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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

First genome sequence of an isolate of hibiscus chlorotic ringspot virus from the Western hemisphere

Texto completo
Autor(es):
Ramos-Gonzalez, Pedro Luis [1] ; da Costa-Rodrigues, Mariane [1] ; Potsclam-Barro, Matheus [1] ; Chabi-Jesus, Camila [1, 2] ; Banguela-Castillo, Alexander [1] ; Harakava, Ricardo [1] ; Kitajima, Elliot W. [3] ; Freitas-Astua, Juliana [1, 4]
Número total de Autores: 8
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Inst Biol, Lab Biol Mol Aplicada, BR-04014002 Vila Mariana, SP - Brazil
[2] PPG Microbiol Agr ESAL QUSP, BR-13418900 Piracicaba, SP - Brazil
[3] NAP MEPA ESALQ USP, BR-13418900 Piracicaba, SP - Brazil
[4] Embrapa Cassava & Fruits, R Embrapa, BR-44380000 Cruz Das Almas, BA - Brazil
Número total de Afiliações: 4
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: TROPICAL PLANT PATHOLOGY; v. 45, n. 2 FEB 2020.
Citações Web of Science: 0
Resumo

For the first time, the near-complete genome sequence of the betacarmovirus, hibiscus chlorotic ringspot virus (HCRSV) isolated from the Americas is disclosed. High throughput sequencing of the total RNA extract from a Hibiscus-rosa sinensis (L.) plant collected in Sao Paulo state, Brazil, revealed the genome sequence of HCRSV isolate SBO1, which is 3945 nucleotides long and shows 93.1% nucleotide sequence identity with HCRSV\_Singapore (X86448), considered the type member of the species. These two viruses display a similar genomic organization and potentially encode seven open reading frames (ORFs). In addition, a phylogenetic analysis based on a fragment with 557 nts of p38, the coat protein gene, from a cohort of 14 samples collected in Brazil revealed a no clearly defined segregation of South American isolates from those previously detected in geographical areas outside this continent. The practical consequences of the use of p38 ORF-derived amplicons for detection and variability studies of HCRSV are concisely discussed. (AU)

Processo FAPESP: 14/08458-9 - Vírus de plantas transmitidos por Brevipalpus (Acari: Tenuipalpidae) - VTB: levantamento, identificação, caracterização molecular, filogenia; relações vírus/vetor/hospedeira; biologia, taxonomia e manejo do vetor
Beneficiário:Elliot Watanabe Kitajima
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Temático
Processo FAPESP: 17/50222-0 - Compreensão sobre a biologia molecular e ecologia da relações planta-vírus-vetor: rumo a estratégias sustentáveis e integradas de manejo de vírus
Beneficiário:Juliana de Freitas Astúa
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Regular
Processo FAPESP: 17/50334-3 - Plano de Desenvolvimento Institucional em Pesquisa (PDIp): modernização e adequação de unidades multiusuárias estratégicas do Instituto Biológico
Beneficiário:Ana Eugênia de Carvalho Campos
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa Modernização de Institutos Estaduais de Pesquisa
Processo FAPESP: 19/09222-2 - Levantamento e detecção de vírus transmitidos por ácaros Brevipalpus em Hibiscus spp. no Brasil
Beneficiário:Mariane da Costa Rodrigues
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Processo FAPESP: 16/01960-6 - Caracterização molecular, filogenia e evolução de vírus transmitidos por ácaros Brevipalpus spp. no Brasil
Beneficiário:Camila Chabi de Jesus
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado