrum to jointly infer past demography and recombination. ABLE is explicitly designed for a wide variety of data from unphased diploid genomes to genome-wide multi-locus data (for example, RADSeq) and can also accommodate arbitrarily large samples. We use simulations to demonstrate the accuracy of this method to infer complex histories of divergence and gene flow and reanalyze whole genome data from two species of orangutan. ABLE is available for download at https://github.com/champost/ABLE. (AU)

Processo FAPESP: 13/50297-0 - Dimensions US-BIOTA São Paulo: integrando disciplinas para a predição da biodiversidade da Floresta Atlântica no Brasil
Beneficiário:Cristina Yumi Miyaki
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOTA - Temático