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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

Evaluating QM/MM Free Energy Surfaces for Ranking Cysteine Protease Covalent Inhibitors

Texto completo
Autor(es):
da Costa, Clauber H. S. [1] ; Bonatto, Vinicius [2] ; dos Santos, Alberto M. [1] ; Lameira, Jeronimo [2, 1] ; Leitao, Andrei [2] ; Montanari, Carlos A. [2]
Número total de Autores: 6
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Univ Fed Para, Lab Planejamento & Desenvolvimento Farmacos, BR-66075110 Belem, Para - Brazil
[2] Univ Sao Paulo, Grp Med, NEQUIMED, IQSC, BR-13566590 Sao Carlos - Brazil
Número total de Afiliações: 2
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING; v. 60, n. 2, p. 880-889, FEB 2020.
Citações Web of Science: 1
Resumo

One tactic for cysteine protease inhibition is to form a covalent bond between an electrophilic atom of the inhibitor and the thiol of the catalytic cysteine. In this study, we evaluate the reaction free energy obtained from a hybrid quantum mechanical/molecular mechanical (QM/MM) free energy profile as a predictor of affinity for reversible, covalent inhibitors of rhodesain. We demonstrate that the reaction free energy calculated with the PM6/MM potential is in agreement with the experimental data and suggest that the free energy profile for covalent bond formation in a protein environment may be a useful tool for the inhibitor design. (AU)

Processo FAPESP: 18/21749-3 - Estudo computacional da reação de inibição da enzima cruzaína por inibidores covalentes reversíveis
Beneficiário:Carlos Alberto Montanari
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Pesquisador Visitante - Brasil
Processo FAPESP: 13/18009-4 - Planejamento, síntese e atividade tripanossomicida de inibidores covalentes reversíveis da enzima cruzaína
Beneficiário:Carlos Alberto Montanari
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Temático