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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

A superposition free method for protein conformational ensemble analyses and local clustering based on a differential geometry representation of backbone

Texto completo
Autor(es):
da Silva Neto, Antonio Marinho [1, 2] ; Silva, Samuel Reghim [1] ; Vendruscolo, Michele [3] ; Camilloni, Carlo [4] ; Montalvao, Rinaldo Wander [5]
Número total de Autores: 5
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Univ Sao Paulo, Sao Carlos Inst Phys, Sao Carlos, SP - Brazil
[2] Univ Warsaw, Ctr New Technol, PL-02097 Warsaw - Poland
[3] Univ Cambridge, Dept Chem, Cambridge - England
[4] Univ Milan, Dept Biosci, Milan - Italy
[5] Ctr Appl Artificial Intelligence, Av Joaquim Porto Vilanova 401, BR-91410400 Porto Alegre, RS - Brazil
Número total de Afiliações: 5
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS; v. 87, n. 4, p. 302-312, APR 2019.
Citações Web of Science: 1
Resumo

Here a differential geometry (DG) representation of protein backbone is explored on the analyses of protein conformational ensembles. The protein backbone is described by curvature, kappa, and torsion, tau, values per residue and we propose 1) a new dissimilarity and protein flexibility measurement and 2) a local conformational clustering method. The methods were applied to Ubiquitin and c-Myb-KIX protein conformational ensembles and results show that kappa\textbackslash{}tau metric space allows to properly judge protein flexibility by avoiding the superposition problem. The d(max) measurement presents equally good or superior results when compared to RMSF, especially for the intrinsically unstructured protein. The clustering method is unique as it relates protein global to local dynamics by providing a global clustering solutions per residue. The methods proposed can be especially useful to the analyses of highly flexible proteins. The software written for the analyses presented here is available at for academic usage only. (AU)

Processo FAPESP: 13/18398-0 - Determinação de complexos entre proteínas e ligantes usando dados experimentais esparsos
Beneficiário:Antonio Marinho da Silva Neto
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
Processo FAPESP: 13/20929-4 - Determinação de complexos entre proteínas a partir de dados experimentais esparsos
Beneficiário:Samuel Reghim Silva
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado