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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

Tractor uses local ancestry to enable the inclusion of admixed individuals in GWAS and to boost power

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Autor(es):
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Atkinson, Elizabeth G. [1, 2, 3] ; Maihofer, Adam X. [4] ; Kanai, Masahiro [1, 2, 3, 5, 6] ; Martin, Alicia R. [1, 2, 3] ; Karczewski, Konrad J. [2, 3] ; Santoro, Marcos L. [7, 8, 3] ; Ulirsch, Jacob C. [1, 2, 3, 9] ; Kamatani, Yoichiro [10] ; Okada, Yukinori [6, 11, 12] ; Finucane, Hilary K. [1, 2, 3] ; Koenen, Karestan C. [13, 3] ; Nievergelt, Caroline M. [4] ; Daly, Mark J. [1, 2, 3, 14] ; Neale, Benjamin M. [2, 3]
Número total de Autores: 14
Afiliação do(s) autor(es):
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[1] Broad Inst MIT & Harvard, Program Med & Populat Genet, Cambridge, MA 02142 - USA
[2] Massachusetts Gen Hosp, Dept Med, Analyt & Translat Genet Unit, Boston, MA 02114 - USA
[3] Broad Inst MIT & Harvard, Stanley Ctr Psychiat Res, Cambridge, MA 02142 - USA
[4] Univ Calif San Diego, Dept Psychiat, La Jolla, CA 92093 - USA
[5] Harvard Med Sch, Program Bioinformat & Integrat Genom, Boston, MA 02115 - USA
[6] Osaka Univ, Grad Sch Med, Dept Stat Genet, Suita, Osaka - Japan
[7] Univ Fed Sao Paulo, Dept Morfol & Genet, Sao Paulo - Brazil
[8] Univ Fed Sao Paulo, Dept Psiquiatria, Sao Paulo - Brazil
[9] Harvard Med Sch, Program Biol & Biomed Sci, Boston, MA 02115 - USA
[10] Univ Tokyo, Lab Complex Trait Genom, Dept Computat Biol & Med Sci, Grad Sch Frontier Sci, Tokyo - Japan
[11] Osaka Univ, Lab Stat Immunol, Immunol Frontier Res Ctr WPI IFReC, Suita, Osaka - Japan
[12] Osaka Univ, Integrated Frontier Res Med Sci Div, Inst Open & Transdisciplinary Res Initiat, Suita, Osaka - Japan
[13] Harvard TH Chan Sch Publ Hlth, Dept Epidemiol, Boston, MA - USA
[14] Univ Helsinki, Inst Mol Med Finland, Helsinki - Finland
Número total de Afiliações: 14
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: Nature Genetics; v. 53, n. 2 JAN 2021.
Citações Web of Science: 1
Resumo

Admixed populations are routinely excluded from genomic studies due to concerns over population structure. Here, we present a statistical framework and software package, Tractor, to facilitate the inclusion of admixed individuals in association studies by leveraging local ancestry. We test Tractor with simulated and empirical two-way admixed African-European cohorts. Tractor generates accurate ancestry-specific effect-size estimates and P values, can boost genome-wide association study (GWAS) power and improves the resolution of association signals. Using a local ancestry-aware regression model, we replicate known hits for blood lipids, discover novel hits missed by standard GWAS and localize signals closer to putative causal variants. (AU)

Processo FAPESP: 18/09328-2 - Avaliação do desempenho do escore poligênico de risco e da interação gene ambiente em uma amostra brasileira miscigenada
Beneficiário:Marcos Leite Santoro
Linha de fomento: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado