Phylogenomic analysis of trichomycterid catfishes (Teleostei: Siluriformes) inferred from ultraconserved elements

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Ochoa, Luz E. ^{[1, 2]} ; Datovo, Alessio ^[2] ; DoNascimiento, Carlos ^[3] ; Roxo, Fabio F. ^[1] ; Sabaj, Mark H. ^[4] ; Chang, Jonathan ^[5] ; Melo, Bruno F. ^[1] ; Silva, Gabriel S. C. ^[1] ; Foresti, Fausto ^[1] ; Alfaro, Michael ^[5] ; Oliveira, Claudio ^[1]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Estadual Paulista, Dept Morfol, Inst Biociencias, Botucatu, SP - Brazil

^[2] Univ Sao Paulo, Museu Zool, Sao Paulo, SP - Brazil

^[3] Inst Invest Recursos Biol Alexander von Humboldt, Villa De Leyva, Boyaca - Colombia

^[4] Drexel Univ, Acad Nat Sci, Philadelphia, PA 19104 - USA

^[5] Univ Calif Los Angeles, Dept Ecol & Evolutionary Biol, Los Angeles, CA - USA

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: SCIENTIFIC REPORTS; v. 10, n. 1 FEB 14 2020.
• Citações Web of Science: 2

Resumo

The family Trichomycteridae is one of the most diverse groups of freshwater catfishes in South and Central America with eight subfamilies, 41 genera and more than 300 valid species. Its members are widely distributed throughout South America, reaching Costa Rica in Central America and are recognized by extraordinary anatomical specializations and trophic diversity. In order to assess the phylogenetic relationships of Trichomycteridae, we collected sequence data from ultraconserved elements (UCEs) of the genome from 141 specimens of Trichomycteridae and 12 outgroup species. We used a concatenated matrix to assess the phylogenetic relationships by Bayesian inference (BI) and maximum likelihood (ML) searches and a coalescent analysis of species trees. The results show a highly resolved phylogeny with broad agreement among the three distinct analyses, providing overwhelming support for the monophyletic status of subfamily Trichomycterinae including Ituglanis and Scleronema. Previous relationship hypotheses among subfamilies are strongly corroborated, such as the sister relationship between Copionodontinae and Trichogeninae forming a sister clade to the remaining trichomycterids and the intrafamilial clade TSVSG (Tridentinae-Stegophilinae-VandelliinaeSarcoglanidinae-Glanapteryginae). Monophyly of Glanapteryginae and Sarcoglanidinae was not supported and the enigmatic Potamoglanis is placed outside Tridentinae. (AU)

• Processo FAPESP: 15/13382-4 - Relações filogenéticas de Trichomycteridae inferidas de elementos ultraconservados (UCEs): uma perspectiva filogenômica da evolução de bagres lápis
• Beneficiário: Luz Eneida Ochoa Orrego
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Processo FAPESP: 14/06853-8 - Análise das relações filogenéticas e padrões de diversificação de Trichomycteridae (Teleostei, Siluriformes) utilizando sequências de DNA
• Beneficiário: Luz Eneida Ochoa Orrego
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 14/26508-3 - Filogenia da hiperdiversa ordem Characiformes (Teleostei: Ostariophysi) utilizando elementos ultraconservados
• Beneficiário: Claudio de Oliveira
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Processo FAPESP: 16/11313-8 - Filogenia da Ordem Characiformes (Teleostei: Ostariophysi) utilizando elementos ultraconservados
• Beneficiário: Bruno Francelino de Melo
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 15/00691-9 - Usando métodos comparativos filogenômicos para entender a diversificação dos peixes da superfamília Loricarioidea
• Beneficiário: Fábio Fernandes Roxo
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 16/19075-9 - Diversidade e evolução de Gymnotiformes (Teleostei, Ostariophysi)
• Beneficiário: Naercio Aquino Menezes
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Processo FAPESP: 14/05051-5 - Usando métodos comparativos filogenômicos para entender a diversificação dos peixes da superfamília Loricarioidea
• Beneficiário: Fábio Fernandes Roxo
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado