Germline mutation landscape of multiple endocrine neoplasia type 1 using full gene next-generation sequencing

Autor(es):Mostrar menos -

Carvalho, Rafael A. ^[1] ; Urtremari, Betsaida ^[1] ; Jorge, Alexander A. L. ^[1] ; Santana, Lucas S. ^[1] ; Quedas, Elisangela P. S. ^[1] ; Sekiya, Tomoko ^[1] ; Longuini, Viviane C. ^[1] ; Montenegro, Fabio L. M. ^[2] ; Lerario, Antonio M. ^[3] ; Toledo, Sergio P. A. ^{[1, 4]} ; Marx, Stephen J. ^{[1, 5]} ; Toledo, Rodrigo A. ^[6] ; Lourenco Jr, Delmar M.

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Sao Paulo, Disciplina Endocrinol, Lab Endocrinol Celular & Mol LIM 25, Hosp Clin HCFMUSP, Fac Med, UEG, Sao Paulo, SP - Brazil

^[2] Univ Sao Paulo, Disciplina Cirurgia Cabeca & Pescoco, Lab Cirurgia Vasc & Cabeca & Pescoco LIM 28, Hosp Clin HCFMUSP, Fac Med, Unidade Paratireoide, Sao Paulo, SP - Brazil

^[3] Univ Michigan, Dept Internal Med Endocrinol & Diabet, Div Metab, Ann Arbor, MI 48109 - USA

^[4] Fed Univ Sao Paulo UNIFESP, Endocrinol Div, Sao Paulo - Brazil

^[5] Eunice Kennedy Shriver Natl Inst Child Hlth & Hum, Endocrinol, Bethesda, MD - USA

^[6] Vall dHebron Inst Oncol, Barcelona - Spain

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: EUROPEAN JOURNAL OF ENDOCRINOLOGY; v. 179, n. 6, p. 391-407, DEC 2018.
• Citações Web of Science: 3

Resumo

Background: Loss-of-function germline MEN1 gene mutations account for 75-95% of patients with multiple endocrine neoplasia type 1 (MEN1). It has been postulated that mutations in non-coding regions of MEN1 might occur in some of the remaining patients; however, this hypothesis has not yet been fully investigated. Objective: To sequence for the entire MEN1 including promoter, exons and introns in a large MEN1 cohort and determine the mutation profile. Methods and patients: A target next-generation sequencing (tNGS) assay comprising 7.2 kb of the full MEN1 was developed to investigate germline mutations in 76 unrelated MEN1 probands (49 familial, 27 sporadic). tNGS results were validated by Sanger sequencing (SS), and multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) assay was applied when no mutations were identifiable by both tNGS and SS. Results: Germline MEN1 variants were verified in coding region and splicing sites of 57/76 patients (74%) by both tNGS and SS (100% reproducibility). Thirty-eight different pathogenic or likely pathogenic variants were identified, including 13 new and six recurrent variants. Three large deletions were detected by MLPA only. No mutation was detected in 16 patients. In untranslated, regulatory or in deep intronic MEN1 regions of the 76 MEN1 cases, no point or short indel pathogenic variants were found in untranslated, although 33 benign/likely benign and three new VUS variants were detected. Conclusions: Our study documents that point or short indel mutations in non-coding regions of MEN1 are very rare events. Also, tNGS proved to be a highly effective technology for routine genetic MEN1 testing. (AU)

• Processo FAPESP: 15/25444-4 - Visita do prof. Dr. Stephen J. Marx ao Brasil colaborando com projetos de pesquisa translacionais em neoplasias endócrinas hereditárias: uma interação científica entre a Universidade de São Paulo (USP) e o National Institute of Health (NIH)
• Beneficiário: Delmar Muniz Lourenço Jr
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Pesquisador Visitante - Internacional
• Processo FAPESP: 13/19810-2 - Avaliação da eficácia do método de sequenciamento de nova geração na análise dos genes MEN1, CDKN2B/p15, CDKN2C/p18 CDKN1A/p21, CDKN1B/p27Kip1 e AIP em pacientes com neoplasia endócrina múltipla tipo 1 (MEN1)
• Beneficiário: Delmar Muniz Lourenço Jr
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 16/07504-2 - Avaliação de painéis gênicos baseados em sequenciamento de nova geração aplicados ao diagnóstico diferencial de neoplasia endócrina tipo 1 e na análise de correlações genótipo-fenótipo.
• Beneficiário: Delmar Muniz Lourenço Jr
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 16/07965-0 - Impacto clínico da aplicação de um painel de diagnóstico genético baseado em sequenciamento de nova geração nos diferentes fenótipos sob risco potencial de neoplasia endócrina múltipla tipo 1
• Beneficiário: Betsaida Urtremari Petenati Barros
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Processo FAPESP: 15/07625-1 - Avaliação da eficácia do método de sequenciamento de nova geração na análise dos genes MEN1, CDKN2B/p15, CDKN2C/p18 CDKN1A/p21, CDKN1B/p27Kip1 e AIP em pacientes com neoplasia endócrina múltipla tipo 1 (MEN1)
• Beneficiário: Betsaida Urtremari Petenati Barros
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Processo FAPESP: 14/50137-5 - Caracterização molecular de doenças monogênicas do desenvolvimento por sequenciamento em larga escala
• Beneficiário: Berenice Bilharinho de Mendonça
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa Equipamentos Multiusuários
• Processo FAPESP: 13/15388-4 - Avaliação do método de sequenciamento de nova geração no diagnóstico genético de neoplasia endócrina múltipla tipo 1
• Beneficiário: Rafael Arrabaça de Carvalho
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado